PDB-6tmu: Crystal structure of the chaperonin gp146 from the bacteriophage ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6tmu

タイトル

Crystal structure of the chaperonin gp146 from the bacteriophage EL 2 (Pseudomonas aeruginosa) in presence of ATP-BeFx, crystal form II

要素

Putative GroEL-like chaperonine protein

キーワード

CHAPERONE / molecular chaperone / ATPase / chaperonin

機能・相同性

機能・相同性情報

ATP-dependent protein folding chaperone / protein refolding / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas phage EL (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.54 Å

データ登録者

Bracher, A. / Paul, S.S. / Wang, H. / Wischnewski, N. / Hartl, F.U. / Hayer-Hartl, M.

引用

ジャーナル: PLoS One / 年: 2020
タイトル: Structure and conformational cycle of a bacteriophage-encoded chaperonin.
著者: Andreas Bracher / Simanta S Paul / Huping Wang / Nadine Wischnewski / F Ulrich Hartl / Manajit Hayer-Hartl /

要旨: Chaperonins are ubiquitous molecular chaperones found in all domains of life. They form ring-shaped complexes that assist in the folding of substrate proteins in an ATP-dependent reaction cycle. Key ...

履歴

登録	2019年12月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年4月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年5月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6tmu.cif.gz	1.5 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6tmu.ent.gz	1.2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6tmu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6tmu_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6tmu_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	6tmu_validation.xml.gz	127.8 KB	表示
CIF形式データ	6tmu_validation.cif.gz	171.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tm/6tmu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tm/6tmu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	10528C 10529C 10530C 6tmtC 6tmvC 6tmwC 6tmxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6tmt-d 6hdd-d 7k3z-d 11950 1iok-d 4ki8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Putative GroEL-like chaperonine protein

B: Putative GroEL-like chaperonine protein

C: Putative GroEL-like chaperonine protein

D: Putative GroEL-like chaperonine protein

E: Putative GroEL-like chaperonine protein

F: Putative GroEL-like chaperonine protein

G: Putative GroEL-like chaperonine protein

ヘテロ分子

436 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	145.516, 151.461, 261.347
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LYS	LYS	A	A	2 - 551	2 - 551
2	1	LYS	LYS	B	B	2 - 551	2 - 551
1	2	LYS	LYS	A	A	2 - 551	2 - 551
2	2	LYS	LYS	C	C	2 - 551	2 - 551
1	3	LYS	LYS	A	A	2 - 551	2 - 551
2	3	LYS	LYS	D	D	2 - 551	2 - 551
1	4	GLY	GLY	A	A	2 - 549	2 - 549
2	4	GLY	GLY	E	E	2 - 549	2 - 549
1	5	GLU	GLU	A	A	2 - 550	2 - 550
2	5	GLU	GLU	F	F	2 - 550	2 - 550
1	6	LYS	LYS	A	A	2 - 551	2 - 551
2	6	LYS	LYS	G	G	2 - 551	2 - 551
1	7	LYS	LYS	B	B	2 - 551	2 - 551
2	7	LYS	LYS	C	C	2 - 551	2 - 551
1	8	LYS	LYS	B	B	2 - 551	2 - 551
2	8	LYS	LYS	D	D	2 - 551	2 - 551
1	9	GLU	GLU	B	B	2 - 550	2 - 550
2	9	GLU	GLU	E	E	2 - 550	2 - 550
1	10	GLY	GLY	B	B	2 - 549	2 - 549
2	10	GLY	GLY	F	F	2 - 549	2 - 549
1	11	LYS	LYS	B	B	2 - 551	2 - 551
2	11	LYS	LYS	G	G	2 - 551	2 - 551
1	12	LYS	LYS	C	C	2 - 551	2 - 551
2	12	LYS	LYS	D	D	2 - 551	2 - 551
1	13	GLY	GLY	C	C	2 - 549	2 - 549
2	13	GLY	GLY	E	E	2 - 549	2 - 549
1	14	GLU	GLU	C	C	2 - 550	2 - 550
2	14	GLU	GLU	F	F	2 - 550	2 - 550
1	15	LYS	LYS	C	C	2 - 551	2 - 551
2	15	LYS	LYS	G	G	2 - 551	2 - 551
1	16	GLU	GLU	D	D	2 - 550	2 - 550
2	16	GLU	GLU	E	E	2 - 550	2 - 550
1	17	GLY	GLY	D	D	2 - 549	2 - 549
2	17	GLY	GLY	F	F	2 - 549	2 - 549
1	18	LYS	LYS	D	D	2 - 551	2 - 551
2	18	LYS	LYS	G	G	2 - 551	2 - 551
1	19	GLU	GLU	E	E	2 - 550	2 - 550
2	19	GLU	GLU	F	F	2 - 550	2 - 550
1	20	GLU	GLU	E	E	2 - 550	2 - 550
2	20	GLU	GLU	G	G	2 - 550	2 - 550
1	21	GLY	GLY	F	F	2 - 549	2 - 549
2	21	GLY	GLY	G	G	2 - 549	2 - 549

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Putative GroEL-like chaperonine protein 分子量: 61760.941 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas phage EL (ファージ) / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2Z0T5
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.14 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 / 詳細: 8 % PEG-6000, 0.15 M NaCl and 0.1 M Tris-HCl pH 8.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID30B / 波長: 0.85 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.85 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.54→49.47 Å / Num. obs: 70880 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.9 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.111 / R_pim(I) all: 0.056 / R_rim(I) all: 0.125 / Net I/σ(I): 7.9 / Num. measured all: 348403

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
3.54-3.62	4.9	1.119	21929	4516	0.465	0.557	1.255	1.3	99.9
16.98-49.47	3.7	0.056	2571	692	0.994	0.032	0.065	22.3	94.7

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R rigid body: 0.551

	最高解像度	最低解像度
Rotation	49.41 Å	6.64 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS	VERSION Jan 26, 2018	データ削減
Aimless	0.5.28	データスケーリング
MOLREP	11.4.06	位相決定
REFMAC	5.8.0073	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: EMD-6492

解像度: 3.54→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.932 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / SU B: 94.355 / SU ML: 0.618 / SU R Cruickshank DPI: 0.6819 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.655
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2747	3576	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2504	-	-	-
obs	0.2516	67159	99.51 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 343.38 Å² / B_iso mean: 170.101 Å² / B_iso min: 82.04 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.38 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.36 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.74 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.54→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	29093	0	213	0	29306
B_iso mean	-	-	151.22	-	-
残基数	-	-	-	-	3828

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.019	29766
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	28177
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.967	1.969	40472
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.865	3	64540
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.054	5	3816
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.559	24.457	1308
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.241	15	4931
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.922	15	196
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.051	0.2	4794
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	33955
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	6612

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	31359	0.07
1	2	B	31359	0.07
2	1	A	32241	0.05
2	2	C	32241	0.05
3	1	A	31598	0.06
3	2	D	31598	0.06
4	1	A	32306	0.06
4	2	E	32306	0.06
5	1	A	31696	0.06
5	2	F	31696	0.06
6	1	A	31832	0.05
6	2	G	31832	0.05
7	1	B	31579	0.06
7	2	C	31579	0.06
8	1	B	32018	0.05
8	2	D	32018	0.05
9	1	B	31499	0.07
9	2	E	31499	0.07
10	1	B	31712	0.06
10	2	F	31712	0.06
11	1	B	31513	0.07
11	2	G	31513	0.07
12	1	C	31944	0.05
12	2	D	31944	0.05
13	1	C	32310	0.04
13	2	E	32310	0.04
14	1	C	31943	0.05
14	2	F	31943	0.05
15	1	C	31920	0.05
15	2	G	31920	0.05
16	1	D	31762	0.06
16	2	E	31762	0.06
17	1	D	32016	0.05
17	2	F	32016	0.05
18	1	D	31676	0.06
18	2	G	31676	0.06
19	1	E	31871	0.06
19	2	F	31871	0.06
20	1	E	31782	0.05
20	2	G	31782	0.05
21	1	F	31763	0.06
21	2	G	31763	0.06

LS精密化シェル

解像度: 3.54→3.631 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.362	249	-
R_work	0.353	4882	-
all	-	5131	-
obs	-	-	99.88 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6089	-0.5154	-0.9262	4.1506	-1.2389	2.5041	-0.0125	-0.1342	-0.1336	0.3802	0.1255	0.5627	0.1166	-0.3616	-0.113	0.0952	-0.0001	0.1155	0.3401	0.0496	0.2661	-37.4878	-124.1328	-46.6319
2	2.5699	-2.1333	0.6154	4.2264	-4.0745	6.9097	0.172	-0.0932	-0.4124	-0.2169	-0.2349	0.887	-0.4003	-0.2822	0.0629	0.5581	0.1883	-0.0404	0.9526	-0.0555	1.4062	-62.4018	-110.6645	-54.7375
3	3.8194	-0.8425	0.5275	7.06	0.3322	1.0493	0.3691	0.6184	0.2497	-1.7879	-0.232	0.0237	0.0987	0.3603	-0.1371	1.2414	-0.0431	-0.1509	1.4257	0.1529	1.5283	-69.7422	-131.1965	-73.7985
4	3.0807	-0.2262	-0.5546	4.7257	-0.7053	1.9673	-0.1328	-0.3298	-0.4302	0.1305	0.166	0.3969	0.5935	-0.1935	-0.0332	0.2537	0.0092	0.0621	0.4358	-0.0118	0.2355	-16.8259	-154.3266	-66.6102
5	7.8958	-3.8785	0.4846	4.835	-1.0542	3.9636	-0.3952	-0.1313	-0.1332	0.1589	0.1221	0.7095	0.1768	-0.2349	0.2731	0.4186	-0.2949	0.0155	0.7731	0.0837	0.7562	-48.6478	-157.3596	-67.278
6	0.3563	0.1785	-0.2416	0.1317	-0.0427	3.5211	-0.2973	0.6565	0.1873	-0.3193	0.1381	0.1142	-0.6606	-0.3954	0.1593	1.6312	-0.0943	-0.3013	2.1137	-0.1966	1.4031	-48.1679	-159.9826	-97.5818
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8	8.3544	0.9488	0.0514	4.9259	-1.111	0.4155	-0.2381	0.1106	0.0048	-0.0392	0.5163	0.8757	-0.1278	-0.4652	-0.2782	0.7973	0.0223	-0.1009	1.0683	-0.0016	0.7224	-12.0609	-166.7798	-102.8134
9	3.1787	-0.1579	1.0506	1.4392	-0.0702	5.5486	-0.0485	0.1807	0.2222	-0.0921	-0.1242	0.023	-0.2668	-0.1706	0.1728	1.0621	-0.111	-0.1478	1.3301	-0.0604	1.3289	-14.2563	-157.9926	-130.8661
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20	1.1739	-0.0551	0.2323	1.6639	-0.4321	7.8999	-0.1787	0.5822	0.4237	-0.6443	0.1102	-0.073	-0.6456	0.2725	0.0685	0.5193	0.1017	0.0019	1.0213	0.1007	0.5549	-50.2778	-67.6181	-73.2823
21	2.2482	0.5981	0.9826	2.1407	1.0706	6.1677	-0.2114	0.566	-0.463	-0.3417	-0.0956	-0.0878	0.7012	-0.3454	0.307	0.6336	0.0568	0.1375	1.0409	-0.1229	0.6073	-72.1585	-87.2327	-81.5544

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 130
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	425 - 551
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	131 - 189
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	388 - 424
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	190 - 387
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	2 - 130
7	X-RAY DIFFRACTION	4	B	425 - 551
8	X-RAY DIFFRACTION	5	B	131 - 189
9	X-RAY DIFFRACTION	5	B	388 - 424
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	190 - 387
11	X-RAY DIFFRACTION	7	C	2 - 130
12	X-RAY DIFFRACTION	7	C	425 - 551
13	X-RAY DIFFRACTION	8	C	131 - 189
14	X-RAY DIFFRACTION	8	C	388 - 424
15	X-RAY DIFFRACTION	9	C	190 - 387
16	X-RAY DIFFRACTION	10	D	2 - 130
17	X-RAY DIFFRACTION	10	D	425 - 551
18	X-RAY DIFFRACTION	11	D	131 - 189
19	X-RAY DIFFRACTION	11	D	388 - 424
20	X-RAY DIFFRACTION	12	D	190 - 387
21	X-RAY DIFFRACTION	13	E	2 - 130
22	X-RAY DIFFRACTION	13	E	425 - 550
23	X-RAY DIFFRACTION	14	E	131 - 189
24	X-RAY DIFFRACTION	14	E	388 - 424
25	X-RAY DIFFRACTION	15	E	190 - 387
26	X-RAY DIFFRACTION	16	F	2 - 130
27	X-RAY DIFFRACTION	16	F	425 - 550
28	X-RAY DIFFRACTION	17	F	131 - 189
29	X-RAY DIFFRACTION	17	F	388 - 424
30	X-RAY DIFFRACTION	18	F	190 - 387
31	X-RAY DIFFRACTION	19	G	2 - 130
32	X-RAY DIFFRACTION	19	G	425 - 551
33	X-RAY DIFFRACTION	20	G	131 - 189
34	X-RAY DIFFRACTION	20	G	388 - 424
35	X-RAY DIFFRACTION	21	G	190 - 387

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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