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- PDB-7k3z: P. falciparum Cpn60 D474A mutant bound to ATP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7k3z
タイトルP. falciparum Cpn60 D474A mutant bound to ATP
要素60 kDa chaperonin
キーワードCHAPERONE / malaria / mitochondrial protein
機能・相同性
機能・相同性情報


apicoplast / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / protein folding / protein refolding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
GroEL / GroEL / Chaperonin Cpn60/GroEL / GroEL-like equatorial domain superfamily / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily / GroEL-like apical domain superfamily / TCP-1/cpn60 chaperonin family / Chaperonin Cpn60/GroEL/TCP-1 family / 3-Layer(bba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / 60 kDa chaperonin
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.69 Å
データ登録者Tolia, N.H. / Shi, D. / Nguyen, B.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1ZIAAI001253 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1ZIAAI001237 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of P. falciparum Cpn60 bound to ATP reveals an open dynamic conformation before substrate binding.
著者: Nguyen, B. / Ma, R. / Tang, W.K. / Shi, D. / Tolia, N.H.
履歴
登録2020年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 60 kDa chaperonin
B: 60 kDa chaperonin
C: 60 kDa chaperonin
D: 60 kDa chaperonin
E: 60 kDa chaperonin
F: 60 kDa chaperonin
G: 60 kDa chaperonin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)446,65421
ポリマ－442,9347
非ポリマー3,72014
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area33040 Å2
ΔGint-201 kcal/mol
Surface area169680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)281.498, 281.498, 298.827
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Space group name HallP6c2c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/2
#3: y,-x+y,z+1/2
#4: -y,x-y,z
#5: -x+y,-x,z
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z
#10: -y,-x,-z+1/2
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51
61
71

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYGLUGLU(chain 'A' and (resid 69 through 275 or resid 277...AA69 - 2745 - 210
12ASPASPILEILE(chain 'A' and (resid 69 through 275 or resid 277...AA277 - 293213 - 229
13ILEILEARGARG(chain 'A' and (resid 69 through 275 or resid 277...AA296 - 343232 - 279
14GLYGLYTHRTHR(chain 'A' and (resid 69 through 275 or resid 277...AA348 - 433284 - 369
15TYRTYRHISHIS(chain 'A' and (resid 69 through 275 or resid 277...AA436 - 630372 - 566
16ATPATPATPATP(chain 'A' and (resid 69 through 275 or resid 277...AI702
27GLYGLYGLUGLU(chain 'B' and (resid 69 through 275 or resid 277...BB69 - 2745 - 210
28ASPASPILEILE(chain 'B' and (resid 69 through 275 or resid 277...BB277 - 293213 - 229
29ILEILEARGARG(chain 'B' and (resid 69 through 275 or resid 277...BB296 - 343232 - 279
210GLYGLYTHRTHR(chain 'B' and (resid 69 through 275 or resid 277...BB348 - 433284 - 369
211TYRTYRHISHIS(chain 'B' and (resid 69 through 275 or resid 277...BB436 - 630372 - 566
212ATPATPATPATP(chain 'B' and (resid 69 through 275 or resid 277...BK702
313GLYGLYGLUGLU(chain 'C' and (resid 69 through 275 or resid 277...CC69 - 2745 - 210
314ASPASPILEILE(chain 'C' and (resid 69 through 275 or resid 277...CC277 - 293213 - 229
315ILEILEARGARG(chain 'C' and (resid 69 through 275 or resid 277...CC296 - 343232 - 279
316GLYGLYTHRTHR(chain 'C' and (resid 69 through 275 or resid 277...CC348 - 433284 - 369
317TYRTYRHISHIS(chain 'C' and (resid 69 through 275 or resid 277...CC436 - 630372 - 566
318ATPATPATPATP(chain 'C' and (resid 69 through 275 or resid 277...CM702
419GLYGLYGLUGLU(chain 'D' and (resid 69 through 294 or resid 296...DD69 - 2745 - 210
420ASPASPILEILE(chain 'D' and (resid 69 through 294 or resid 296...DD277 - 293213 - 229
421ILEILEARGARG(chain 'D' and (resid 69 through 294 or resid 296...DD296 - 343232 - 279
422GLYGLYTHRTHR(chain 'D' and (resid 69 through 294 or resid 296...DD348 - 433284 - 369
423TYRTYRHISHIS(chain 'D' and (resid 69 through 294 or resid 296...DD436 - 630372 - 566
424ATPATPATPATP(chain 'D' and (resid 69 through 294 or resid 296...DO702
525GLYGLYGLUGLU(chain 'E' and (resid 69 through 275 or resid 277...EE69 - 2745 - 210
526ASPASPILEILE(chain 'E' and (resid 69 through 275 or resid 277...EE277 - 293213 - 229
527ILEILEARGARG(chain 'E' and (resid 69 through 275 or resid 277...EE296 - 343232 - 279
528GLYGLYTHRTHR(chain 'E' and (resid 69 through 275 or resid 277...EE348 - 433284 - 369
529TYRTYRHISHIS(chain 'E' and (resid 69 through 275 or resid 277...EE436 - 630372 - 566
530ATPATPATPATP(chain 'E' and (resid 69 through 275 or resid 277...EQ702
631GLYGLYGLUGLU(chain 'F' and (resid 69 through 275 or resid 277...FF69 - 2745 - 210
632ASPASPILEILE(chain 'F' and (resid 69 through 275 or resid 277...FF277 - 293213 - 229
633ILEILEARGARG(chain 'F' and (resid 69 through 275 or resid 277...FF296 - 343232 - 279
634GLYGLYTHRTHR(chain 'F' and (resid 69 through 275 or resid 277...FF348 - 433284 - 369
635TYRTYRHISHIS(chain 'F' and (resid 69 through 275 or resid 277...FF436 - 630372 - 566
636ATPATPATPATP(chain 'F' and (resid 69 through 275 or resid 277...FS702
737GLYGLYGLUGLU(chain 'G' and (resid 69 through 275 or resid 277...GG69 - 2745 - 210
738ASPASPILEILE(chain 'G' and (resid 69 through 275 or resid 277...GG277 - 293213 - 229
739ILEILEARGARG(chain 'G' and (resid 69 through 275 or resid 277...GG296 - 343232 - 279
740GLYGLYTHRTHR(chain 'G' and (resid 69 through 275 or resid 277...GG348 - 433284 - 369
741TYRTYRHISHIS(chain 'G' and (resid 69 through 275 or resid 277...GG436 - 630372 - 566
742ATPATPATPATP(chain 'G' and (resid 69 through 275 or resid 277...GU702

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要素

#1: タンパク質
60 kDa chaperonin


分子量: 63276.266 Da / 分子数: 7 / 変異: D474A, N283Q, N125Q, N145Q, N381Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 遺伝子: PF3D7_1232100 / プラスミド: pET28AKS / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q8I0V3
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.5 % / 解説: hexagonal prism
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.4
詳細: 100 mM phosphate citrate buffer pH 4.4, 13% Isopropanol, and 0.21 mM of Lithium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月25日
詳細: Si 111. Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator: liquid nitrogen cooled; sagitally focusing 2nd crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror
放射モノクロメーター: double crystal - liquid nitrogen cooled
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.69→63 Å / Num. obs: 75184 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.1 % / Biso Wilson estimate: 117.85 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.133 / Net I/σ(I): 12.93
反射 シェル解像度: 3.69→3.79 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 5368 / CC1/2: 0.607 / Rrim(I) all: 1.5 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XDSVersion Jan. 31, 2020データ削減
XDSVersion Jan. 31, 2020データスケーリング
PHENIX1.14_3260位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4V4O

4v4o


解像度: 3.69→51.99 Å / SU ML: 0.5109 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.0503 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2765 1684 2.27 %
Rwork0.2268 72393 -
obs0.2279 74077 98.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 163.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.69→51.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数30714 0 224 0 30938
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002831259
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.803442168
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04714984
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00519287
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.279619407
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.69-3.80.33371370.27695919X-RAY DIFFRACTION98.44
3.8-3.920.33411390.27625967X-RAY DIFFRACTION99.35
3.92-4.060.32541400.25176002X-RAY DIFFRACTION99.39
4.06-4.230.25971370.22945974X-RAY DIFFRACTION99.3
4.23-4.420.25361390.20435993X-RAY DIFFRACTION99.24
4.42-4.650.30991390.19416013X-RAY DIFFRACTION99.07
4.65-4.940.24461400.1996017X-RAY DIFFRACTION98.97
4.94-5.320.29941410.22146009X-RAY DIFFRACTION98.89
5.32-5.860.30271400.25396056X-RAY DIFFRACTION98.76
5.86-6.70.35291430.27736067X-RAY DIFFRACTION98.67
6.7-8.440.27141420.24646108X-RAY DIFFRACTION98.22
8.44-51.990.23511470.20046268X-RAY DIFFRACTION96.1
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.5167119209-2.90295258877-0.8968881702583.280370141870.4694254108641.75438422379-0.0223399154887-0.02089357827560.527617725829-0.07354974656430.0966657138589-0.845149765704-0.4873160870770.45205141942-0.1152331171090.84965451278-0.292000543831-0.07790054889020.879890297462-0.0733883881320.88769243212691.0603408066-67.2971497216.0822826494
26.533163425472.39489065695-5.664855282878.76682090996-1.549907337727.47544912595-0.0959899665545-0.2948856859960.4459221715780.807298196830.333119940975-0.289614271308-0.811539286471-0.0898329039708-0.2288798310031.024545165440.00118764896956-0.3345608383660.9496953460760.01449346334550.9437115668780.589544097-54.980976420139.8508400831
34.4196777307-0.2836826470450.9759125996189.39859115234-2.535479854774.036083943610.07270746419320.325459636970.10919272844-0.493204957386-0.3968895916890.0721408993698-0.1270158920140.02988846476140.3081881781760.9985160909910.0986020170404-0.1279005979551.10525489568-0.1293575699190.57932026947596.9476185727-65.389428589360.9662961913
46.674940689680.5236212557930.1430288562231.9930784231-0.1645314273151.99782331102-0.0332696426785-0.1820986459580.8485833262680.1655819560410.072912566544-0.00414132122105-0.544836283145-0.17450342133-0.03708344483330.9397431196350.0555436489174-0.04772990494810.721139384074-0.1108126356920.65984482058349.8911539476-57.328283977415.7953381211
53.898767655521.39034667265-0.3570024345394.98103975934-4.148824473424.020936805860.268411611942-1.030645997160.2230113420320.915395172676-0.5780174472280.535732838722-0.0749320407642-0.8776780741090.3485597806921.613277092560.113429312164-0.01701892722521.70061728927-0.3298328613121.1096328534433.7740458214-57.954136082239.5540866092
67.98006803539-1.93075442992-3.140325522237.734262347891.807051812271.94080054966-0.0234363044625-1.376198314890.8225990374451.475194667450.264989991423-0.612262320096-0.08328214614820.967661300524-0.2577580395461.68700834217-0.04215702102580.0008124196806262.27862872064-0.2323687293391.1346900820251.8054190115-52.079084621861.0444423979
72.054981269591.23716246924-0.05364713628716.682377260360.089145558180.903471050524-0.107458321611-0.3579476058460.3828585757820.2194471217660.06528210570380.717925480172-0.0754022839124-0.4435199245360.04848035200290.6895052346750.05408932959490.07091445956571.24031488819-0.04319972003270.71188200660316.8231676978-83.62306296615.4565705086
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resid 68:203 or resid 486:631)
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and (resid 204:255 or resid 452:485)
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and resid 256:451
4X-RAY DIFFRACTION4chain B and (resid 69:203 or resid 486:631)
5X-RAY DIFFRACTION5chain B and (resid 204:255 or resid 452:485)
6X-RAY DIFFRACTION6chain B and resid 256:451
7X-RAY DIFFRACTION7chain C and (resid 69:203 or resid 486:631)
8X-RAY DIFFRACTION8chain C and (resid 204:255 or resid 452:485)
9X-RAY DIFFRACTION9chain C and resid 256:451
10X-RAY DIFFRACTION10chain D and (resid 69:203 or resid 486:631)
11X-RAY DIFFRACTION11chain D and (resid 204:255 or resid 452:485)
12X-RAY DIFFRACTION12chain D and resid 256:451
13X-RAY DIFFRACTION13chain E and (resid 69:203 or resid 486:631)
14X-RAY DIFFRACTION14chain E and (resid 204:255 or resid 452:485)
15X-RAY DIFFRACTION15chain E and resid 256:451
16X-RAY DIFFRACTION16chain F and (resid 69:203 or resid 486:631)
17X-RAY DIFFRACTION17chain F and (resid 204:255 or resid 452:485)
18X-RAY DIFFRACTION18chain F and resid 256:451
19X-RAY DIFFRACTION19chain G and (resid 69:203 or resid 486:631)
20X-RAY DIFFRACTION20chain G and (resid 204:255 or resid 452:485)
21X-RAY DIFFRACTION21chain G and resid 256:451

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る