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- PDB-5d86: Staphyloferrin B precursor biosynthetic enzyme SbnA Y152F variant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d86
タイトルStaphyloferrin B precursor biosynthetic enzyme SbnA Y152F variant
要素Probable siderophore biosynthesis protein SbnA
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / siderophore / iron / plp
機能・相同性
機能・相同性情報


N-(2-amino-2-carboxyethyl)-L-glutamate synthase / cysteine synthase activity / cysteine biosynthetic process from serine / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
2,3-diaminopropionate biosynthesis protein SbnA / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase, pyridoxal-phosphate attachment site / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase P-phosphate attachment site. / : / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / N-(2-amino-2-carboxyethyl)-L-glutamate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Kobylarz, M.J. / Grigg, J.C. / Liu, Y. / Lee, M.S.F. / Heinrichs, D.E. / Murphy, M.E.P.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP-102596 カナダ
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Deciphering the Substrate Specificity of SbnA, the Enzyme Catalyzing the First Step in Staphyloferrin B Biosynthesis.
著者: Kobylarz, M.J. / Grigg, J.C. / Liu, Y. / Lee, M.S. / Heinrichs, D.E. / Murphy, M.E.
履歴
登録2015年8月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月24日Group: Database references
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable siderophore biosynthesis protein SbnA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3425
ポリマ－35,9241
非ポリマー4184
水6,323351
1
A: Probable siderophore biosynthesis protein SbnA
ヘテロ分子

A: Probable siderophore biosynthesis protein SbnA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,68410
ポリマ－71,8482
非ポリマー8368
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area5110 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area25010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.360, 115.990, 45.450
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1279-

HOH

21A-1405-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Probable siderophore biosynthesis protein SbnA


分子量: 35924.164 Da / 分子数: 1 / 変異: Y152F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: Newman / 遺伝子: sbnA, NWMN_0060 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A6QDA0
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 351 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris, pH 8.5, 29-33% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.12709 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月3日 / 詳細: Rh coated focusing mirror
放射モノクロメーター: Side scattering I-beam bent single crystal; asymmetric cut 4.9650 deg.
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12709 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→57.995 Å / Num. all: 47701 / Num. obs: 47701 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 12.67 Å2 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.067 / Rsym value: 0.062 / Net I/av σ(I): 6.461 / Net I/σ(I): 18.6 / Num. measured all: 313063
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.5-1.584.60.2083.62849261600.1060.2085.888.9
1.58-1.686.70.1764.24393166000.0730.1769.399.3
1.68-1.7970.1255.74353762210.0510.12512.8100
1.79-1.9470.0887.54082358280.0360.08816.8100
1.94-2.1270.0718.83754753660.0290.07121.7100
2.12-2.3770.058103420749030.0230.05825100
2.37-2.746.90.05111.12980743250.0210.05127.5100
2.74-3.356.80.0579.32502937040.0240.05729.899.8
3.35-4.746.40.05410.51855928930.0230.0543299.4
4.74-38.6636.50.04412.71113117010.0190.0443199.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.5 Å35.38 Å
Translation6.5 Å35.38 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.15データスケーリング
PHASER2.5.5位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→35.379 Å / FOM work R set: 0.8944 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1798 2412 5.06 %
Rwork0.1483 45232 -
obs0.1499 47644 98.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 75.05 Å2 / Biso mean: 18.13 Å2 / Biso min: 5.92 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→35.379 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2456 0 25 351 2832
Biso mean--21.37 29.84 -
残基数----318
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0142726
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5273722
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067420
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01483
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2141041
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5-1.53060.20371140.1832252236684
1.5306-1.56390.19721240.17062408253290
1.5639-1.60030.19961510.16142519267095
1.6003-1.64030.18771260.158327002826100
1.6403-1.68470.18991500.150426842834100
1.6847-1.73420.1911450.151526662811100
1.7342-1.79020.19631530.157126422795100
1.7902-1.85420.22051510.156526872838100
1.8542-1.92840.19571330.157727052838100
1.9284-2.01620.18751370.151227232860100
2.0162-2.12250.1691300.146726852815100
2.1225-2.25540.18451400.144627312871100
2.2554-2.42950.19671460.148527182864100
2.4295-2.67390.19091310.15327572888100
2.6739-3.06070.18131730.152426932866100
3.0607-3.85540.1561550.13592762291799
3.8554-35.38920.15741530.13762900305399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9774-0.2236-0.3880.7339-0.09490.52760.09050.0612-0.0315-0.011-0.03720.0903-0.0385-0.0346-0.05340.0914-0.007-0.01870.0702-0.01260.082119.6962-8.1691-4.4832
24.76-0.04510.39314.37030.14212.8344-0.0193-0.6562-0.43830.73310.0684-0.44070.11280.13160.14150.2538-0.0146-0.04920.17720.03590.218711.6806-20.619513.1999
31.7346-0.2207-0.59450.722-0.00750.85310.0060.1048-0.194-0.073-0.0290.08340.0607-0.02850.02470.0958-0.0003-0.01470.0579-0.020.094725.9012-21.2865-7.966
40.8325-0.02780.02551.59590.07471.04780.0165-0.0599-0.07350.1482-0.0071-0.02310.05360.0765-0.00510.06540.0130.00610.07180.00890.059837.7954-17.47180.6484
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 8:118 )A8 - 118
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 119:142 )A119 - 142
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 143:231 )A143 - 231
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 232:325 )A232 - 325

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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