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- PDB-4d8u: Crystal structure of D-Cysteine desulfhydrase from Salmonella typ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4d8u | ||||||
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Title | Crystal structure of D-Cysteine desulfhydrase from Salmonella typhimurium at 3.3 A in monoclinic space group with 8 subunits in the asymmetric unit | ||||||
![]() | D-cysteine desulfhydrase | ||||||
![]() | LYASE / Fold type II PLP-dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzymes superfamily | ||||||
Function / homology | ![]() D-cysteine desulfhydrase / D-amino acid metabolic process / D-cysteine desulfhydrase activity Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bharath, S.R. / Shveta, B. / Rajesh, K.H. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R.N. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural and Mutational Studies on Substrate Specificity and Catalysis of Salmonella typhimurium D-Cysteine Desulfhydrase. Authors: Bharath, S.R. / Bisht, S. / Harijan, R.K. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R.N. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 468.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 383.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 519 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 596 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 96.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 126.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4d8tSC ![]() 4d8wC ![]() 4d92C ![]() 4d96C ![]() 4d97C ![]() 4d99C ![]() 4d9bC ![]() 4d9cC ![]() 4d9eC ![]() 4d9fC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: 1
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 36778.844 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-PO4 / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.42 Å3/Da / Density % sol: 72.2 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: microbatch method under oil / pH: 8.2 Details: 1.8M Na/K Phosphate pH 8.2, Microbatch method under oil, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Type: MAR scanner 345 mm plate / Detector: IMAGE PLATE / Date: Feb 20, 2007 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: Ni mirror / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.3→90.66 Å / Num. obs: 69703 / % possible obs: 90.7 % / Redundancy: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 60.032 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 6.7 |
Reflection shell | Resolution: 3.3→3.48 Å / Redundancy: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.425 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 9823 / % possible all: 87.9 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 4D8T Resolution: 3.3→52.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.891 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.859 / SU B: 27.124 / SU ML: 0.42 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.513 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 66.376 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.3→52.04 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Number: 2152 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 3.3→3.385 Å / Total num. of bins used: 20
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