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- PDB-4d8u: Crystal structure of D-Cysteine desulfhydrase from Salmonella typ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d8u
タイトルCrystal structure of D-Cysteine desulfhydrase from Salmonella typhimurium at 3.3 A in monoclinic space group with 8 subunits in the asymmetric unit
要素D-cysteine desulfhydrase
キーワードLYASE / Fold type II PLP-dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzymes superfamily
機能・相同性
機能・相同性情報


D-cysteine desulfhydrase / D-amino acid metabolic process / D-cysteine desulfhydrase activity
類似検索 - 分子機能
D-cysteine desulphhydrase, bacterial / D-cysteine desulfhydrase / 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase/D-cysteine desulfhydrase / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / D-cysteine desulfhydrase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Bharath, S.R. / Shveta, B. / Rajesh, K.H. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R.N.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Structural and Mutational Studies on Substrate Specificity and Catalysis of Salmonella typhimurium D-Cysteine Desulfhydrase.
著者: Bharath, S.R. / Bisht, S. / Harijan, R.K. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R.N.
履歴
登録2012年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月10日Group: Structure summary
改定 1.22023年11月8日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-cysteine desulfhydrase
B: D-cysteine desulfhydrase
C: D-cysteine desulfhydrase
D: D-cysteine desulfhydrase
E: D-cysteine desulfhydrase
F: D-cysteine desulfhydrase
G: D-cysteine desulfhydrase
H: D-cysteine desulfhydrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)294,99116
ポリマ－294,2318
非ポリマー7608
水32418
1
A: D-cysteine desulfhydrase
B: D-cysteine desulfhydrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,7484
ポリマ－73,5582
非ポリマー1902
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3360 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area23360 Å2
手法PISA
2
C: D-cysteine desulfhydrase
D: D-cysteine desulfhydrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,7484
ポリマ－73,5582
非ポリマー1902
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3470 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area23300 Å2
手法PISA
3
E: D-cysteine desulfhydrase
F: D-cysteine desulfhydrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,7484
ポリマ－73,5582
非ポリマー1902
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3330 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area23530 Å2
手法PISA
4
G: D-cysteine desulfhydrase
H: D-cysteine desulfhydrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,7484
ポリマ－73,5582
非ポリマー1902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3400 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area23500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)181.463, 158.140, 181.925
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.10, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: 1

Dom-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1ALAALAAA-1 - 32813 - 342
2LEULEUBB6 - 32820 - 342
3LEULEUCC6 - 32820 - 342
4SERSERDD0 - 32814 - 342
5ALAALAEE-1 - 32813 - 342
6HISHISFF5 - 32819 - 342
7HISHISGG5 - 32819 - 342
8METMETHH-2 - 32812 - 342

-
要素

#1: タンパク質
D-cysteine desulfhydrase


分子量: 36778.844 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: dcyD / プラスミド: pRSET C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) Rosetta / 参照: UniProt: Q8ZNT7, D-cysteine desulfhydrase
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.2 %
結晶化温度: 298 K / 手法: microbatch method under oil / pH: 8.2
詳細: 1.8M Na/K Phosphate pH 8.2, Microbatch method under oil, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年2月20日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Ni mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→90.66 Å / Num. obs: 69703 / % possible obs: 90.7 % / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 60.032 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 3.3→3.48 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.425 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 9823 / % possible all: 87.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4D8T

4d8t


解像度: 3.3→52.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.891 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.859 / SU B: 27.124 / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.513 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27462 3499 5 %RANDOM
Rwork0.24612 ---
obs0.24756 66132 90.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 66.376 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å2-0.01 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→52.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19098 0 40 18 19156
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.02219507
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.691.98626673
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.15452599
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.80924.803735
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.979152860
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.6121578
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.23153
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02114762
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4481.512922
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.868220528
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.11436585
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9474.56145
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 2152 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
Atight positional0.070.05
Btight positional0.060.05
Ctight positional0.050.05
Dtight positional0.060.05
Etight positional0.050.05
Ftight positional0.060.05
Gtight positional0.060.05
Htight positional0.050.05
Atight thermal0.090.5
Btight thermal0.080.5
Ctight thermal0.070.5
Dtight thermal0.080.5
Etight thermal0.080.5
Ftight thermal0.10.5
Gtight thermal0.090.5
Htight thermal0.080.5
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.385 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.395 256 -
Rwork0.379 4666 -
obs--87.35 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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