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万見
- PDB-1f2d: 1-AMINOCYCLOPROPANE-1-CARBOXYLATE DEAMINASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f2d
タイトル1-AMINOCYCLOPROPANE-1-CARBOXYLATE DEAMINASE
要素1-AMINOCYCLOPROPANE-1-CARBOXYLATE DEAMINASE
キーワードLYASE / 1-AMINOCYCLOPROPANE-1-CARBOXYLATE DEAMINASE / CARBON-CARBON LYASE / OPEN TWISTED ALPHA/BETA
機能・相同性
機能・相同性情報


amine catabolic process / 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase / 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase activity / D-cysteine desulfhydrase activity / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase / 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase/D-cysteine desulfhydrase / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Williopsis saturnus (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Yao, M. / Ose, T. / Sugimoto, H. / Horiuchi, A. / Nakagawa, A. / Yokoi, D. / Murakami, T. / Honma, M. / Wakatsuki, S. / Tanaka, I.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase from Hansenula saturnus.
著者: Yao, M. / Ose, T. / Sugimoto, H. / Horiuchi, A. / Nakagawa, A. / Wakatsuki, S. / Yokoi, D. / Murakami, T. / Honma, M. / Tanaka, I.
履歴
登録2000年5月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1-AMINOCYCLOPROPANE-1-CARBOXYLATE DEAMINASE
B: 1-AMINOCYCLOPROPANE-1-CARBOXYLATE DEAMINASE
C: 1-AMINOCYCLOPROPANE-1-CARBOXYLATE DEAMINASE
D: 1-AMINOCYCLOPROPANE-1-CARBOXYLATE DEAMINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,72112
ポリマ－148,3494
非ポリマー1,3738
水16,916939
1
A: 1-AMINOCYCLOPROPANE-1-CARBOXYLATE DEAMINASE
B: 1-AMINOCYCLOPROPANE-1-CARBOXYLATE DEAMINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,8616
ポリマ－74,1742
非ポリマー6864
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5300 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area23390 Å2
手法PISA
2
C: 1-AMINOCYCLOPROPANE-1-CARBOXYLATE DEAMINASE
D: 1-AMINOCYCLOPROPANE-1-CARBOXYLATE DEAMINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,8616
ポリマ－74,1742
非ポリマー6864
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5310 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area23070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.38, 269.37, 186.62
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
1-AMINOCYCLOPROPANE-1-CARBOXYLATE DEAMINASE


分子量: 37087.125 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Williopsis saturnus (菌類) / プラスミド: PET11D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7M523, EC: 4.1.99.4
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 939 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: AMMONIUM SULFATE, POTASSIUM PHOSPHATE, PYRIDOXAL 5'-PHOSPHATE, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
濃度: 10 mg/ml / 一般名: protein

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→100 Å / Num. obs: 110515 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.05 % / Biso Wilson estimate: 28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.223 / Mean I/σ(I) obs: 4.39 / % possible all: 96.3
反射
*PLUS
Num. obs: 110126 / 冗長度: 9.08 % / Num. measured all: 1000373
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.3 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARP位相決定
CNS0.9精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→15 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINTS / 交差検証法: THROUGHT REFINEMENT / σ(F): 3.4 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 10211 9.8 %9.8
Rwork0.221 ---
obs0.221 101968 90.38 %-
all-110358 --
溶媒の処理溶媒モデル: THROUGHOUT REFINEMENT / Bsol: 60.1 Å2 / ksol: 0.4825 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 40.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.314 Å20 Å20 Å2
2---4.833 Å20 Å2
3---7.147 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.32 Å
Luzzati d res low-6.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10428 0 80 939 11447
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0096
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.448
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.795
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.01 Å / Total num. of bins used: 50 /
Rfactor反射数
Rfree0.33 -
Rwork0.289 547
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.256
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.795

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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