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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5d6h | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of CsuC-CsuA/B chaperone-major subunit pre-assembly complex from Csu biofilm-mediating pili of Acinetobacter baumannii | |||||||||
要素 |
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キーワード | CHAPERONE/PROTEIN TRANSPORT / archaic chaperone-usher pathway / Ig-like fold / beta sheet sandwich / donor-strand complementation / chaperone-protein transport complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Acinetobacter baumannii (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Pakharukova, N.A. / Tuitilla, M. / Paavilainen, S. / Zavialov, A. | |||||||||
資金援助 | フィンランド, 2件
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引用 | ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2015 タイトル: Structural Insight into Archaic and Alternative Chaperone-Usher Pathways Reveals a Novel Mechanism of Pilus Biogenesis. 著者: Pakharukova, N. / Garnett, J.A. / Tuittila, M. / Paavilainen, S. / Diallo, M. / Xu, Y. / Matthews, S.J. / Zavialov, A.V. #1: ジャーナル: Acta Cryst / 年: 2015 タイトル: Crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of the Csu pili CsuC-CsuA/B chaperone-major subunit pre-assembly complex from Acinetobacter baumannii 著者: Pakharukova, N. / Paavilainen, S. / Tuitila, M. / Zavialov, A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5d6h.cif.gz | 140.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5d6h.ent.gz | 116.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5d6h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5d6h_validation.pdf.gz | 430.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5d6h_full_validation.pdf.gz | 436.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5d6h_validation.xml.gz | 15.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5d6h_validation.cif.gz | 21.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/5d6h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/5d6h | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27192.264 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 35-277 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: csuC / プラスミド: pET101 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): AI / 参照: UniProt: Q6XBY4 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 15930.395 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 38-180 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: csuA/B / プラスミド: pET101 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): AI / 参照: UniProt: Q6XBY7 |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.75 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M sodium malonate, 15% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.979 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月23日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.4→46.762 Å / Num. all: 20138 / Num. obs: 36640 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 15.2 % / Rpim(I) all: 0.014 / Rrim(I) all: 0.054 / Rsym value: 0.043 / Net I/av σ(I): 8.978 / Net I/σ(I): 37.4 / Num. measured all: 305639 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.4→45.904 Å / FOM work R set: 0.8107 / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.83 / 位相誤差: 25.76 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 133.01 Å2 / Biso mean: 46.82 Å2 / Biso min: 8.41 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.4→45.904 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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