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- PDB-5d60: Structure of Chaetomium thermophilum Skn7 coiled-coil domain, cry... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d60
タイトルStructure of Chaetomium thermophilum Skn7 coiled-coil domain, crystal form III
要素Putative transcription factor
キーワードTRANSCRIPTION / coiled-coil
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay signal transduction system / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
HSF-type DNA-binding domain signature. / Heat shock factor (HSF)-type, DNA-binding / HSF-type DNA-binding / heat shock factor / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription factor SKN7
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Neudegger, T. / Verghese, J. / Hayer-Hartl, M. / Hartl, F.U. / Bracher, A.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structure of human heat-shock transcription factor 1 in complex with DNA.
著者: Neudegger, T. / Verghese, J. / Hayer-Hartl, M. / Hartl, F.U. / Bracher, A.
履歴
登録2015年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative transcription factor
B: Putative transcription factor
C: Putative transcription factor
D: Putative transcription factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7834
ポリマ－27,7834
非ポリマー00
水1,38777
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10410 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area12570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.730, 40.202, 52.777
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 118.570, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERAA160 - 2131 - 54
21SERSERBB160 - 2131 - 54
12SERSERAA160 - 2131 - 54
22SERSERCC160 - 2131 - 54
13SERSERAA160 - 2131 - 54
23SERSERDD160 - 2131 - 54
14LEULEUBB160 - 2201 - 61
24LEULEUCC160 - 2201 - 61
15LEULEUBB160 - 2201 - 61
25LEULEUDD160 - 2201 - 61
16LEULEUCC160 - 2201 - 61
26LEULEUDD160 - 2201 - 61

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Putative transcription factor / CtSkn7


分子量: 6945.839 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 160-220 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 遺伝子: CTHT_0048700 / プラスミド: pHUE / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: G0SB31
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 27.7 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 25 % PEG-3350, 0.2 M MgCl2 and 0.1 M Bis-Tris pH 5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.923
11-H, -K, H+L20.077
反射解像度: 1.9→44.55 Å / Num. obs: 14684 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 26.9 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 7.2 / Num. measured all: 41428
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
1.9-1.942.80.5991.725979150.7220.40796.6
9.09-44.552.50.0516.33651440.9990.03592.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.1.27データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5D5Y

5d5y


解像度: 1.9→44.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / WRfactor Rfree: 0.2975 / WRfactor Rwork: 0.2387 / FOM work R set: 0.7883 / SU B: 3.939 / SU ML: 0.12 / SU R Cruickshank DPI: 0.0556 / SU Rfree: 0.0454 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.045 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2947 753 5.2 %RANDOM
Rwork0.2405 ---
obs0.2432 13834 97.15 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 109.6 Å2 / Biso mean: 45.994 Å2 / Biso min: 17.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-31.62 Å20 Å23.69 Å2
2--5.11 Å2-0 Å2
3----36.73 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→44.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1850 0 0 77 1927
Biso mean---44.47 -
残基数----238
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0191852
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0090.021846
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7571.9642495
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.79534219
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1485234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg44.75928.49593
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.6715378
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.156154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2307
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022174
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02402
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A23050.22
12B23050.22
21A23490.2
22C23490.2
31A22340.25
32D22340.25
41B26220.23
42C26220.23
51B26230.23
52D26230.23
61C25850.25
62D25850.25
LS精密化 シェル解像度: 1.896→1.945 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.566 45 -
Rwork0.473 959 -
all-1004 -
obs--92.45 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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