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- PDB-5d5g: Structure of colocasia esculenta agglutinin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d5g
タイトルStructure of colocasia esculenta agglutinin
要素(Tuber agglutinin) x 2
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / CARBOHYDRATE BINDING / LECTIN / AGGLUTININ / BETA PRISM II
機能・相同性
機能・相同性情報


response to other organism / D-mannose binding / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Agglutinin, subunit A / Bulb-type lectin domain / Bulb-type lectin domain / Bulb-type lectin domain superfamily / Bulb-type lectin domain profile. / Bulb-type mannose-specific lectin / Orthogonal Prism / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mannose-specific lectin CEA
類似検索 - 構成要素
生物種Colocasia esculenta (サトイモ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Biswas, H. / Chattopadhyaya, R.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Science and Technologynone インド
引用
ジャーナル: J GLYCOBIO / 年: 2017
タイトル: Crystal structure Colocasia esculenta tuber agglutinin at 1.74A resolution and its quaternary interactions
著者: Chattopadhyaya, R. / Biswas, H. / Sarkar, A.
#1: ジャーナル: J. Biomol. Struct. Dyn. / 年: 2017
タイトル: Thermal and chemical denaturation of Colocasia esculenta tuber agglutinin from alpha 2 beta 2 to unfolded state
著者: Biswas, H. / Chattopadhyaya, R.
履歴
登録2015年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tuber agglutinin
B: Tuber agglutinin
C: Tuber agglutinin
D: Tuber agglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,31811
ポリマ－48,8634
非ポリマー4567
水2,414134
1
A: Tuber agglutinin
B: Tuber agglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8879
ポリマ－24,4312
非ポリマー4567
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3630 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area10350 Å2
手法PISA
2
C: Tuber agglutinin
D: Tuber agglutinin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4312
ポリマ－24,4312
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3630 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area10170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.012, 47.198, 82.251
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number17
Space group name H-MP2221

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Tuber agglutinin


分子量: 12012.415 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 24-132 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Colocasia esculenta (サトイモ) / Plasmid details: local market, food item / 組織: tuber / 参照: UniProt: R9RL27
#2: タンパク質 Tuber agglutinin


分子量: 12418.863 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 140-250 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Colocasia esculenta (サトイモ) / Plasmid details: local market, food item / 組織: tuber / 参照: UniProt: R9RL27

-
非ポリマー , 4種, 141分子

#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.27 % / 解説: rectangular plates
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: reservoir included 1.8 M ammonium sulphate and 0.1 M Hepes, pH 6.0; stock protein solution contained 8.1 mg/ml of lectin in 20 mM Tris pH 8.5; protein & reservoir soln mixed in 3:1 ratio at ...詳細: reservoir included 1.8 M ammonium sulphate and 0.1 M Hepes, pH 6.0; stock protein solution contained 8.1 mg/ml of lectin in 20 mM Tris pH 8.5; protein & reservoir soln mixed in 3:1 ratio at start and placed on siliconized cover slip
Temp details: fluctuated within 5 K

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K / Ambient temp details: over 2 days, 8 min per frame
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5419 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年12月5日
放射モノクロメーター: Ni filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5419 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.536→21 Å / Num. obs: 59836 / % possible obs: 83.4 % / 冗長度: 5.61 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Rsym value: 0.38 / Net I/σ(I): 2.7
反射 シェル解像度: 1.536→1.58 Å / 冗長度: 1.92 % / Rmerge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / % possible all: 20

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3R0E

3r0e


解像度: 1.74→20.986 Å / SU ML: 0.6 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 60.71 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THERE ARE 7 PROTEIN ATOMS AND 5 WATER MOLECULARS WITH ZERO B FACTORS. AUTHOR HAS CONFIRMED THESE ATOMS AND STATED: 7 PROTEIN ATOMS WITH ZERO B FACTORS AFTER PHENIX REFINEMENT, FOUND TO ...詳細: THERE ARE 7 PROTEIN ATOMS AND 5 WATER MOLECULARS WITH ZERO B FACTORS. AUTHOR HAS CONFIRMED THESE ATOMS AND STATED: 7 PROTEIN ATOMS WITH ZERO B FACTORS AFTER PHENIX REFINEMENT, FOUND TO POSSESS QUITE STRONG ELECTRON DENSITIES. THE 5 WATER MOLECULES WITH ZERO TEMPERATURE FACTORS COULD VERY WELL BE SODIUM CATIONS WHICH ARE ISO-ELECTRONIC WITH WATER OXYGEN ATOMS. HOWEVER NA+ IONS SHOULD HAVE HIGHER ELECTRON DENSITIES AT THEIR CENTERS COMPARED TO OXYGEN, DUE TO A HIGHER ATOMIC NUMBER.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4272 837 1.7 %
Rwork0.3441 48357 -
obs0.3455 49194 99.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 55.33 Å2 / Biso mean: 19.0229 Å2 / Biso min: 0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.74→20.986 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3418 0 25 134 3577
Biso mean--22.24 15.01 -
残基数----439
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083523
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3764774
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084504
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005620
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7631247
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.74-1.8490.39561250.38527648777396
1.849-1.99160.44361500.399280228172100
1.9916-2.19190.4261230.402480588181100
2.1919-2.50860.44211420.375380828224100
2.5086-3.15880.42621530.374581418294100
3.1588-20.98760.42651440.279384068550100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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