[日本語] English
万見
- PDB-5d3d: Crystal structure of Staphylococcal Superantigen-Like protein 3 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d3d
タイトルCrystal structure of Staphylococcal Superantigen-Like protein 3
要素Staphylococcal Superantigen-Like protein 3
キーワードIMMUNE SYSTEM / Superantigens / Superantigen-like proteins / SSL / SSL3 / Toll-Like Receptor 2 / TLR2 / Immunology / Inflammation / Inhibition
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region
類似検索 - 分子機能
Staphylococcus aureus exotoxin / Staphylococcal superantigen-like OB-fold domain / Staphylococcal superantigen-like OB-fold domain / Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin, conserved site / Staphyloccocal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 2. / Ubiquitin-like (UB roll) - #120 / Superantigen, staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Superantigen toxin, C-terminal ...Staphylococcus aureus exotoxin / Staphylococcal superantigen-like OB-fold domain / Staphylococcal superantigen-like OB-fold domain / Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin, conserved site / Staphyloccocal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 2. / Ubiquitin-like (UB roll) - #120 / Superantigen, staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Superantigen toxin, C-terminal / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / Enterotoxin / Ubiquitin-like (UB roll) / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Roll / Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THIOCYANATE ION / Staphylococcal superantigen-like 3
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Feitsma, L.J. / Huizinga, E.G.
資金援助 オランダ, 3件
組織認可番号国
Netherlands Organization for Scientific ResearchECHO Grant 700.58.006 オランダ
Netherlands Organization for Health Research and DevelopmentZonMw Grant 205200004 オランダ
Dutch Top Institute Pharma ProjectD1-101 オランダ
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Structural basis for inhibition of TLR2 by staphylococcal superantigen-like protein 3 (SSL3).
著者: Koymans, K.J. / Feitsma, L.J. / Brondijk, T.H. / Aerts, P.C. / Lukkien, E. / Lossl, P. / van Kessel, K.P. / de Haas, C.J. / van Strijp, J.A. / Huizinga, E.G.
履歴
登録2015年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月2日Group: Database references
改定 1.22015年9月9日Group: Database references
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Staphylococcal Superantigen-Like protein 3
B: Staphylococcal Superantigen-Like protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,43814
ポリマ－45,6972
非ポリマー74112
水3,855214
1
A: Staphylococcal Superantigen-Like protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2898
ポリマ－22,8491
非ポリマー4417
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Staphylococcal Superantigen-Like protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1496
ポリマ－22,8491
非ポリマー3015
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.000, 79.220, 96.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Staphylococcal Superantigen-Like protein 3


分子量: 22848.506 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 164-356 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: SAOUHSC_00386 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta-gami / 参照: UniProt: Q2G0X7

-
非ポリマー , 5種, 226分子

#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2 / 詳細: PEG 3350, potassium thiocyanate

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→61.2 Å / Num. obs: 33556 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 32.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 1.94→1.99 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.73 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLM1.0.6データ削減
Aimless1.7.6データスケーリング
PHASER2.5.2位相決定
REFMAC5.8.0073精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: SSL4

解像度: 1.94→61.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 7.832 / SU ML: 0.111 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.147 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22431 1694 5.1 %RANDOM
Rwork0.17635 ---
obs0.17874 31805 99.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.308 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.54 Å2-0 Å20 Å2
2---0.22 Å2-0 Å2
3----1.32 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.94→61.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3178 0 41 214 3433
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0193371
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023363
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2061.9764520
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.66837812
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9035416
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.49625.195154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.47315710
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.5441512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2491
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023682
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02734
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.132.341577
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.132.341576
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.793.4981975
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.793.4981976
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4852.5971794
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.4852.5971794
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.4293.7892530
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.23819.1383847
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.08118.7863783
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.94→1.99 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 108 -
Rwork0.269 2307 -
obs--99.83 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.48670.13060.37112.08221.15822.18120.03830.1332-0.213-0.15270.0631-0.04090.10760.0052-0.10140.09570.0236-0.02380.0395-0.01370.0545-9.5907-12.186413.3197
21.36520.56670.96951.63650.942.87160.001-0.0539-0.06630.05260.0003-0.09-0.155-0.0029-0.00130.06740.0154-0.00970.01570.01050.0202-4.01391.097527.9603
31.6661-0.39850.27082.395-0.17432.24550.0446-0.03-0.08120.01360.02020.05150.17410.1216-0.06480.067-0.01290.00780.02280.00070.027923.6522-4.04272.8254
41.8761-0.2928-0.40112.2687-0.29482.87680.124-0.14360.34240.21630.08510.0334-0.6781-0.0383-0.20910.2404-0.00690.0780.022-0.0210.102318.040614.32279.3442
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 223
2X-RAY DIFFRACTION2A224 - 326
3X-RAY DIFFRACTION3B1 - 223
4X-RAY DIFFRACTION4B224 - 326

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る