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- PDB-5d13: Third PDZ domain (PDZ3) of PSD-95 complexed with CFMOC-KKETEV peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d13
タイトルThird PDZ domain (PDZ3) of PSD-95 complexed with CFMOC-KKETEV peptide
要素
  • CFMOC-KKETEV peptide
  • Disks large homolog 4
キーワードsignaling protein/inhibitor / protein-peptide complex / signaling protein-inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RHO GTPases activate CIT / positive regulation of AMPA glutamate receptor clustering / neuronal ion channel clustering / P2Y1 nucleotide receptor binding / beta-1 adrenergic receptor binding / Neurexins and neuroligins / neuroligin family protein binding / structural constituent of postsynaptic density / synaptic vesicle maturation / positive regulation of neuron projection arborization ...RHO GTPases activate CIT / positive regulation of AMPA glutamate receptor clustering / neuronal ion channel clustering / P2Y1 nucleotide receptor binding / beta-1 adrenergic receptor binding / Neurexins and neuroligins / neuroligin family protein binding / structural constituent of postsynaptic density / synaptic vesicle maturation / positive regulation of neuron projection arborization / regulation of grooming behavior / receptor localization to synapse / vocalization behavior / cerebellar mossy fiber / LGI-ADAM interactions / proximal dendrite / neuron spine / Trafficking of AMPA receptors / protein localization to synapse / AMPA glutamate receptor clustering / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / cellular response to potassium ion / dendritic branch / positive regulation of dendrite morphogenesis / dendritic spine morphogenesis / negative regulation of receptor internalization / juxtaparanode region of axon / frizzled binding / acetylcholine receptor binding / neuron projection terminus / dendritic spine organization / regulation of NMDA receptor activity / positive regulation of synapse assembly / Synaptic adhesion-like molecules / NMDA selective glutamate receptor signaling pathway / RAF/MAP kinase cascade / beta-2 adrenergic receptor binding / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / cortical cytoskeleton / social behavior / locomotory exploration behavior / AMPA glutamate receptor complex / regulation of neuronal synaptic plasticity / neuromuscular process controlling balance / kinesin binding / excitatory synapse / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / positive regulation of synaptic transmission / D1 dopamine receptor binding / glutamate receptor binding / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / ionotropic glutamate receptor binding / dendrite cytoplasm / cell periphery / PDZ domain binding / establishment of protein localization / synaptic membrane / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / postsynaptic density membrane / neuromuscular junction / cell-cell adhesion / cerebral cortex development / kinase binding / cell junction / synaptic vesicle / cell-cell junction / nervous system development / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / protein-containing complex assembly / scaffold protein binding / protein phosphatase binding / chemical synaptic transmission / dendritic spine / postsynaptic membrane / postsynapse / neuron projection / postsynaptic density / signaling receptor binding / synapse / dendrite / protein-containing complex binding / protein kinase binding / glutamatergic synapse / endoplasmic reticulum / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Polyubiquitination (PEST) N-terminal domain of MAGUK / Disks large homologue 1, N-terminal PEST domain / Polyubiquitination (PEST) N-terminal domain of MAGUK / PDZ-associated domain of NMDA receptors / PDZ-associated domain of NMDA receptors / Disks large 1-like / : / Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. / Guanylate kinase-like domain profile. ...Polyubiquitination (PEST) N-terminal domain of MAGUK / Disks large homologue 1, N-terminal PEST domain / Polyubiquitination (PEST) N-terminal domain of MAGUK / PDZ-associated domain of NMDA receptors / PDZ-associated domain of NMDA receptors / Disks large 1-like / : / Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / SH3 domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CFMOC-KKETEV peptide / Disks large homolog 4
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.151 Å
データ登録者De, S. / Spaller, M.R. / Olson, R.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Chemically-modified peptides as inhibitors of PDZ3 of PSD-95
著者: Memic, A. / De, S. / Lakhani, B. / Beveridge, D.L. / Olson, R. / Spaller, M.R.
履歴
登録2015年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 2.02024年4月24日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / cell / entity / entity_poly / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.group_PDB ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _cell.Z_PDB / _entity_poly.pdbx_strand_id / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _pdbx_refine_tls.origin_x / _pdbx_refine_tls.origin_y / _pdbx_refine_tls.origin_z / _pdbx_refine_tls_group.beg_auth_seq_id / _pdbx_refine_tls_group.end_auth_seq_id / _pdbx_refine_tls_group.selection_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 3.02024年7月10日Group: Data collection / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _entity.formula_weight
改定 3.12024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Disks large homolog 4
B: Disks large homolog 4
C: Disks large homolog 4
D: Disks large homolog 4
G: CFMOC-KKETEV peptide
E: CFMOC-KKETEV peptide
H: CFMOC-KKETEV peptide
F: CFMOC-KKETEV peptide
I: CFMOC-KKETEV peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,7289
ポリマ－55,7289
非ポリマー00
水1,04558
1
A: Disks large homolog 4
E: CFMOC-KKETEV peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6932
ポリマ－13,6932
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1190 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area5740 Å2
手法PISA
2
B: Disks large homolog 4
G: CFMOC-KKETEV peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6932
ポリマ－13,6932
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1300 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area5710 Å2
手法PISA
3
C: Disks large homolog 4
H: CFMOC-KKETEV peptide
I: CFMOC-KKETEV peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6483
ポリマ－14,6483
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Disks large homolog 4
F: CFMOC-KKETEV peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6932
ポリマ－13,6932
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1140 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area5310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.940, 84.940, 210.192
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

-
要素

#1: タンパク質
Disks large homolog 4 / Postsynaptic density protein 95 / PSD-95 / Synapse-associated protein 90 / SAP90


分子量: 12738.067 Da / 分子数: 4 / 断片: unp residues 302-402 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GST-Fusion / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Dlg4, Dlgh4, Psd95 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BLR-Gold / 参照: UniProt: P31016
#2: タンパク質・ペプチド
CFMOC-KKETEV peptide


タイプ: Oligopeptide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 955.103 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: CFMOC-KKETEV peptide
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.89 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 / 詳細: 20 mM HEPES 100 mM NaCl 1.8 M tri-sodium citrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→36.5 Å / Num. obs: 30723 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.036 / Net I/σ(I): 10.5 / Num. measured all: 206411 / Scaling rejects: 45
反射 シェル解像度: 2.15→2.22 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.715 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. measured all: 13352 / Num. unique all: 2650 / CC1/2: 0.881 / Rpim(I) all: 0.339 / Rejects: 0 / % possible all: 99.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLM7.1.0データ削減
Aimless0.2.17データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PHENIX1.8.4精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1TP3

1tp3


解像度: 2.151→36.499 Å / FOM work R set: 0.7143 / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 33.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2565 1530 4.99 %
Rwork0.2101 29148 -
obs0.2125 30678 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 188.56 Å2 / Biso mean: 76.05 Å2 / Biso min: 30.7 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.151→36.499 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3064 0 41 58 3163
Biso mean--58.77 56.15 -
残基数----429
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013143
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.194267
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049468
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007575
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4561092
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.1511-2.22060.36261310.342226722803
2.2206-2.29990.34911110.310526762787
2.2999-2.3920.31391610.267126182779
2.392-2.50080.28261410.260926642805
2.5008-2.63260.26951510.248826122763
2.6326-2.79750.29131480.258126272775
2.7975-3.01340.28591370.236826732810
3.0134-3.31650.28781480.235926252773
3.3165-3.7960.2551350.199126632798
3.796-4.78080.21491380.162526712809
4.7808-36.50390.22511290.180226472776
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.65464.7486-4.67884.8836-4.63814.6352-0.05662.038-0.2936-2.31110.2824-0.46940.38320.1457-0.37180.9063-0.0195-0.02960.77650.10890.853109.281-13.094-32.387
21.7633-3.4774-0.09567.74662.16249.02960.9885-0.7981-2.8591-0.36330.54880.85393.5413-2.4517-1.2591.0964-0.2529-0.40680.8460.31551.1072103.52-26.192-22.428
33.1821-1.57180.8638.1729-0.95442.1170.1368-0.4141-0.12570.0009-0.08030.1438-0.31260.6156-0.03210.3897-0.0203-0.01180.6287-0.05170.7459114.961-15.599-18.053
44.58272.70891.66136.5822.02097.81570.30.03-0.0078-0.88760.4007-0.4696-0.45350.3736-0.52210.41060.02650.02340.40880.0040.6856109.299-15.116-24.552
55.37464.19126.13763.75333.83618.50520.2683-0.87471.2630.9773-0.87950.95810.5133-0.70280.69450.5004-0.07350.04360.5337-0.02180.7244105.552-14.985-13.695
69.1388-0.11452.41796.175-3.17728.2834-0.0060.72371.46350.2161-0.3037-0.5128-0.67871.07340.35220.4833-0.03320.05880.4217-0.03870.6316116.603-13.428-22.163
75.3981-4.91363.22294.7799-1.57047.3271.21841.76680.3046-1.5372-0.8818-0.22290.16560.181-0.14710.58290.0483-0.00620.3895-0.03370.561384.98-21.102-16.017
85.27550.4482-2.56425.9206-1.04076.65350.0187-0.16750.5084-0.3389-0.0299-0.4913-0.13910.5455-0.07540.3897-0.0080.03270.2355-0.06850.65489.237-15.386-4.745
95.3627-0.69721.09763.43462.87342.9245-0.43421.3735-0.1041-0.16470.48210.0377-1.2072-0.0384-0.12520.6452-0.08290.02510.40020.06020.76486.035-13.704-13.116
102.9536-1.4609-0.09695.2171-1.16053.00030.10410.11450.1508-0.2005-0.03380.08050.3314-0.0165-0.1050.4134-0.0147-0.03220.2314-0.05510.490985.832-24.158-4.5
116.4183-1.25490.01215.39785.97197.9818-0.3327-0.6428-0.39870.8828-0.61590.7510.8756-0.78010.9560.56070.03480.00680.4452-0.11020.887575.434-7.456-2.796
124.8649-4.272-1.62823.80781.82037.18860.2570.34690.733-0.6024-0.51-1.4768-0.42680.57430.37310.3591-0.02060.02170.40440.06980.7392104.907-37.4530.585
137.2313-1.47551.27074.1392-1.26214.6638-0.1819-0.57450.13441.24940.1384-1.1939-0.33140.26590.0260.5230.0551-0.22910.3616-0.05080.539698.225-38.7679.867
141.3758-1.04130.73081.7989-0.42232.0683-0.5868-1.10361.14382.14350.1884-2.0333-0.44770.6550.50561.07210.1415-0.69390.873-0.19051.0801106.39-35.91617.546
152.0896-0.4386-0.04846.30670.93513.9392-0.9666-0.62471.13042.03750.8477-2.0186-0.28890.55470.17830.65910.0263-0.29880.4363-0.12031.0281103.688-33.7318.311
162.61673.1071-3.14123.607-3.7113.6632-0.3609-0.6965-0.68820.3208-0.4462-1.88850.38140.03860.6840.53720.053-0.130.4908-0.00010.6448101.385-54.62311.803
174.40393.93551.79534.73444.15476.43420.43621.84361.2345-0.6252-0.07-0.46640.2191.1411-0.06471.15930.0720.09191.470.3190.9701107.93-15.37820.018
189.187-5.99923.50324.0057-2.66992.48341.4709-0.1027-1.65160.1897-0.1608-0.5962.188-1.0724-1.49450.7603-0.2644-0.12721.1831-0.02160.8291107.59-24.49131.715
198.18044.49244.40258.20821.90092.5664-0.792-1.3581.43331.52370.629-2.15010.06850.98970.13490.90210.0886-0.27331.1157-0.09590.9938114.93-15.96334.045
208.9409-1.04748.90373.38720.41389.63122.22622.3742-2.6106-3.1488-0.95550.19082.71621.1726-1.481.5560.341-0.56991.4843-0.42811.2976109.823-28.95123.558
216.3835-1.2736.18743.14271.51278.5878-0.19963.16660.6055-1.7132-0.4767-0.9311-1.32170.05440.75870.6693-0.01610.05851.3760.05460.9391110.556-15.91325.924
225.7972-1.18011.51077.4744-0.70234.8873-0.8996-2.11682.03930.52480.6642-0.4603-1.0512-0.68460.53351.01010.5006-0.31662.1391-0.38751.2507103.657-10.03533.674
239.952.78192.56677.85640.52543.2475-0.7767-0.77792.3603-0.6474-0.50780.2534-0.20890.42911.16160.67380.0813-0.03391.49290.13710.6674104.526-17.01231.261
244.9719-2.29143.81594.637-1.70362.8555-0.65031.84080.58250.14840.69230.50270.1167-0.70160.4650.9072-0.34590.26331.63360.26841.5933124.836-13.14133.304
255.5429-5.4984-4.88455.45934.78544.78470.2986-0.57952.0910.4744-0.1064-0.2265-0.46740.0252-0.02590.46760.0123-0.01210.4493-0.19920.641288.727-14.2412.929
262.00741.96511.97671.92521.99788.09431.53050.55311.5356-0.5159-0.17350.04080.95960.7466-0.97270.5090.07110.07130.4117-0.04711.162486.928-35.849-2.512
275.4392-4.8244.48045.206-6.22649.16710.4682-0.16770.30040.3334-0.027-0.96720.68210.7861-0.52980.66990.0143-0.17080.7820.02180.9501112.951-20.989-14.14
282.8395-0.7909-1.12114.1976-3.55234.155-1.00610.2247-0.88330.9317-0.5175-0.5688-0.4842-0.20441.61261.08470.27730.04710.6934-0.00350.804194.431-41.0718.157
295.9391-4.5559-0.72345.0468-1.69724.2511-0.5986-1.70011.9438-0.77021.50341.06651.6271-0.7662-0.5870.9139-0.1185-0.4631.33350.04430.893112.899-22.05137.932
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 307:317 )A307 - 317
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 318:324 )A318 - 324
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 325:341 )A325 - 341
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 342:371 )A342 - 371
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 372:380 )A372 - 380
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 381:406 )A381 - 406
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 307:317 )B307 - 317
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 318:350 )B318 - 350
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 351:356 )B351 - 356
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 357:393 )B357 - 393
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 394:406 )B394 - 406
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN C AND RESID 306:317 )C306 - 317
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN C AND RESID 318:362 )C318 - 362
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN C AND RESID 363:380 )C363 - 380
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN C AND RESID 381:393 )C381 - 393
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN C AND RESID 394:406 )C394 - 406
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN D AND RESID 307:317 )D307 - 317
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN D AND RESID 318:329 )D318 - 329
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN D AND RESID 330:341 )D330 - 341
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN D AND RESID 342:350 )D342 - 350
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN D AND RESID 351:362 )D351 - 362
22X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN D AND RESID 363:371 )D363 - 371
23X-RAY DIFFRACTION23( CHAIN D AND RESID 372:393 )D372 - 393
24X-RAY DIFFRACTION24( CHAIN D AND RESID 394:406 )D394 - 406
25X-RAY DIFFRACTION25( CHAIN G AND RESID 420:425 )G420 - 425
26X-RAY DIFFRACTION26( CHAIN I AND RESID 502:502 )I502
27X-RAY DIFFRACTION27( CHAIN E AND RESID 420:425 )E420 - 425
28X-RAY DIFFRACTION28( CHAIN H AND RESID 420:425 )H420 - 425
29X-RAY DIFFRACTION29( CHAIN F AND RESID 420:425 )F420 - 425

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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