PDB-5czr: Crystal Structure of Human Protocadherin-24 EC1-2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5czr

タイトル

Crystal Structure of Human Protocadherin-24 EC1-2

要素

Cadherin-related family member 2

キーワード

CELL ADHESION / adhesion / brush border

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of cell growth involved in contact inhibition / intermicrovillar adhesion / brush border assembly / regulation of microvillus length / cell-cell adhesion mediated by cadherin / anchoring junction / microvillus membrane / microvillus / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / brush border ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Johnson, Z.R. / Sotomayor, M.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Human Protocadherin-24 EC1-2
著者: Johnson, Z.R. / Sotomayor, M.

履歴

登録	2015年8月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年11月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5czr.cif.gz	348.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5czr.ent.gz	283.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5czr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5czr_validation.pdf.gz	451.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5czr_full_validation.pdf.gz	456.2 KB	表示
XML形式データ	5czr_validation.xml.gz	32.6 KB	表示
CIF形式データ	5czr_validation.cif.gz	46 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cz/5czr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cz/5czr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5cyxS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6n22-d 3b5n-3 6y1y-d 4whe-d 2o72-d 5tfl-1 5vh2-2 5mwe-d 2wd0-1 4zmy-d 5vh2-3 6eb5-1 6ztb-d 2c5j-d 2whv-d 1wt6-d 5apw-d 4nuq-d 3zdo-1 5vh2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Cadherin-related family member 2

B: Cadherin-related family member 2

C: Cadherin-related family member 2

D: Cadherin-related family member 2

ヘテロ分子

99.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cadherin-related family member 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
24.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Cadherin-related family member 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
24.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Cadherin-related family member 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
24.9 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Cadherin-related family member 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
24.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	70.879, 119.769, 74.318
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.12, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASN	ASN	GLN	GLN	A	A	1 - 214	2 - 215
2	1	ASN	ASN	GLN	GLN	B	B	1 - 214	2 - 215
1	2	ASN	ASN	GLN	GLN	A	A	1 - 214	2 - 215
2	2	ASN	ASN	GLN	GLN	C	C	1 - 214	2 - 215
1	3	ASN	ASN	GLN	GLN	A	A	1 - 214	2 - 215
2	3	ASN	ASN	GLN	GLN	D	D	1 - 214	2 - 215
1	4	ASN	ASN	GLN	GLN	B	B	1 - 214	2 - 215
2	4	ASN	ASN	GLN	GLN	C	C	1 - 214	2 - 215
1	5	MET	MET	PRO	PRO	B	B	0 - 215	1 - 216
2	5	MET	MET	PRO	PRO	D	D	0 - 215	1 - 216
1	6	ASN	ASN	GLN	GLN	C	C	1 - 214	2 - 215
2	6	ASN	ASN	GLN	GLN	D	D	1 - 214	2 - 215

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Cadherin-related family member 2 / Protocadherin LKC / PC-LKC / Protocadherin-24 分子量: 24756.947 Da / 分子数: 4 / 断片: Cadherin domains 1 and 2 residues 21-237 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDHR2, PCDH24, PCLKC / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BYE9
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.2 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3 / 詳細: 0.2 M MgCl 0.1 M HEPES pH 7.3 10% PEF 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 50945 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 3.1 % / Net I/σ(I): 10.9
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.255 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 80.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0124	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5CYX

5cyx

解像度: 2.3→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 12.556 / SU ML: 0.154 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.278 / ESU R Free: 0.211 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23546	2458	4.8 %	RANDOM
R_work	0.20463	-	-	-
obs	0.20617	48462	95.17 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.633 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.07 Å²	-0 Å²	-0.32 Å²
2-	-	0.3 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.3→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6610	0	16	238	6864

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.02	6758
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	6342
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.46	1.962	9225
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.23	3	14624
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.311	5	859
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.906	25.789	285
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.835	15	1065
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	25.146	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	1087
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	7693
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	1467
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.056	2.846	3448
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.052	2.845	3447
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.337	4.257	4303
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.337	4.259	4304
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.342	3.11	3310
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.342	3.111	3311
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.797	4.552	4923
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.78	22.478	7146
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.775	22.434	7098
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	24490	0.08
1	2	B	24490	0.08
2	1	A	24050	0.09
2	2	C	24050	0.09
3	1	A	23594	0.09
3	2	D	23594	0.09
4	1	B	24358	0.09
4	2	C	24358	0.09
5	1	B	24006	0.1
5	2	D	24006	0.1
6	1	C	23900	0.09
6	2	D	23900	0.09

LS精密化シェル

解像度: 2.299→2.358 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.33	147	-
R_work	0.278	2915	-
obs	-	-	77.81 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	詳細	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2438	1.1513	-1.0315	1.2218	-1.081	0.9779	0.2419	-0.0719	0.0452	0.1876	-0.1512	0.0486	-0.1895	0.1222	-0.0908	0.1269	-0.0186	0.0697	0.0646	-0.0071	0.1151	AEC1 Protein	-36.676	-157.448	181.169
2	0.3297	0.6423	-0.6605	1.7383	-1.104	1.604	-0.0626	-0.0157	-0.0265	-0.1863	0.0772	-0.0403	-0.0114	0.0064	-0.0146	0.1183	-0.0022	0.0941	0.0612	-0.0081	0.0983	AEC2 Protein	-15.425	-131.773	146.942
3	1.0753	-0.4451	-0.4577	0.283	0.3764	0.552	0.0919	0.0258	0.0047	-0.0555	-0.0394	-0.0321	-0.0605	-0.056	-0.0525	0.1639	0.0423	0.1397	0.0225	0.0368	0.1281	BEC1 Protein	-17.882	-163.799	207.721
4	1.7228	-1.0843	-0.3182	1.5566	0.1894	0.0768	-0.0073	-0.0134	-0.0136	-0.0024	0.0344	-0.1813	-0.0232	-0.0195	-0.0271	0.0766	0.0112	0.1027	0.035	0.008	0.175	BEC2 Protein	19.654	-189.221	193.343
5	2.3899	-0.8663	-0.8583	0.749	0.5192	0.4446	0.0922	0.2028	-0.1821	0.0264	-0.0858	0.0445	-0.0718	-0.079	-0.0064	0.1357	0.0139	0.1016	0.0489	-0.0079	0.1158	CEC1 Protein	12.207	-165.298	182.903
6	2.1498	-1.7603	0.0199	1.4783	0.0049	1.1149	-0.0499	-0.1331	0.0312	-0.0502	0.1097	-0.0859	0.0012	-0.0711	-0.0598	0.2103	-0.013	0.1411	0.015	-0.0108	0.1018	CEC2 Protein	-28.18	-142.087	193.68
7	0.4219	0.3318	-0.9213	0.9539	-0.6007	2.0603	0.0046	-0.0779	0.0407	-0.0806	0.0945	-0.0576	-0.0297	0.1634	-0.099	0.0668	0.0041	0.098	0.0943	-0.0158	0.1633	DEC1 Protein	-6.148	-155.457	156.313
8	0.9742	0.8024	-0.9586	2.2322	-1.5527	1.5313	-0.0555	0.0274	0.1446	0.0421	0.2157	-0.2254	0.1744	-0.1976	-0.1602	0.1419	-0.045	-0.1593	0.0521	0.0253	0.2516	DEC2 Protein	-25.535	-178.691	193.434

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 100
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1001 - 1003
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	101 - 215
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	1004
5	X-RAY DIFFRACTION	3	B	0 - 100
6	X-RAY DIFFRACTION	3	B	301 - 303
7	X-RAY DIFFRACTION	4	B	101 - 215
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	304
9	X-RAY DIFFRACTION	5	C	1 - 100
10	X-RAY DIFFRACTION	5	C	301 - 303
11	X-RAY DIFFRACTION	6	C	101 - 216
12	X-RAY DIFFRACTION	6	C	304
13	X-RAY DIFFRACTION	7	D	0 - 100
14	X-RAY DIFFRACTION	7	D	301 - 303
15	X-RAY DIFFRACTION	8	D	101 - 215
16	X-RAY DIFFRACTION	8	D	304

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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