PDB-5cyq: HIV-1 reverse transcriptase complexed with 4-bromopyrazole

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5cyq

タイトル

HIV-1 reverse transcriptase complexed with 4-bromopyrazole

要素

(HIV-1 reverse transcriptase, ...) x 2

キーワード

TRANSFERASE / 4-bromopyrazole / phasing / influenza endonuclease / fragment screening

機能・相同性

機能・相同性情報

HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...
類似検索 - 分子機能

HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.147 Å

データ登録者

Bauman, J.D. / Arnold, E.

引用

ジャーナル: IUCrJ / 年: 2016
タイトル: Rapid experimental SAD phasing and hot-spot identification with halogenated fragments.
著者: Bauman, J.D. / Harrison, J.J. / Arnold, E.

履歴

登録	2015年7月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年12月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年4月18日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5cyq.cif.gz	599.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5cyq.ent.gz	503.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5cyq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5cyq_validation.pdf.gz	785.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5cyq_full_validation.pdf.gz	802.2 KB	表示
XML形式データ	5cyq_validation.xml.gz	39.5 KB	表示
CIF形式データ	5cyq_validation.cif.gz	55.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/5cyq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/5cyq	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5cxrC 4g1qS 5cw1 5cym C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4ig3-d 4ifv-d 6c0o-d 4idk-d 6c0n-d 4ify-d 1rt3-d 5c24-d 4kfb-d 2hny-d 1tvr-d 6c0p-d 1fk9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#33 - 2002年9月 HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase) 類似性 (1) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: HIV-1 reverse transcriptase, p66 subunit

B: HIV-1 reverse transcriptase, p51 subunit

ヘテロ分子

118 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	161.887, 73.167, 108.894
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.56, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
HIV-1 reverse transcriptase, ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	HIV-1 reverse transcriptase, p66 subunit / p66 RT 分子量: 63989.238 Da / 分子数: 1 / 変異: K172A, K173A, C280S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate BH10) (ヒト免疫不全ウイルス) 株: isolate BH10 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase
#2: タンパク質	HIV-1 reverse transcriptase, p51 subunit / p51 RT 分子量: 50039.488 Da / 分子数: 1 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate BH10) (ヒト免疫不全ウイルス) 株: isolate BH10 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase

#1: タンパク質

HIV-1 reverse transcriptase, p66 subunit / p66 RT

分子量: 63989.238 Da / 分子数: 1 / 変異: K172A, K173A, C280S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate BH10) (ヒト免疫不全ウイルス)
株: isolate BH10 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase

#2: タンパク質

HIV-1 reverse transcriptase, p51 subunit / p51 RT

分子量: 50039.488 Da / 分子数: 1 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate BH10) (ヒト免疫不全ウイルス)
株: isolate BH10 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase

-
非ポリマー , 5種, 381分子

#3: 化合物	ChemComp-T27 / 4-{[4-({4-[(E)-2-cyanoethenyl]-2,6-dimethylphenyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}benzonitrile / Rilpivirine / 4-[[4-[[4-(2-シアノエテニル)-2,6-ジメチルフェニル]アミノ]ピリミジン-2-イル]アミノ]ベンゾニト(以下略) 分子量: 366.419 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₁₈N₆ / コメント: 薬剤, 阻害剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-BYZ / 4-bromo-1H-pyrazole / 4-ブロモ-1H-ピラゾ-ル分子量: 146.973 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₃BrN₂
#5: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 352 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.75 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.7 詳細: 50 mM Imidazole pH 6.6, 10% PEG 8k, 5% PEG400, 100 mM A/S, 15 mM MgSO4, 10 mM Spermine, 5 mM TCEP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.918 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 131079 / % possible obs: 97.69 % / 冗長度: 2.6 % / Net I/σ(I): 12.78

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1988	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4G1Q

4g1q

解像度: 2.147→39.748 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.42 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2236	3847	2.93 %
R_work	0.203	-	-
obs	0.2036	131079	97.69 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.147→39.748 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7889	0	161	352	8402

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	8278
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.154	11228
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.19	3097
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.038	1197
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1412

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1469-2.1741	0.3211	109	0.3091	3689	X-RAY DIFFRACTION	76
2.1741-2.2027	0.3426	123	0.3105	4186	X-RAY DIFFRACTION	88
2.2027-2.2329	0.3454	126	0.2925	4499	X-RAY DIFFRACTION	92
2.2329-2.2648	0.3314	140	0.2906	4430	X-RAY DIFFRACTION	93
2.2648-2.2986	0.3021	138	0.2735	4703	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2986-2.3345	0.2988	143	0.2689	4668	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3345-2.3728	0.2744	147	0.2558	4770	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3728-2.4137	0.2668	141	0.2545	4734	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4137-2.4576	0.2771	147	0.2461	4806	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4576-2.5048	0.2556	146	0.2408	4792	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5048-2.5559	0.2271	149	0.2217	4827	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5559-2.6115	0.2493	149	0.2138	4883	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6115-2.6722	0.206	144	0.207	4796	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6722-2.7391	0.2251	145	0.2104	4793	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7391-2.8131	0.2299	147	0.2115	4829	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8131-2.8959	0.2473	148	0.2117	4826	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8959-2.9893	0.2808	147	0.2217	4811	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9893-3.0961	0.2942	142	0.223	4792	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0961-3.22	0.2685	150	0.2201	4826	X-RAY DIFFRACTION	100
3.22-3.3665	0.2152	147	0.2042	4842	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3665-3.5439	0.2311	147	0.2033	4814	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5439-3.7657	0.2116	142	0.1856	4831	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7657-4.0562	0.1863	146	0.1693	4824	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0562-4.4639	0.2001	145	0.1665	4828	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4639-5.1087	0.1703	147	0.1614	4798	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1087-6.432	0.1973	150	0.1892	4828	X-RAY DIFFRACTION	100
6.432-39.7548	0.1649	142	0.1777	4807	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.944	-0.1991	-0.585	0.5622	0.8517	3.1018	0.0732	-0.2361	-0.1388	0.2264	0.0508	0.1632	0.2292	-0.0339	-0.0916	0.4555	0.0185	0.026	0.2941	0.074	0.3141	47.6546	-18.4507	60.1053
2	4.2386	1.184	2.0687	1.7211	0.2058	2.4103	0.3978	-0.6625	-0.6006	0.4962	0.0782	0.4005	0.2575	-0.4787	-0.3955	0.5199	-0.0041	0.0421	0.34	0.1003	0.4186	36.9568	-26.9445	38.3596
3	1.1041	-0.6708	0.8463	3.2246	-1.2258	2.5173	0.059	-0.0766	-0.2018	0.0104	0.1723	0.3394	0.101	-0.2933	-0.2003	0.2158	0.0148	-0.0188	0.2573	-0.0372	0.2932	34.994	-15.7164	17.343
4	3.4751	-1.3105	1.157	2.002	-0.0722	1.0702	-0.1687	-0.4064	-0.1432	0.1528	0.2005	0.0874	-0.0318	-0.0614	-0.0043	0.1611	-0.0026	0.0577	0.3314	0.004	0.2913	12.9142	6.9888	6.6104
5	4.5669	2.8137	0.6856	3.0425	0.8206	4.3322	0.0387	-0.1325	0.5012	-0.448	-0.3305	0.6706	-0.7815	-0.3441	0.2582	0.2216	0.0567	-0.004	0.3971	-0.0462	0.4	16.9638	16.1249	2.9358
6	4.4621	-1.1089	1.2332	4.744	0.1741	4.6686	-0.07	0.0773	0.2496	0.371	-0.0704	-0.0693	-0.4978	0.3176	0.0097	0.3173	-0.0905	-0.0169	0.2202	0.0438	0.1969	56.2288	1.4863	36.6123
7	2.0507	-0.3104	0.7608	3.5137	-1.6132	1.7993	-0.3008	0.2412	0.7587	0.6346	-0.0799	-0.5661	-0.8292	0.5525	0.1297	0.6903	-0.281	-0.1652	0.4153	0.1119	0.5389	61.0288	15.0101	34.1712
8	0.6549	0.3139	0.2458	0.9991	-0.1839	0.9482	0.0656	-0.2866	-0.0263	0.2562	-0.2846	-0.4651	-0.1006	0.5098	0.2288	0.4021	-0.1248	-0.019	0.7956	0.1512	0.5299	52.2518	20.8233	12.735
9	2.5378	0.0162	2.271	2.512	-1.1583	3.4946	-0.2006	0.1245	0.3251	0.4061	-0.1629	-0.106	-0.431	0.1592	0.3706	0.2899	-0.0654	0.0675	0.2748	-0.0361	0.2243	36.1657	23.0363	10.9912
10	4.4354	-1.8743	1.6244	5.7184	-0.7743	1.6897	0.0505	0.2062	0.0229	0.2443	-0.1847	0.3366	-0.189	0.0325	0.1245	0.3078	-0.0569	0.0601	0.2815	-0.0436	0.2051	40.8865	8.8886	20.7922

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 194 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 195 through 296 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 297 through 421 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 422 through 527 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 528 through 546 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 5 through 83 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 84 through 194 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 195 through 269 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 270 through 383 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 384 through 428 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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