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- PDB-5cyi: CDK2/Cyclin A covalent complex with 6-(cyclohexylmethoxy)-N-(4-(v... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cyi
タイトルCDK2/Cyclin A covalent complex with 6-(cyclohexylmethoxy)-N-(4-(vinylsulfonyl)phenyl)-9H-purin-2-amine (NU6300)
要素
  • Cyclin-A2
  • Cyclin-dependent kinase 2
キーワードTRANSFERASE / CDK2 Cyclin A covalent inhibitor vinylsulphone
機能・相同性
機能・相同性情報


Phosphorylation of proteins involved in the G2/M transition by Cyclin A:Cdc2 complexes / cyclin A2-CDK1 complex / cell cycle G1/S phase transition / cellular response to luteinizing hormone stimulus / mitotic cell cycle phase transition / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / cellular response to leptin stimulus / male pronucleus / female pronucleus / cellular response to cocaine ...Phosphorylation of proteins involved in the G2/M transition by Cyclin A:Cdc2 complexes / cyclin A2-CDK1 complex / cell cycle G1/S phase transition / cellular response to luteinizing hormone stimulus / mitotic cell cycle phase transition / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / cellular response to leptin stimulus / male pronucleus / female pronucleus / cellular response to cocaine / response to glucagon / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / positive regulation of DNA biosynthetic process / cochlea development / cyclin A1-CDK2 complex / cyclin E2-CDK2 complex / cyclin E1-CDK2 complex / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / cyclin A2-CDK2 complex / positive regulation of DNA-templated DNA replication initiation / G2 Phase / cyclin-dependent protein kinase activity / Y chromosome / Phosphorylation of proteins involved in G1/S transition by active Cyclin E:Cdk2 complexes / positive regulation of heterochromatin formation / p53-Dependent G1 DNA Damage Response / X chromosome / PTK6 Regulates Cell Cycle / regulation of DNA replication / regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / centriole replication / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / centrosome duplication / Telomere Extension By Telomerase / G0 and Early G1 / Activation of the pre-replicative complex / cellular response to nitric oxide / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / cyclin-dependent kinase / animal organ regeneration / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / Activation of ATR in response to replication stress / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Cajal body / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / condensed chromosome / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / regulation of mitotic cell cycle / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / cyclin binding / post-translational protein modification / : / meiotic cell cycle / positive regulation of DNA replication / male germ cell nucleus / cellular response to estradiol stimulus / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / potassium ion transport / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Meiotic recombination / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / Orc1 removal from chromatin / G1/S transition of mitotic cell cycle / Transcriptional regulation of granulopoiesis / G2/M transition of mitotic cell cycle / Cyclin D associated events in G1 / cellular senescence / positive regulation of fibroblast proliferation / Regulation of TP53 Degradation / nuclear envelope / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / Processing of DNA double-strand break ends / cellular response to hypoxia / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / regulation of gene expression / peptidyl-serine phosphorylation / DNA replication / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / transcription regulator complex / Ras protein signal transduction / chromosome, telomeric region / Ub-specific processing proteases / endosome / chromatin remodeling / protein domain specific binding / cell division / protein phosphorylation / DNA repair / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / DNA-templated transcription / centrosome / positive regulation of cell population proliferation / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
Cyclin-A, N-terminal APC/C binding region / Cyclin-A N-terminal APC/C binding region / : / Cyclin, C-terminal domain / : / Cyclins signature. / Cyclin / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C / Cyclin-like ...Cyclin-A, N-terminal APC/C binding region / Cyclin-A N-terminal APC/C binding region / : / Cyclin, C-terminal domain / : / Cyclins signature. / Cyclin / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C / Cyclin-like / Cyclin A; domain 1 / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-55S / Cyclin-A2 / Cyclin-dependent kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Anscombe, E. / Meschini, E. / Vidal, R.M. / Martin, M.P. / Staunton, D. / Geitmann, M. / Danielson, U.H. / Stanley, W.A. / Wang, L.Z. / Reuillon, T. ...Anscombe, E. / Meschini, E. / Vidal, R.M. / Martin, M.P. / Staunton, D. / Geitmann, M. / Danielson, U.H. / Stanley, W.A. / Wang, L.Z. / Reuillon, T. / Golding, B.T. / Cano, C. / Newell, D.R. / Noble, M.E.M. / Wedge, S.R. / Endicott, J.A. / Griffin, R.J.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)G0901526 英国
Cancer Research UKC240/A15751 英国
European UnionFP6-PROKINASE 英国
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Identification and Characterization of an Irreversible Inhibitor of CDK2.
著者: Anscombe, E. / Meschini, E. / Mora-Vidal, R. / Martin, M.P. / Staunton, D. / Geitmann, M. / Danielson, U.H. / Stanley, W.A. / Wang, L.Z. / Reuillon, T. / Golding, B.T. / Cano, C. / Newell, D. ...著者: Anscombe, E. / Meschini, E. / Mora-Vidal, R. / Martin, M.P. / Staunton, D. / Geitmann, M. / Danielson, U.H. / Stanley, W.A. / Wang, L.Z. / Reuillon, T. / Golding, B.T. / Cano, C. / Newell, D.R. / Noble, M.E. / Wedge, S.R. / Endicott, J.A. / Griffin, R.J.
履歴
登録2015年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月30日Group: Database references
改定 1.22017年8月30日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclin-dependent kinase 2
B: Cyclin-A2
C: Cyclin-dependent kinase 2
D: Cyclin-A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,5366
ポリマ－128,7054
非ポリマー8312
水8,863492
1
A: Cyclin-dependent kinase 2
B: Cyclin-A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,7683
ポリマ－64,3532
非ポリマー4161
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3200 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area23280 Å2
手法PISA
2
C: Cyclin-dependent kinase 2
D: Cyclin-A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,7683
ポリマ－64,3532
非ポリマー4161
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3080 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area23450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.286, 135.289, 148.673
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cyclin-dependent kinase 2 / Cell division protein kinase 2 / p33 protein kinase


分子量: 34467.926 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK2, CDKN2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P24941, cyclin-dependent kinase
#2: タンパク質 Cyclin-A2 / Cyclin-A


分子量: 29884.605 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 174-432 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCNA2, CCN1, CCNA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20248
#3: 化合物 ChemComp-55S / 6-(cyclohexylmethoxy)-N-[4-(ethylsulfonyl)phenyl]-9H-purin-2-amine


分子量: 415.509 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H25N5O3S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 492 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.8 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: Protein at 5 mg per ml. 0.6 to 0.8 M KCl, 0.9 to 1.2 M (NH4)2SO4, and 100 mM HEPES (pH 7.0)
PH範囲: pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→74.34 Å / Num. obs: 101717 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.181 / Rsym value: 0.17 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 4.328 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0123精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1H1S

1h1s


解像度: 2→74.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 7.238 / SU ML: 0.177 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.186 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2548 4914 4.8 %RANDOM
Rwork0.2267 96721 --
obs0.2281 101635 99.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 158.67 Å2 / Biso mean: 52.6654 Å2 / Biso min: 17.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.32 Å20 Å20 Å2
2--1.58 Å20 Å2
3----0.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→74.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8947 0 58 492 9497
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0199254
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7421.97112565
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.51451110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.00123.939396
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.062151623
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.0321545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.21419
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0216855
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.965.0084446
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.1227.4925554
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.1875.464808
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.374 343 -
Rwork0.367 7041 -
all-7384 -
obs--99.25 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 29.858 Å / Origin y: 59.545 Å / Origin z: 55.447 Å
111213212223313233
T0.0777 Å2-0.032 Å20.0069 Å2-0.1069 Å20.0233 Å2--0.04 Å2
L0.1523 °2-0.0093 °2-0.3167 °2-0.5902 °2-0.3065 °2--0.9344 °2
S0.1072 Å °-0.068 Å °0.0178 Å °0.0004 Å °-0.1448 Å °-0.1476 Å °-0.1962 Å °0.2572 Å °0.0376 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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