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万見
- PDB-5cwt: Crystal structure of Chaetomium thermophilum Nup57 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cwt
タイトルCrystal structure of Chaetomium thermophilum Nup57
要素Nucleoporin NUP57
キーワードTRANSPORT PROTEIN / nucleocytoplasmic transport
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA transport / nuclear pore / protein transport / nuclear membrane
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3600 / NUP57/Nup54 C-terminal domain / Nucleoporin Nup54/Nup57/Nup44 / Nucleoporin Nup54, alpha-helical domain / Nucleoporin complex subunit 54 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Bley, C.J. / Hoelz, A.
資金援助 米国, 英国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM111461 米国
V Foundation for Cancer ResearchAlbert Wyrick V Scholar Award 米国
Edward Mallinckrodt Jr. Foundation54th Mallinckrodt Scholar Award 米国
Sidney Kimmel Foundation for Cancer ResearchKimmel Scholar Award 米国
The Camille & Henry Dreyfus FoundationCamille-Dreyfus Teacher Scholar Award 英国
引用ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: Architecture of the fungal nuclear pore inner ring complex.
著者: Stuwe, T. / Bley, C.J. / Thierbach, K. / Petrovic, S. / Schilbach, S. / Mayo, D.J. / Perriches, T. / Rundlet, E.J. / Jeon, Y.E. / Collins, L.N. / Huber, F.M. / Lin, D.H. / Paduch, M. / Koide, ...著者: Stuwe, T. / Bley, C.J. / Thierbach, K. / Petrovic, S. / Schilbach, S. / Mayo, D.J. / Perriches, T. / Rundlet, E.J. / Jeon, Y.E. / Collins, L.N. / Huber, F.M. / Lin, D.H. / Paduch, M. / Koide, A. / Lu, V. / Fischer, J. / Hurt, E. / Koide, S. / Kossiakoff, A.A. / Hoelz, A.
履歴
登録2015年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月23日Group: Database references
改定 1.22015年10月14日Group: Database references
改定 1.32016年7月20日Group: Data collection
改定 1.42017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.52017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.62019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.72024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoporin NUP57
B: Nucleoporin NUP57
C: Nucleoporin NUP57
D: Nucleoporin NUP57


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2004
ポリマ－25,2004
非ポリマー00
水32418
1
A: Nucleoporin NUP57
B: Nucleoporin NUP57


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6002
ポリマ－12,6002
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1510 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area6690 Å2
手法PISA
2
C: Nucleoporin NUP57
D: Nucleoporin NUP57


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6002
ポリマ－12,6002
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1520 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area6460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.252, 42.361, 138.709
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Nup57 is a homo-dimer in solution by SEC-MALS

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要素

#1: タンパク質
Nucleoporin NUP57 / Nuclear pore protein NUP57


分子量: 6299.908 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 265-317 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: NUP57, CTHT_0010940 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0S0R2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.06 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 5 % (w/v) PEG 1,000 12 % (w/v) PEG 8,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 8970 / Num. obs: 8970 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 15.2 % / Rsym value: 0.043 / Net I/σ(I): 58.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 2.5→19.256 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2926 809 9.96 %Random selection
Rwork0.241 ---
obs0.2461 8126 86.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.256 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1305 0 0 18 1323
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021321
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4431749
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.238541
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.031174
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.001226
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.6549 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.3117 -
obs0.2514 655

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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