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- PDB-5cws: Crystal structure of the intact Chaetomium thermophilum Nsp1-Nup4... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cws
タイトルCrystal structure of the intact Chaetomium thermophilum Nsp1-Nup49-Nup57 channel nucleoporin heterotrimer bound to its Nic96 nuclear pore complex attachment site
要素
  • Nucleoporin NIC96
  • Nucleoporin NSP1
  • Nucleoporin NUP49
  • Nucleoporin NUP57
  • sAB-158 Fab Heavy Chain
  • sAB-158 Fab Light Chain
キーワードPROTEIN TRANSPORT / nucleocytoplasmic transport
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to nuclear inner membrane / nuclear pore central transport channel / nuclear pore organization / NLS-bearing protein import into nucleus / structural constituent of nuclear pore / nuclear localization sequence binding / RNA export from nucleus / poly(A)+ mRNA export from nucleus / mRNA transport / nuclear pore ...protein localization to nuclear inner membrane / nuclear pore central transport channel / nuclear pore organization / NLS-bearing protein import into nucleus / structural constituent of nuclear pore / nuclear localization sequence binding / RNA export from nucleus / poly(A)+ mRNA export from nucleus / mRNA transport / nuclear pore / phospholipid binding / protein import into nucleus / protein transport / nuclear membrane
類似検索 - 分子機能
Nucleoporin Nup49 C-terminal helical region / NUP57/Nup54 C-terminal domain / Nucleoporin p58/p45 / Nucleoporin Nup54/Nup57/Nup44 / Nucleoporin Nup54, alpha-helical domain / Nucleoporin complex subunit 54 / Nucleoporin, NSP1-like, C-terminal / Nucleoporin NSP1/NUP62 / Nsp1-like C-terminal region / Nucleoporin interacting component Nup93/Nic96 ...Nucleoporin Nup49 C-terminal helical region / NUP57/Nup54 C-terminal domain / Nucleoporin p58/p45 / Nucleoporin Nup54/Nup57/Nup44 / Nucleoporin Nup54, alpha-helical domain / Nucleoporin complex subunit 54 / Nucleoporin, NSP1-like, C-terminal / Nucleoporin NSP1/NUP62 / Nsp1-like C-terminal region / Nucleoporin interacting component Nup93/Nic96 / Nup93/Nic96 / Nucleoporin FG repeat / Nucleoporin FG repeat region / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
OSMIUM ION / Nucleoporin NIC96 / Nucleoporin NUP57 / Nucleoporin NUP49 / Nucleoporin NSP1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 3.77 Å
データ登録者Bley, C.J. / Petrovic, S. / Paduch, M. / Lu, V. / Kossiakoff, A.A. / Hoelz, A.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM111461 米国
V Foundation for Cancer ResearchAlbert Wyrick V Scholar Award 米国
The Camille & Henry Dreyfus FoundationCamille-Dreyfus Teacher Scholar Award 米国
Edward Mallinckrodt Jr. Foundation54th Mallinckrodt Scholar Award 米国
Sidney Kimmel Foundation for Cancer ResearchKimmel Scholar Award 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: Architecture of the fungal nuclear pore inner ring complex.
著者: Stuwe, T. / Bley, C.J. / Thierbach, K. / Petrovic, S. / Schilbach, S. / Mayo, D.J. / Perriches, T. / Rundlet, E.J. / Jeon, Y.E. / Collins, L.N. / Huber, F.M. / Lin, D.H. / Paduch, M. / Koide, ...著者: Stuwe, T. / Bley, C.J. / Thierbach, K. / Petrovic, S. / Schilbach, S. / Mayo, D.J. / Perriches, T. / Rundlet, E.J. / Jeon, Y.E. / Collins, L.N. / Huber, F.M. / Lin, D.H. / Paduch, M. / Koide, A. / Lu, V. / Fischer, J. / Hurt, E. / Koide, S. / Kossiakoff, A.A. / Hoelz, A.
履歴
登録2015年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月27日Group: Data collection
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32017年9月27日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: sAB-158 Fab Light Chain
B: sAB-158 Fab Heavy Chain
C: Nucleoporin NSP1
D: Nucleoporin NUP49
E: Nucleoporin NUP57
F: Nucleoporin NIC96
G: sAB-158 Fab Light Chain
H: sAB-158 Fab Heavy Chain
I: Nucleoporin NSP1
J: Nucleoporin NUP49
K: Nucleoporin NUP57
L: Nucleoporin NIC96
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)277,74414
ポリマ－277,36412
非ポリマー3802
水00
1
A: sAB-158 Fab Light Chain
B: sAB-158 Fab Heavy Chain
C: Nucleoporin NSP1
D: Nucleoporin NUP49
E: Nucleoporin NUP57
F: Nucleoporin NIC96
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,8727
ポリマ－138,6826
非ポリマー1901
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
G: sAB-158 Fab Light Chain
H: sAB-158 Fab Heavy Chain
I: Nucleoporin NSP1
J: Nucleoporin NUP49
K: Nucleoporin NUP57
L: Nucleoporin NIC96
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,8727
ポリマ－138,6826
非ポリマー1901
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)123.180, 162.820, 212.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 4種, 8分子 CIDJEKFL

#3: タンパク質 Nucleoporin NSP1 / Nuclear pore protein NSP1 / Nucleoskeletal-like protein


分子量: 23558.211 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 467-674 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: NSP1, CTHT_0054390 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SBQ3
#4: タンパク質 Nucleoporin NUP49 / Nuclear pore protein NUP49


分子量: 24536.504 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 246-470 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: NUP49, CTHT_0031980 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0S4X2
#5: タンパク質 Nucleoporin NUP57 / Nuclear pore protein NUP57


分子量: 28792.684 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 74-319 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: NUP57, CTHT_0010940 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0S0R2
#6: タンパク質 Nucleoporin NIC96 / Nuclear pore protein NIC96


分子量: 7793.831 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 139-211 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: NIC96, CTHT_0008480 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0S024

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抗体 , 2種, 4分子 AGBH

#1: 抗体 sAB-158 Fab Light Chain


分子量: 25394.451 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 sAB-158 Fab Heavy Chain


分子量: 28606.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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非ポリマー , 1種, 2分子

#7: 化合物 ChemComp-OS / OSMIUM ION


分子量: 190.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Os

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.07 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.7
詳細: 0.1M TRIS, pH 8.7 5.7 % (w/v) PEG 20,000 1 % (v/v) 1-propanol
PH範囲: 8.7 - 8.9

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1.14 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.14 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.77→50 Å / Num. obs: 43896 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 40.2 % / Rmerge(I) obs: 0.204 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル最高解像度: 3.77 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 3.77→49.666 Å / SU ML: 0.64 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2654 2000 4.55 %Random selection
Rwork0.2293 ---
obs0.2309 43896 99.91 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.77→49.666 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16524 0 2 0 16526
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00316864
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.67822818
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.2416264
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0292580
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032956
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.77-3.81770.42961380.4032910X-RAY DIFFRACTION100
3.8177-3.86790.39981400.37512988X-RAY DIFFRACTION100
3.8679-3.92090.41641390.37962927X-RAY DIFFRACTION100
3.9209-3.97690.44181410.36242970X-RAY DIFFRACTION100
3.9769-4.03620.36281360.33662949X-RAY DIFFRACTION100
4.0362-4.09930.37151410.32582994X-RAY DIFFRACTION100
4.0993-4.16640.31031410.29362919X-RAY DIFFRACTION100
4.1664-4.23830.35271370.27842925X-RAY DIFFRACTION100
4.2383-4.31530.24751420.26012922X-RAY DIFFRACTION100
4.3153-4.39820.29461480.23913007X-RAY DIFFRACTION100
4.3982-4.48790.26421410.2332876X-RAY DIFFRACTION100
4.4879-4.58550.25181440.23432972X-RAY DIFFRACTION100
4.5855-4.69210.29811430.22592936X-RAY DIFFRACTION100
4.6921-4.80930.28171410.22782922X-RAY DIFFRACTION100
4.8093-4.93920.29231360.22752989X-RAY DIFFRACTION100
4.9392-5.08440.27161360.20562975X-RAY DIFFRACTION100
5.0844-5.24840.26931460.20742931X-RAY DIFFRACTION100
5.2484-5.43570.28131410.21762948X-RAY DIFFRACTION100
5.4357-5.65310.2821430.22522911X-RAY DIFFRACTION100
5.6531-5.910.30161440.23022972X-RAY DIFFRACTION100
5.91-6.2210.29161350.21692941X-RAY DIFFRACTION100
6.221-6.60990.31831430.21362932X-RAY DIFFRACTION100
6.6099-7.11890.24731370.21162951X-RAY DIFFRACTION100
7.1189-7.83280.20751360.18112962X-RAY DIFFRACTION100
7.8328-8.96050.14861460.16572958X-RAY DIFFRACTION100
8.9605-11.26750.19871390.16562943X-RAY DIFFRACTION100
11.2675-49.67050.30441350.28582923X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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