ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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Blu-Ice | | データ収集 | XDS | | データ削減 | XSCALE | | データスケーリング | PHASER | | 位相決定 | Coot | | モデル構築 | PHENIX | (phenix.refine: 1.9_1692)精密化 | PDB_EXTRACT | 3.15 | データ抽出 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→40.45 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 30.35 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.2381 | 788 | 5.02 % | RANDOM |
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Rwork | 0.2003 | 14923 | - | - |
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obs | 0.2021 | 15711 | 93.82 % | - |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
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原子変位パラメータ | Biso max: 188.14 Å2 / Biso mean: 53.7052 Å2 / Biso min: 19.59 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.7→40.45 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1270 | 0 | 0 | 107 | 1377 |
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Biso mean | - | - | - | 49.81 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 160 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.003 | 1456 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d0.556 | 1963 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.027 | 211 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.002 | 281 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d13.774 | 623 | | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all | % reflection obs (%) |
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1.7-1.8065 | 0.4207 | 118 | 0.3193 | 2155 | 2273 | 81 | 1.8065-1.946 | 0.3281 | 125 | 0.2683 | 2356 | 2481 | 90 | 1.946-2.1419 | 0.2859 | 132 | 0.2163 | 2507 | 2639 | 95 | 2.1419-2.4518 | 0.2307 | 139 | 0.1783 | 2587 | 2726 | 98 | 2.4518-3.0888 | 0.2223 | 141 | 0.2084 | 2667 | 2808 | 100 | 3.0888-40.4617 | 0.2189 | 133 | 0.1854 | 2651 | 2784 | 98 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 1.2431 | 0.2286 | -0.1053 | 1.4913 | -0.5214 | 0.844 | 0.6895 | -0.8511 | -0.4595 | 1.129 | -0.3735 | 0.8657 | 1.0882 | -0.4386 | 0.0305 | 0.6385 | -0.2259 | -0.0549 | 0.5883 | 0.1424 | 0.4459 | 6.6941 | 81.3523 | 4.6056 | 2 | 2.5377 | 0.4409 | 0.705 | 1.4227 | -0.0245 | 3.5132 | 0.0751 | 0.0339 | -0.3332 | 0.2215 | 0.0222 | -0.1068 | 0.4313 | -0.1629 | 0.0434 | 0.3284 | -0.0526 | -0.0472 | 0.1917 | 0.0337 | 0.305 | 10.6606 | 83.6517 | -8.5937 | 3 | 2.2727 | -0.7466 | -0.5207 | 1.5625 | 0.1923 | 1.6864 | -0.2193 | 0.9173 | 0.1014 | -0.2402 | 0.0958 | -0.286 | 0.3079 | -0.0633 | -0.0414 | 0.3247 | -0.0972 | -0.0248 | 0.4364 | 0.0419 | 0.2917 | 11.9107 | 83.9417 | -23.8934 | 4 | 6.9437 | 0.4965 | 1.272 | 4.6537 | -1.7843 | 2.0483 | -0.3044 | 2.8368 | 0.4354 | -1.5482 | -0.1186 | -0.0536 | 0.2955 | 0.3739 | -0.6202 | 0.3998 | -0.1079 | 0.0857 | 0.9232 | 0.0465 | 0.237 | 16.3582 | 83.3034 | -32.4391 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | ( CHAIN A AND RESID 2:20 )A2 - 20 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | ( CHAIN A AND RESID 21:99 )A21 - 99 | 3 | X-RAY DIFFRACTION | 3 | ( CHAIN A AND RESID 100:142 )A100 - 142 | 4 | X-RAY DIFFRACTION | 4 | ( CHAIN A AND RESID 143:161 )A143 - 161 | | | | | | | | |
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