PDB-5cwj: Crystal structure of de novo designed helical repeat protein DHR49

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5cwj

タイトル

Crystal structure of de novo designed helical repeat protein DHR49

要素

Designed helical repeat protein

キーワード

DE NOVO PROTEIN / helical repeat protein

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Bhabha, G. / Ekiert, D.C.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Exploring the repeat protein universe through computational protein design.
著者: Brunette, T.J. / Parmeggiani, F. / Huang, P.S. / Bhabha, G. / Ekiert, D.C. / Tsutakawa, S.E. / Hura, G.L. / Tainer, J.A. / Baker, D.

履歴

登録	2015年7月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年12月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年12月30日	Group: Database references
改定 1.2	2016年1月6日	Group: Database references
改定 1.3	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5cwj.cif.gz	117.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5cwj.ent.gz	95.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5cwj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/5cwj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/5cwj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5cwbC 5cwcC 5cwdC 5cwfC 5cwgC 5cwhC 5cwiC 5cwkC 5cwlC 5cwmC 5cwnC 5cwoC 5cwpC 5cwqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5cop-d 2qak-d 1qbu-d 2qhc-d 6pw3-2 5aha-d 4ds2-1 1kjg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Designed helical repeat protein

19.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.890, 80.890, 46.710
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	80
Space group name H-M	I4₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-306- HOH

#1: タンパク質	Designed helical repeat protein 分子量: 19596.873 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET21_NESG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.91 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M di-Potassium hydrogen phosphate, 20% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.111 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月16日

放射

モノクロメーター: DOUBLE FLAT CRYSTAL, SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.111 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 16718 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 29.31 Å² / R_merge F obs: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.059 / R_rim(I) all: 0.064 / Χ²: 0.978 / Net I/σ(I): 16 / Num. measured all: 121178

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.7-1.74		6.9	0.536	1.393	1.37	8632	1246	1244	1.507	99.8
1.74-1.79			0.76	1.131	1.81	8664	1182	1182	1.217	100
1.79-1.84			0.832	0.823	2.44	8537	1158	1157	0.886	99.9
1.84-1.9			0.895	0.631	3.25	8394	1136	1136	0.679	100
1.9-1.96			0.935	0.434	4.63	8228	1115	1115	0.467	100
1.96-2.03			0.98	0.307	6.28	7965	1077	1077	0.33	100
2.03-2.11			0.992	0.192	9.49	7630	1026	1026	0.207	100
2.11-2.19			0.994	0.136	12.98	7321	989	989	0.146	100
2.19-2.29			0.996	0.102	16.62	6815	924	924	0.11	100
2.29-2.4			0.998	0.075	20.48	6605	892	892	0.081	100
2.4-2.53			0.998	0.071	21.96	6435	879	879	0.077	100
2.53-2.69			0.998	0.062	24.96	6072	826	826	0.067	100
2.69-2.87			0.999	0.055	27.47	5495	758	758	0.06	100
2.87-3.1			0.999	0.05	30.65	5359	749	749	0.054	100
3.1-3.4			0.999	0.045	35.21	4554	652	652	0.048	100
3.4-3.8			0.999	0.042	37.43	3992	578	578	0.046	100
3.8-4.39			0.999	0.038	39.81	3798	559	558	0.042	99.8
4.39-5.38			0.999	0.038	39.98	3065	443	442	0.041	99.8
5.38-7.6			0.999	0.037	38.73	2458	358	356	0.04	99.4
	7.6		0.998	0.038	39.83	1159	207	178	0.041	86

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→40.45 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 30.35 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2381	788	5.02 %	RANDOM
R_work	0.2003	14923	-	-
obs	0.2021	15711	93.82 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 188.14 Å² / B_iso mean: 53.7052 Å² / B_iso min: 19.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.7→40.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1270	0	0	107	1377
B_iso mean	-	-	-	49.81	-
残基数	-	-	-	-	160

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	1456
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.556	1963
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.027	211
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	281
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.774	623

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7-1.8065	0.4207	118	0.3193	2155	2273	81
1.8065-1.946	0.3281	125	0.2683	2356	2481	90
1.946-2.1419	0.2859	132	0.2163	2507	2639	95
2.1419-2.4518	0.2307	139	0.1783	2587	2726	98
2.4518-3.0888	0.2223	141	0.2084	2667	2808	100
3.0888-40.4617	0.2189	133	0.1854	2651	2784	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2431	0.2286	-0.1053	1.4913	-0.5214	0.844	0.6895	-0.8511	-0.4595	1.129	-0.3735	0.8657	1.0882	-0.4386	0.0305	0.6385	-0.2259	-0.0549	0.5883	0.1424	0.4459	6.6941	81.3523	4.6056
2	2.5377	0.4409	0.705	1.4227	-0.0245	3.5132	0.0751	0.0339	-0.3332	0.2215	0.0222	-0.1068	0.4313	-0.1629	0.0434	0.3284	-0.0526	-0.0472	0.1917	0.0337	0.305	10.6606	83.6517	-8.5937
3	2.2727	-0.7466	-0.5207	1.5625	0.1923	1.6864	-0.2193	0.9173	0.1014	-0.2402	0.0958	-0.286	0.3079	-0.0633	-0.0414	0.3247	-0.0972	-0.0248	0.4364	0.0419	0.2917	11.9107	83.9417	-23.8934
4	6.9437	0.4965	1.272	4.6537	-1.7843	2.0483	-0.3044	2.8368	0.4354	-1.5482	-0.1186	-0.0536	0.2955	0.3739	-0.6202	0.3998	-0.1079	0.0857	0.9232	0.0465	0.237	16.3582	83.3034	-32.4391

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 2:20 )	A	2 - 20
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 21:99 )	A	21 - 99
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 100:142 )	A	100 - 142
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 143:161 )	A	143 - 161

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