PDB-5cwi: Crystal structure of de novo designed helical repeat protein DHR18

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5cwi

タイトル

Crystal structure of de novo designed helical repeat protein DHR18

要素

Designed helical repeat protein

キーワード

DE NOVO PROTEIN / helical repeat protein

機能・相同性

PHOSPHATE ION

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Bhabha, G. / Ekiert, D.C.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Exploring the repeat protein universe through computational protein design.
著者: Brunette, T.J. / Parmeggiani, F. / Huang, P.S. / Bhabha, G. / Ekiert, D.C. / Tsutakawa, S.E. / Hura, G.L. / Tainer, J.A. / Baker, D.

履歴

登録	2015年7月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年12月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年12月30日	Group: Database references
改定 1.2	2016年1月6日	Group: Database references
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5cwi.cif.gz	109.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5cwi.ent.gz	85 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5cwi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5cwi_validation.pdf.gz	431.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5cwi_full_validation.pdf.gz	431.8 KB	表示
XML形式データ	5cwi_validation.xml.gz	10.5 KB	表示
CIF形式データ	5cwi_validation.cif.gz	14.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/5cwi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/5cwi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5cwbC 5cwcC 5cwdC 5cwfC 5cwgC 5cwhC 5cwjC 5cwkC 5cwlC 5cwmC 5cwnC 5cwoC 5cwpC 5cwqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3pxh-d 3rpg-3 5bu7-d 5q0j-1 4ett-d 1w97-d 1yf5-d 4goc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Designed helical repeat protein

ヘテロ分子

27.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	24.920, 43.650, 48.750
Angle α, β, γ (deg.)	116.560, 90.720, 102.190
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Designed helical repeat protein 分子量: 27044.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET21_NESG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 / 詳細: 0.1 M Phosphate-citrate, pH 4.2, 40% (v/v) PEG 300

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.111 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月20日

放射

モノクロメーター: DOUBLE FLAT CRYSTAL, SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.111 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 17261 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.1 % / B_iso Wilson estimate: 26.83 Å² / R_merge F obs: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.046 / R_rim(I) all: 0.063 / Χ²: 0.943 / Net I/σ(I): 9.82 / Num. measured all: 36231

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.75-1.8		2.1	0.539	0.849	1.13	2656	1322	1247	1.167	94.3
1.8-1.84			0.625	0.625	1.49	2520	1283	1202	0.865	93.7
1.84-1.9			0.643	0.586	1.55	2572	1294	1220	0.809	94.3
1.9-1.96			0.791	0.413	2.28	2473	1221	1161	0.568	95.1
1.96-2.02			0.881	0.28	3.1	2353	1174	1116	0.387	95.1
2.02-2.09			0.931	0.204	4.16	2379	1175	1122	0.281	95.5
2.09-2.17			0.949	0.158	5.32	2202	1099	1053	0.219	95.8
2.17-2.26			0.979	0.104	7.44	2224	1082	1041	0.143	96.2
2.26-2.36			0.985	0.086	9.21	1990	993	953	0.119	96
2.36-2.47			0.99	0.065	10.9	2028	1002	965	0.09	96.3
2.47-2.61			0.99	0.062	11.59	1842	915	884	0.085	96.6
2.61-2.77			0.994	0.053	13.39	1837	900	871	0.072	96.8
2.77-2.96			0.997	0.036	16.79	1614	814	788	0.049	96.8
2.96-3.2			0.995	0.037	18.42	1567	778	762	0.051	97.9
3.2-3.5			0.996	0.032	21.15	1410	716	697	0.043	97.3
3.5-3.91			0.997	0.024	25.35	1292	636	623	0.033	98
3.91-4.52			0.998	0.022	26.92	1197	572	565	0.03	98.8
4.52-5.53			0.999	0.019	25.3	983	477	469	0.025	98.3
5.53-7.83			0.999	0.021	27.06	761	373	359	0.028	96.2
	7.83		0.999	0.02	27.73	331	199	163	0.027	81.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.75→43.277 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 28.48 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2251	866	5.02 %	RANDOM
R_work	0.2024	16380	-	-
obs	0.2035	17246	95.98 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 146.79 Å² / B_iso mean: 38.4103 Å² / B_iso min: 18.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.75→43.277 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1736	0	5	64	1805
B_iso mean	-	-	50.68	45.14	-
残基数	-	-	-	-	233

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	1990
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.497	2692
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.024	291
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	377
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.669	802

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.75-1.8599	0.3972	133	0.3411	2649	2782	94
1.8599-2.0035	0.3148	149	0.2739	2707	2856	95
2.0035-2.2051	0.2675	145	0.2232	2729	2874	96
2.2051-2.5241	0.2197	142	0.1886	2762	2904	97
2.5241-3.18	0.2195	148	0.1983	2761	2909	97
3.18-43.2901	0.1889	149	0.1802	2772	2921	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9039	0.0576	-0.0031	0.1562	0.3133	0.6434	-0.1234	-0.1188	0.4005	0.1293	-0.2637	0.3168	-0.4054	-0.4859	-0.1314	0.321	0.014	-0.0252	0.3034	-0.0533	0.371	11.0805	3.6691	18.2975
2	0.7155	-0.2615	-0.287	1.3818	0.6917	0.3864	0.0047	0.1218	0.0641	-0.1529	0.2244	-0.2401	-0.3071	0.7	0.0091	0.2705	-0.0576	0.0001	0.3191	-0.0085	0.271	19.6124	0.1193	15.7951
3	0.8253	0.0713	-0.0885	1.7684	-1.135	1.2036	-0.0333	-0.0883	0.0426	-0.1499	0.0186	0.2033	0.2415	-1.1052	-0.0035	0.2044	-0.0136	0.0043	0.2631	-0.0069	0.2619	9.4934	-5.42	13.9066
4	0.6638	-0.2721	-1.1222	2.9157	-0.2176	2.3046	-0.0038	0.0387	0.1033	-0.1601	0.1031	-0.0629	0.0474	0.1796	-0.0012	0.1665	-0.0009	-0.0029	0.1862	-0.0027	0.2071	15.623	-11.2318	14.6318
5	0.9916	0.3585	0.1764	1.8208	-0.3658	1.4084	-0.0705	-0.0218	-0.0836	-0.0852	0.1171	-0.0715	0.1189	0.1093	0.0002	0.264	0.0049	-0.0185	0.2227	0.0056	0.2487	16.1098	-20.5137	14.189
6	0.713	0.2889	0.485	0.9632	-0.5911	1.0631	-0.4492	0.3175	-0.6927	0.0978	0.1087	-0.3516	0.9919	0.1792	-0.0014	0.6228	-0.0367	0.0594	0.4132	-0.0743	0.4779	16.2395	-27.8609	18.3725

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 2:27 )	A	2 - 27
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 28:57 )	A	28 - 57
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 58:87 )	A	58 - 87
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 88:147 )	A	88 - 147
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 148:207 )	A	148 - 207
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 208:234 )	A	208 - 234

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