PDB-5cwc: Crystal structure of de novo designed helical repeat protein DHR5

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5cwc

タイトル

Crystal structure of de novo designed helical repeat protein DHR5

要素

Designed helical repeat protein

キーワード

DE NOVO PROTEIN / helical repeat protein

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 /

分子置換 / 解像度: 1.25 Å

データ登録者

Bhabha, G. / Ekiert, D.C.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Exploring the repeat protein universe through computational protein design.
著者: Brunette, T.J. / Parmeggiani, F. / Huang, P.S. / Bhabha, G. / Ekiert, D.C. / Tsutakawa, S.E. / Hura, G.L. / Tainer, J.A. / Baker, D.

履歴

登録	2015年7月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年12月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年12月30日	Group: Database references
改定 1.2	2016年1月6日	Group: Database references
改定 1.3	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5cwc.cif.gz	182.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5cwc.ent.gz	143.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5cwc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5cwc_validation.pdf.gz	429.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5cwc_full_validation.pdf.gz	430.2 KB	表示
XML形式データ	5cwc_validation.xml.gz	11.6 KB	表示
CIF形式データ	5cwc_validation.cif.gz	17.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/5cwc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/5cwc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5cwbC 5cwdC 5cwfC 5cwgC 5cwhC 5cwiC 5cwjC 5cwkC 5cwlC 5cwmC 5cwnC 5cwoC 5cwpC 5cwqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3rwv-2 2j9j-d 5e03-1 3ury-2 3da7-3 1kg8-d 1nku-d 4k80-d 5ljm-d 1brs-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Designed helical repeat protein

ヘテロ分子

23.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.320, 51.140, 72.860
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁22₁

#1: タンパク質	Designed helical repeat protein 分子量: 23759.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET21_NESG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.46 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20% (w/v) PEG 6000, 1 M Lithium chloride, 0.1 M Bis-Tris, pH 7.0

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	ALS	8.3.1	1	1.111
シンクロトロン	ALS	8.3.1	2	1.714

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月6日

放射

モノクロメーター: DOUBLE FLAT CRYSTAL, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.111	1
2	1.714	1

Reflection

数: 556066 / R_merge(I) obs: 0.078 / Χ²: 1.04 / D res high: 1.85 Å / Num. obs: 28741 / % possible obs: 99.2

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Num. obs	ID	R_merge(I) obs
1.85	1.9	1966	1	0.502
1.9	1.95	2033	1	0.393
1.95	2.01	2008	1	0.3
2.01	2.07	2003	1	0.224
2.07	2.14	1912	1	0.178
2.14	2.21	1849	1	0.135
2.21	2.29	1794	1	0.111
2.29	2.39	1726	1	0.098
2.39	2.49	1624	1	0.092
2.49	2.62	1588	1	0.084
2.62	2.76	1470	1	0.079
2.76	2.93	1418	1	0.075
2.93	3.13	1347	1	0.07
3.13	3.38	1236	1	0.068
3.38	3.7	1131	1	0.063
3.7	4.14	1025	1	0.06
4.14	4.78	921	1	0.06
4.78	5.85	765	1	0.064
5.85	8.27	594	1	0.054

反射

解像度: 1.25→50 Å / Num. obs: 47733 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 14.92 Å² / R_merge F obs: 1 / R_merge(I) obs: 0.05 / R_rim(I) all: 0.054 / Χ²: 0.972 / Net I/σ(I): 18.21 / Num. measured all: 334858

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.25-1.28		5.7	0.65	1.527	1.17	16444	3615	2877	1.675	79.6
1.28-1.32			0.8	1.219	1.63	22954	3535	3346	1.318	94.7
1.32-1.36			0.858	1.002	2.03	23851	3450	3302	1.078	95.7
1.36-1.4			0.873	0.871	2.33	23205	3343	3210	0.937	96
1.4-1.44			0.934	0.655	3.08	22513	3230	3115	0.706	96.4
1.44-1.49			0.978	0.379	5.03	21927	3139	3036	0.408	96.7
1.49-1.55			0.986	0.28	6.77	21369	3046	2960	0.301	97.2
1.55-1.61			0.991	0.234	8.04	20398	2897	2818	0.252	97.3
1.61-1.69			0.991	0.193	9.77	19780	2811	2742	0.208	97.5
1.69-1.77			0.995	0.143	12.88	19092	2705	2655	0.155	98.2
1.77-1.86			0.996	0.109	16.62	18101	2552	2517	0.117	98.6
1.86-1.98			0.998	0.085	20.92	17285	2455	2414	0.091	98.3
1.98-2.11			0.999	0.059	28.61	16107	2270	2251	0.064	99.2
2.11-2.28			0.999	0.042	37.99	15081	2157	2134	0.046	98.9
2.28-2.5			0.999	0.034	46.34	13718	1984	1967	0.037	99.1
2.5-2.8			0.999	0.03	51.76	12126	1805	1781	0.033	98.7
2.8-3.23			1	0.025	59.03	10956	1592	1580	0.027	99.2
3.23-3.95			0.999	0.022	67.13	9355	1380	1364	0.024	98.8
3.95-5.59			0.999	0.021	69.54	7072	1083	1071	0.023	98.9
	5.59		0.999	0.022	62.49	3524	658	593	0.024	90.1

-
位相決定

位相決定

手法
単波長異常分散
分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
SHELX		位相決定
Coot		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.25→41.858 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.28 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.165	2380	5 %	RANDOM
R_work	0.1412	45259	-	-
obs	0.1424	47639	95.94 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.5 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 81.97 Å² / B_iso mean: 27.4934 Å² / B_iso min: 12.73 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.25→41.858 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1533	0	10	209	1752
B_iso mean	-	-	34.3	39.33	-
残基数	-	-	-	-	196

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1962
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.969	2649
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	272
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	377
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.606	842

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.25-1.2755	0.3351	112	0.3347	2130	2242	78
1.2755-1.3033	0.3323	122	0.3029	2509	2631	93
1.3033-1.3336	0.2771	161	0.2708	2576	2737	95
1.3336-1.367	0.2557	128	0.239	2652	2780	96
1.367-1.4039	0.2475	138	0.2173	2619	2757	96
1.4039-1.4452	0.2609	134	0.1892	2657	2791	96
1.4452-1.4919	0.1812	142	0.1525	2633	2775	96
1.4919-1.5452	0.1942	140	0.1317	2677	2817	97
1.5452-1.6071	0.1549	152	0.1176	2654	2806	97
1.6071-1.6802	0.1511	135	0.1121	2717	2852	97
1.6802-1.7688	0.1575	143	0.1035	2701	2844	98
1.7688-1.8796	0.1584	141	0.1071	2733	2874	99
1.8796-2.0247	0.1339	144	0.105	2741	2885	99
2.0247-2.2285	0.1532	145	0.0995	2767	2912	99
2.2285-2.5509	0.1189	146	0.1047	2790	2936	99
2.5509-3.2137	0.1545	150	0.1349	2810	2960	99
3.2137-41.8817	0.1681	147	0.1658	2893	3040	97

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