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- PDB-5cum: Crystal structure of Human Defensin-5 Y27A mutant crystal form 1. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cum
タイトルCrystal structure of Human Defensin-5 Y27A mutant crystal form 1.
要素Defensin-5ディフェンシン
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN (抗微生物ペプチド) / PANETH CELLS DEFENSIN / HUMAN ALPHA-DEFENSIN / INTESTINAL DEFENSIN
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of membrane permeability / ディフェンシン / disruption of plasma membrane integrity in another organism / killing by host of symbiont cells / Alpha-defensins / defense response to fungus / 小胞 / innate immune response in mucosa / 分泌 / positive regulation of interleukin-8 production ...positive regulation of membrane permeability / ディフェンシン / disruption of plasma membrane integrity in another organism / killing by host of symbiont cells / Alpha-defensins / defense response to fungus / 小胞 / innate immune response in mucosa / 分泌 / positive regulation of interleukin-8 production / Golgi lumen / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / midbody / antibacterial humoral response / protein homotetramerization / secretory granule lumen / killing of cells of another organism / cellular response to lipopolysaccharide / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / intracellular membrane-bounded organelle / 自然免疫系 / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Mammalian defensins signature. / Alpha-defensin, C-terminal / Mammalian defensin / Defensin propeptide / Alpha-defensin propeptide / Alpha-defensin / Defensin propeptide / Beta/alpha-defensin, C-terminal / Defensin/corticostatin family
類似検索 - ドメイン・相同性
2-プロパノール / Defensin alpha 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.752 Å
データ登録者Tolbert, W.D. / Gohain, N. / Pazgier, M.
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2018
タイトル: Human Enteric alpha-Defensin 5 Promotes Shigella Infection by Enhancing Bacterial Adhesion and Invasion.
著者: Xu, D. / Liao, C. / Zhang, B. / Tolbert, W.D. / He, W. / Dai, Z. / Zhang, W. / Yuan, W. / Pazgier, M. / Liu, J. / Yu, J. / Sansonetti, P.J. / Bevins, C.L. / Shao, Y. / Lu, W.
履歴
登録2015年7月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Defensin-5
B: Defensin-5
C: Defensin-5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,93913
ポリマ－10,5063
非ポリマー43310
水1,42379
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2260 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area7130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.603, 59.966, 38.272
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.36, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-102-

CL

21A-103-

CL

31B-208-

HOH

41B-223-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Defensin-5 / ディフェンシン / Defensin / alpha 5 / HD5(20-94)


分子量: 3502.132 Da / 分子数: 3 / 変異: Y27A / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q01523
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル / 2-プロパノール


分子量: 60.095 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.2 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.429 M sodium chloride, 9.9% isopropanol, 0.1 M calcium chloride, and 0.1 M imidazole pH 6.5
PH範囲: 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.127 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月23日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.127 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. all: 10121 / Num. obs: 10121 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 19.2
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.704 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
REFMAC5.8精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ZMP

1zmp


解像度: 1.752→35.649 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 24.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2196 477 4.68 %
Rwork0.1726 --
obs0.1749 10119 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.752→35.649 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数714 0 19 79 812
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008732
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.231960
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.41276
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052111
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005123
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7518-1.84420.36411090.25992735X-RAY DIFFRACTION100
1.8442-1.95970.24461310.21452664X-RAY DIFFRACTION100
1.9597-2.1110.2324970.19682769X-RAY DIFFRACTION100
2.111-2.32340.21641750.15992609X-RAY DIFFRACTION100
2.3234-2.65950.18321010.17782772X-RAY DIFFRACTION100
2.6595-3.35030.23021910.17582617X-RAY DIFFRACTION100
3.3503-35.65620.2051240.14972717X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.2443-1.9879-1.30979.16990.58568.44280.03530.4687-0.0291-0.26320.0968-0.3528-0.01760.9593-0.12550.1954-0.03160.01580.3128-0.01110.1042113.47-21.993324.0931
28.3875-0.41770.83148.83570.71946.0199-0.4349-0.31490.62980.36890.1958-0.0538-0.6673-0.37960.25210.2180.0954-0.0460.2028-0.01620.236398.0104-10.182638.6698
37.36792.2402-0.76849.5535-1.72989.2290.3466-0.4753-0.7060.2698-0.12740.06020.4753-0.2897-0.22740.186-0.0705-0.06010.16740.01950.281198.2783-34.580938.4342
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 1 through 32)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 1 through 32)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 1 through 32)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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