PDB-5cuj: Crystal structure of Human Defensin-5 Y27A mutant crystal form 2.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5cuj

タイトル

Crystal structure of Human Defensin-5 Y27A mutant crystal form 2.

要素

Defensin-5

ディフェンシン

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN (抗微生物ペプチド) / PANETH CELLS DEFENSIN /

HUMAN ALPHA-DEFENSIN / INTESTINAL DEFENSIN

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of membrane permeability /

ディフェンシン / disruption of plasma membrane integrity in another organism / killing by host of symbiont cells / Alpha-defensins / defense response to fungus /

小胞 /

innate immune response in mucosa /

分泌 / positive regulation of interleukin-8 production ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.08 Å

データ登録者

Tolbert, W.D. / Gohain, N. / Pazgier, M.

引用

ジャーナル: Immunity / 年: 2018
タイトル: Human Enteric alpha-Defensin 5 Promotes Shigella Infection by Enhancing Bacterial Adhesion and Invasion.
著者: Xu, D. / Liao, C. / Zhang, B. / Tolbert, W.D. / He, W. / Dai, Z. / Zhang, W. / Yuan, W. / Pazgier, M. / Liu, J. / Yu, J. / Sansonetti, P.J. / Bevins, C.L. / Shao, Y. / Lu, W.

履歴

登録	2015年7月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年7月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年6月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_oper_list / pdbx_struct_special_symmetry Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5cuj.cif.gz	87.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5cuj.ent.gz	68.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5cuj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cu/5cuj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cu/5cuj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5cuiC 5cumC 1zmpS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2m3v-d 1qq0-d 3oup-d 3otm-d 2vec-d 6zb6-5 3ow5-d 5n9m-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#162 - 2013年6月ダームシジン (Dermcidin) 類似性 (10) #169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (1) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Defensin-5

B: Defensin-5

C: Defensin-5

D: Defensin-5

E: Defensin-5

F: Defensin-5

ヘテロ分子

21.9 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.758, 59.758, 47.284
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.54, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-103- CL
2	1	B-102- CL
3	1	F-101- CL
4	1	C-215- HOH

#1: タンパク質・ペプチド	Defensin-5 / ディフェンシン / Defensin / alpha 5 / HD5(20-94) 分子量: 3502.132 Da / 分子数: 6 / 変異: Y27A / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q01523
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 2-Methyl-2,4-pentanediol 分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.7 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 3 M sodium chloride, 5% MPD, 0.1 M calcium chloride, and 0.1 M imidazole pH 6.5 PH範囲: 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月4日 / 詳細: Rh coated mirror
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.08→50 Å / Num. all: 11584 / Num. obs: 11584 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 11
反射シェル	解像度: 2.08→2.13 Å / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.538 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 92.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0124	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1ZMP

1zmp

解像度: 2.08→45.74 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.905 / SU B: 16.135 / SU ML: 0.229 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.282 / ESU R Free: 0.234 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29206	582	5 %	RANDOM
R_work	0.23454	-	-	-
obs	0.23729	10420	97.12 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.198 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.29 Å²	0 Å²	2.11 Å²
2-	-	-0.54 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.08→45.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1428	0	38	67	1533

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.019	1467
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1425
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.109	2.004	1968
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.806	3	3237
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.972	5	186
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.914	15.556	54
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.395	15	264
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.827	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.054	0.2	228
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	1602
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	354
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.352	3.54	762
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.352	3.539	761
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.61	5.305	942
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.61	5.306	943
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.346	3.752	705
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.346	3.76	706
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.586	5.611	1027
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	2.901	33.394	5267
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	2.67	33.327	5237
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.085→2.139 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.384	46	-
R_work	0.332	745	-
obs	-	-	89.58 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.281	-1.1052	-0.239	6.9712	-1.1814	6.5047	0.1307	-0.4134	0.1351	-0.4699	-0.1893	0.1283	-0.353	0.0146	0.0586	0.1223	0.0333	0.0593	0.1406	-0.018	0.1027	15.7336	6.334	18.0953
2	2.8489	-0.2931	0.5864	6.4137	0.0333	5.4077	0.0095	-0.5117	-0.1031	0.1268	0.2262	0.0537	0.14	0.0929	-0.2357	0.0138	-0.0078	0.0173	0.3035	0.0076	0.0854	24.2372	-5.2631	22.5568
3	7.7026	-1.2488	1.516	6.5248	0.9638	5.697	-0.0257	0.3185	0.3508	0.1742	0.073	0.2123	-0.3516	-0.0644	-0.0473	0.0708	0.0505	0.0827	0.0636	0.0861	0.1406	14.0487	5.7984	3.333
4	4.171	1.8373	1.0803	5.018	-0.8178	6.8517	-0.1312	0.1003	-0.1893	-0.1569	-0.1436	0.2307	0.2102	-0.3179	0.2748	0.0326	-0.0248	0.0655	0.0588	-0.0882	0.212	14.7254	-18.5934	4.5779
5	5.555	1.3266	-1.0195	5.1182	1.5641	6.7659	-0.113	-0.346	-0.1423	0.602	-0.1387	-0.0141	0.0302	0.292	0.2516	0.1214	-0.0338	0.0526	0.1898	0.0395	0.1572	16.5684	-17.686	19.5871
6	5.1548	-0.2221	-0.0775	8.021	-1.9774	3.6677	0.2304	0.3634	-0.2335	-0.1745	0.144	0.1665	0.1509	-0.3256	-0.3744	0.023	0.0043	0.0052	0.1991	-0.0147	0.2428	6.3378	-6.8364	0.2984

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 32
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 32
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 32
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 32
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 32
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 32

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