ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
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DENZO | | データ削減 | | SCALEPACK | | データスケーリング | | PHENIX | 1.6.3_467精密化 | | PDB_EXTRACT | 3.1 | データ抽出 | | CrystalClear | | データ収集 | | HKL-2000 | | データ削減 | | HKL-2000 | | データスケーリング | | PHASER | | 位相決定 | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.801→24.104 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.923 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.1517 | 923 | 5.06 % | random |
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Rwork | 0.1285 | - | - | - |
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obs | 0.1296 | 18229 | 99.93 % | - |
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all | - | 18232 | - | - |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 27.91 Å2 / ksol: 0.382 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso max: 153.52 Å2 / Biso mean: 26.2503 Å2 / Biso min: 5.13 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -0 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 0 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 0 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.801→24.104 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1534 | 0 | 11 | 67 | 1612 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.019 | 1610 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.426 | 2208 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.114 | 253 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.008 | 298 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d12.022 | 588 | | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7 / % reflection obs: 100 % 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all |
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1.8012-1.8961 | 0.1819 | 129 | 0.1564 | 2446 | 2575 | 1.8961-2.0149 | 0.1698 | 116 | 0.1313 | 2453 | 2569 | 2.0149-2.1703 | 0.1514 | 144 | 0.1205 | 2437 | 2581 | 2.1703-2.3886 | 0.1411 | 149 | 0.1196 | 2430 | 2579 | 2.3886-2.7338 | 0.174 | 127 | 0.132 | 2471 | 2598 | 2.7338-3.4427 | 0.1612 | 131 | 0.1345 | 2483 | 2614 | 3.4427-24.1059 | 0.1299 | 127 | 0.1229 | 2586 | 2713 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 17.5872 Å / Origin y: 58.4782 Å / Origin z: 47.7822 Å
| 11 | 12 | 13 | 21 | 22 | 23 | 31 | 32 | 33 |
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T | 0.0872 Å2 | -0.0169 Å2 | -0.0099 Å2 | - | 0.074 Å2 | -0.0099 Å2 | - | - | 0.0874 Å2 |
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L | 1.1084 °2 | -0.1469 °2 | 0.1264 °2 | - | 0.6691 °2 | -0.1662 °2 | - | - | 0.736 °2 |
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S | 0.0442 Å ° | 0.1069 Å ° | -0.1794 Å ° | -0.1025 Å ° | -0.0147 Å ° | 0.0692 Å ° | 0.0891 Å ° | -0.0411 Å ° | -0.0296 Å ° |
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精密化 TLSグループ | Selection details: chain A and not element H and not element FE |
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