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万見
- PDB-1zmp: Crystal structure of human defensin-5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zmp
タイトルCrystal structure of human defensin-5
要素Defensin 5
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / PANETH CELLS DEFENSIN / HUMAN ALPHA-DEFENSIN / INTESTINAL DEFENSIN / ANTIMICROBIAL
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of membrane permeability / disruption of plasma membrane integrity in another organism / Defensins / killing by host of symbiont cells / Alpha-defensins / Mitochondrial unfolded protein response (UPRmt) / defense response to fungus / transport vesicle / secretory granule / innate immune response in mucosa ...positive regulation of membrane permeability / disruption of plasma membrane integrity in another organism / Defensins / killing by host of symbiont cells / Alpha-defensins / Mitochondrial unfolded protein response (UPRmt) / defense response to fungus / transport vesicle / secretory granule / innate immune response in mucosa / positive regulation of interleukin-8 production / Golgi lumen / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / antibacterial humoral response / cellular response to lipopolysaccharide / midbody / secretory granule lumen / defense response to Gram-negative bacterium / protein homotetramerization / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / innate immune response / intracellular membrane-bounded organelle / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Mammalian defensins signature. / Alpha-defensin, C-terminal / Mammalian defensin / Alpha-defensin propeptide / Alpha-defensin / Defensin propeptide / Defensin propeptide / Beta/alpha-defensin, C-terminal / Defensin/corticostatin family
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Lubkowski, J. / Szyk, A. / Lu, W.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2006
タイトル: Crystal structures of human {alpha}-defensins HNP4, HD5, and HD6.
著者: Szyk, A. / Wu, Z. / Tucker, K. / Yang, D. / Lu, W. / Lubkowski, J.
履歴
登録2005年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42024年4月3日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_remark / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_remark.text / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 300 BIOMOLECULE: 1, 2, 3, 4 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF ... BIOMOLECULE: 1, 2, 3, 4 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). THE AUTHOR STATES THE BIOLOGICAL UNIT IS A PROBABLE MONOMER.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Defensin 5
C: Defensin 5
B: Defensin 5
D: Defensin 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,35715
ポリマ－14,3774
非ポリマー98011
水2,990166
1
A: Defensin 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,7823
ポリマ－3,5941
非ポリマー1882
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Defensin 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,0636
ポリマ－3,5941
非ポリマー4685
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: Defensin 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,8224
ポリマ－3,5941
非ポリマー2283
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Defensin 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,6902
ポリマ－3,5941
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
B: Defensin 5
ヘテロ分子

B: Defensin 5
ヘテロ分子

D: Defensin 5
ヘテロ分子

D: Defensin 5
ヘテロ分子

A: Defensin 5
C: Defensin 5
ヘテロ分子

A: Defensin 5
C: Defensin 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,71430
ポリマ－28,7548
非ポリマー1,96022
水1448
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation1_445x-1,y-1,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/61
crystal symmetry operation5_455y-1,-x+y,z+1/61
crystal symmetry operation8_565x-y,-y+1,-z1
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_555-y,-x,-z+1/61
Buried area9980 Å2
ΔGint-230 kcal/mol
Surface area14880 Å2
手法PISA
6
A: Defensin 5
C: Defensin 5
ヘテロ分子

A: Defensin 5
C: Defensin 5
ヘテロ分子

B: Defensin 5
D: Defensin 5
ヘテロ分子

B: Defensin 5
D: Defensin 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,71430
ポリマ－28,7548
非ポリマー1,96022
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_555-y,-x,-z+1/61
crystal symmetry operation5_455y-1,-x+y,z+1/61
crystal symmetry operation8_565x-y,-y+1,-z1
Buried area10210 Å2
ΔGint-215 kcal/mol
Surface area14400 Å2
手法PISA
7
D: Defensin 5
ヘテロ分子

D: Defensin 5
ヘテロ分子

A: Defensin 5
C: Defensin 5
B: Defensin 5
ヘテロ分子

A: Defensin 5
C: Defensin 5
B: Defensin 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,71430
ポリマ－28,7548
非ポリマー1,96022
水1448
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation5_455y-1,-x+y,z+1/61
crystal symmetry operation8_565x-y,-y+1,-z1
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_555-y,-x,-z+1/61
Buried area9550 Å2
ΔGint-207 kcal/mol
Surface area15060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.375, 49.375, 255.185
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド
Defensin 5 / Defensin / alpha 5


分子量: 3594.228 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DEFA5, DEF5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q01523
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: HEPES, lithium sulfate monohydrate, dioxane, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→30 Å / Num. all: 23239 / Num. obs: 23239 / % possible obs: 90.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.7 % / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 22.1
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 5.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Rsym value: 0.388 / % possible all: 50

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXD位相決定
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: Expermiental phases

解像度: 1.65→19.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 1.719 / SU ML: 0.058 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.099 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: In one of 4 chains (chain D) of human alpha-defensin-5, 6 residues in the middle of the chain are disordered, and their structure could not be defined.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24027 1123 5.1 %RANDOM
Rwork0.19842 ---
obs0.20046 20981 94.37 %-
all-20981 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.213 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20.02 Å20 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→19.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数924 0 55 166 1145
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0211060
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.02112
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6432.0421408
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7023225
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5095123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.2149
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021085
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02113
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.230.3387
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.4330.3232
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.2580.5247
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2910.5194
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3130.361
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.5370.316
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3170.570
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4232629
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3973997
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8422431
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7643411
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.18729
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free11.73621
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.367234
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.739 Å / Total num. of bins used: 10 /
Rfactor反射数
Rfree0.275 102
Rwork0.238 2175
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8353-0.12830.71290.7551-1.9015.15810.0305-0.0308-0.0314-0.1285-0.00780.06730.2647-0.1491-0.02280.0957-0.041-0.00040.060.00490.0768-6.22722.734222.245
26.00533.78052.41493.64540.51931.82260.0571-0.0025-0.1456-0.21610.0136-0.09780.3585-0.0949-0.07060.169-0.0622-0.00460.0428-0.00590.0512-6.672819.67819.7655
30.51450.23890.65730.9944-0.94823.3685-0.05220.0238-0.0411-0.0351-0.03710.01690.13140.00390.08930.114-0.00020.01690.0415-0.00570.07331.02434.82050.8929
44.834.74640.14344.3073-0.09564.9802-0.1650.1732-0.0266-0.1558-0.0806-0.13140.32610.0930.24560.1130.03520.01920.04460.01560.06814.830739.5226-10.9563
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 321 - 32
2X-RAY DIFFRACTION2BC1 - 321 - 32
3X-RAY DIFFRACTION3CB1 - 321 - 32
4X-RAY DIFFRACTION4DD19 - 2819 - 28

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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