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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5cu1 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of DMSP lyase DddQ from Ruegeria pomeroyi DSS-3 | ||||||
![]() | DMSP lyase | ||||||
![]() | LYASE / Metalloenzyme / DMSP / Cupin | ||||||
機能・相同性 | ![]() dimethylpropiothetin dethiomethylase / dimethylpropiothetin dethiomethylase activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chong, S.Y. / Moran, M.A. / Lanzilotta, W.N. / Whitman, W.B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: To be Published 著者: Chong, S.Y. / Lanzilotta, W.N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 58 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 37.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 428.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 465.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4la2S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23360.342 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 700808 / DSM 15171 / DSS-3 / 遺伝子: dddQ, SPO1596 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-FE / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.04 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1M ammonium acetate, 0.1M bis-tris pH 5.5, 17% w/v PEG 10,000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月15日 |
放射 | モノクロメーター: SI 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→46.62 Å / Num. obs: 10150 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.9 % / Rsym value: 1.071 / Net I/σ(I): 9.69 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 4.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.95 / % possible all: 93.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4LA2 解像度: 2.3→46.619 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.88 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→46.619 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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