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万見
- PDB-5ct5: Wild-type Bacillus subtilis lipase A with 10% [BMIM][Cl] -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ct5
タイトルWild-type Bacillus subtilis lipase A with 10% [BMIM][Cl]
要素Wild-type Bacillus subtilis lipase A with 10% [BMIM][Cl] chain A
キーワードHYDROLASE / Wild-type / ionic liquid / lipase
機能・相同性
機能・相同性情報


lipase activity / triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / lipid catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Lipase EstA/Esterase EstB / Lipase (class 2) / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-butyl-3-methyl-1H-imidazol-3-ium / Lipase / Lipase EstA
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.747 Å
データ登録者Nordwald, E.M. / Plaks, J.G. / Snell, J.R. / Sousa, M.C. / Kaar, J.L.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2015
タイトル: Crystallographic Investigation of Imidazolium Ionic Liquid Effects on Enzyme Structure.
著者: Nordwald, E.M. / Plaks, J.G. / Snell, J.R. / Sousa, M.C. / Kaar, J.L.
履歴
登録2015年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月3日Group: Database references
改定 1.22016年3月23日Group: Source and taxonomy
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Wild-type Bacillus subtilis lipase A with 10% [BMIM][Cl] chain A
B: Wild-type Bacillus subtilis lipase A with 10% [BMIM][Cl] chain A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1737
ポリマ－38,6242
非ポリマー5495
水7,080393
1
A: Wild-type Bacillus subtilis lipase A with 10% [BMIM][Cl] chain A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5824
ポリマ－19,3121
非ポリマー2713
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Wild-type Bacillus subtilis lipase A with 10% [BMIM][Cl] chain A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5903
ポリマ－19,3121
非ポリマー2782
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.270, 82.780, 95.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Wild-type Bacillus subtilis lipase A with 10% [BMIM][Cl] chain A / Lipase / Lipase A


分子量: 19311.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: lipA / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: I6V559, UniProt: P37957*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-BM0 / 1-butyl-3-methyl-1H-imidazol-3-ium / 1-butyl-3-methylimidazolium / 1-メチル-3-ブチル-2,3-ジヒドロ-1H-イミダゾ-ル-2-イリウム


分子量: 139.218 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15N2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 393 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.79 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 35 % PEG 3350, 20 mM NaSO4, 0.1M ethanolamine, 10mM ZnCl2, pH 9.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.747→41.4 Å / Num. obs: 32167 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 1.75→1.84 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.145 / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.7.3_928精密化
iMOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1I6W

1i6w


解像度: 1.747→41.39 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1731 2000 6.23 %
Rwork0.1287 --
obs0.1315 32127 99.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 31.14 Å2 / ksol: 0.335 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6165 Å20 Å2-0 Å2
2--1.1922 Å20 Å2
3----0.2514 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.747→41.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2711 0 36 393 3140
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112806
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3753799
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.171999
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.087418
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007491
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.747-1.79070.28981390.1712092X-RAY DIFFRACTION97
1.7907-1.83910.19441420.13632136X-RAY DIFFRACTION99
1.8391-1.89330.20451390.12072105X-RAY DIFFRACTION100
1.8933-1.95440.18731420.11542144X-RAY DIFFRACTION100
1.9544-2.02420.17461420.10192117X-RAY DIFFRACTION100
2.0242-2.10530.17651430.10612153X-RAY DIFFRACTION100
2.1053-2.20110.15011400.10362135X-RAY DIFFRACTION100
2.2011-2.31710.1621450.09912162X-RAY DIFFRACTION100
2.3171-2.46230.16421420.11352155X-RAY DIFFRACTION100
2.4623-2.65230.15971430.11782156X-RAY DIFFRACTION100
2.6523-2.91920.17421440.13072152X-RAY DIFFRACTION100
2.9192-3.34140.17811440.14012181X-RAY DIFFRACTION99
3.3414-4.20920.16541450.13392181X-RAY DIFFRACTION98
4.2092-41.40160.16061500.16732258X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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