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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5crx | ||||||
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タイトル | ASYMMETRIC DNA-BENDING IN THE CRE-LOXP SITE-SPECIFIC RECOMBINATION SYNAPSE | ||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN/DNA / CRE RECOMBINASE / DNA BENDING / SITE SPECIFIC RECOMBINATION / PROTEIN-DNA INTERACTION (DNA結合タンパク質) / PROTEIN-DNA complex (デオキシリボ核酸) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Enterobacteria phage P1 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Guo, F. / Gopaul, D.N. / Van Duyne, G.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999 タイトル: Asymmetric DNA bending in the Cre-loxP site-specific recombination synapse. 著者: Guo, F. / Gopaul, D.N. / Van Duyne, G.D. #1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1998 タイトル: Structure of the Holliday junction intermediate in Cre-loxP site-specific recombination. 著者: Gopaul, D.N. / Guo, F. / Van Duyne, G.D. #2: ジャーナル: Nature / 年: 1997 タイトル: Structure of Cre recombinase complexed with DNA in a site-specific recombination synapse. 著者: Guo, F. / Gopaul, D.N. / van Duyne, G.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5crx.cif.gz | 174.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5crx.ent.gz | 133.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5crx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cr/5crx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cr/5crx | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 10759.968 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: タンパク質 | 分子量: 38579.164 Da / 分子数: 2 / Mutation: Y324F / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacteria phage P1 (ファージ) 属: P1-like viruses / 遺伝子: CRE / プラスミド: PET21A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASMIC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P06956 #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5 / 詳細: pH 5.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ / pH: 5.6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F2 / 波長: 0.9188 |
検出器 | タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 1997年12月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9188 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→99 Å / Num. obs: 32242 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 63.4 Å2 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 12.59 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.78 Å / 冗長度: 3.71 % / Mean I/σ(I) obs: 23.76 / Rsym value: 0.23 / % possible all: 93.9 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.066 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 94 % / Rmerge(I) obs: 0.23 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1CRX 解像度: 2.7→48 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 50.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→48 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.82 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 48 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 50.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.7 Å / Rfactor Rfree: 0.437 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.337 |