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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5crx | ||||||
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タイトル | ASYMMETRIC DNA-BENDING IN THE CRE-LOXP SITE-SPECIFIC RECOMBINATION SYNAPSE | ||||||
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![]() | PROTEIN/DNA / CRE RECOMBINASE / DNA BENDING / SITE SPECIFIC RECOMBINATION / PROTEIN-DNA INTERACTION / PROTEIN-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Guo, F. / Gopaul, D.N. / Van Duyne, G.D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Asymmetric DNA bending in the Cre-loxP site-specific recombination synapse. 著者: Guo, F. / Gopaul, D.N. / Van Duyne, G.D. #1: ![]() タイトル: Structure of the Holliday junction intermediate in Cre-loxP site-specific recombination. 著者: Gopaul, D.N. / Guo, F. / Van Duyne, G.D. #2: ![]() タイトル: Structure of Cre recombinase complexed with DNA in a site-specific recombination synapse. 著者: Guo, F. / Gopaul, D.N. / van Duyne, G.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 174.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 133.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 394.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 446.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 10759.968 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: タンパク質 | 分子量: 38579.164 Da / 分子数: 2 / Mutation: Y324F / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 属: P1-like viruses / 遺伝子: CRE / プラスミド: PET21A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASMIC / 発現宿主: ![]() ![]() #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5 / 詳細: pH 5.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ / pH: 5.6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 1997年12月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9188 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→99 Å / Num. obs: 32242 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 63.4 Å2 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 12.59 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.78 Å / 冗長度: 3.71 % / Mean I/σ(I) obs: 23.76 / Rsym value: 0.23 / % possible all: 93.9 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.066 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 94 % / Rmerge(I) obs: 0.23 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1CRX 解像度: 2.7→48 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 50.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→48 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.82 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 48 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 50.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.7 Å / Rfactor Rfree: 0.437 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.337 |