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- PDB-5cp7: Crystal Structure of an Antigen-Binding Fragment of Monoclonal An... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cp7
タイトルCrystal Structure of an Antigen-Binding Fragment of Monoclonal Antibody against Sulfonamides
要素
  • Heavy Chain of Antigen-Binding Fragment of Monoclonal Antibody of 4C7
  • Light Chain of Antigen-Binding Fragment of Monoclonal Antibody of 4C7
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antigen-Binding Fragment / Anti-Sulfonamides Antibody
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.01 Å
データ登録者Wang, Z. / Shen, J. / Li, C. / Li, Y. / Wen, K. / Yu, X. / Zhang, X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31372475 中国
引用ジャーナル: Anal. Chem. / 年: 2019
タイトル: Class-specific Monoclonal Antibodies and Dihydropteroate Synthase in Bioassays used for the Detection of Sulfonamides: Structural Insights into Recognition Diversity.
著者: Li, C. / Liang, X. / Wen, K. / Li, Y. / Zhang, X. / Ma, M. / Yu, X. / Yu, W. / Shen, J. / Wang, Z.
履歴
登録2015年7月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Light Chain of Antigen-Binding Fragment of Monoclonal Antibody of 4C7
B: Heavy Chain of Antigen-Binding Fragment of Monoclonal Antibody of 4C7
C: Light Chain of Antigen-Binding Fragment of Monoclonal Antibody of 4C7
D: Heavy Chain of Antigen-Binding Fragment of Monoclonal Antibody of 4C7
E: Light Chain of Antigen-Binding Fragment of Monoclonal Antibody of 4C7
F: Heavy Chain of Antigen-Binding Fragment of Monoclonal Antibody of 4C7
G: Light Chain of Antigen-Binding Fragment of Monoclonal Antibody of 4C7
H: Heavy Chain of Antigen-Binding Fragment of Monoclonal Antibody of 4C7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,9188
ポリマ－188,9188
非ポリマー00
水181
1
A: Light Chain of Antigen-Binding Fragment of Monoclonal Antibody of 4C7
H: Heavy Chain of Antigen-Binding Fragment of Monoclonal Antibody of 4C7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2292
ポリマ－47,2292
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3190 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area19930 Å2
手法PISA
2
B: Heavy Chain of Antigen-Binding Fragment of Monoclonal Antibody of 4C7
C: Light Chain of Antigen-Binding Fragment of Monoclonal Antibody of 4C7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2292
ポリマ－47,2292
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3380 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area20230 Å2
手法PISA
3
D: Heavy Chain of Antigen-Binding Fragment of Monoclonal Antibody of 4C7
E: Light Chain of Antigen-Binding Fragment of Monoclonal Antibody of 4C7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2292
ポリマ－47,2292
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3130 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area19820 Å2
手法PISA
4
F: Heavy Chain of Antigen-Binding Fragment of Monoclonal Antibody of 4C7
G: Light Chain of Antigen-Binding Fragment of Monoclonal Antibody of 4C7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2292
ポリマ－47,2292
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3300 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area20120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)176.103, 96.510, 138.624
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: 抗体
Light Chain of Antigen-Binding Fragment of Monoclonal Antibody of 4C7 / L Chain of Fab 4C7


分子量: 24109.832 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/C
#2: 抗体
Heavy Chain of Antigen-Binding Fragment of Monoclonal Antibody of 4C7 / H Chain of Fab 4C7


分子量: 23119.646 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/C
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2M ammonium phosphate dibasic, 20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年1月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→30 Å / Num. obs: 46968 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.132 / Χ2: 0.918 / Net I/av σ(I): 12.847 / Net I/σ(I): 6.3 / Num. measured all: 215824
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
3-3.114.50.56446370.56899.7
3.11-3.234.50.41446170.58999.7
3.23-3.384.50.31646350.62499.7
3.38-3.564.50.32246541.3999.7
3.56-3.784.50.2646501.50599.6
3.78-4.074.40.19846571.41799.4
4.07-4.484.70.11346981.10399.9
4.48-5.124.80.08147260.85499.7
5.12-6.444.80.06447580.6199.5
6.44-304.70.04449360.60899.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1NLD

1nld


解像度: 3.01→29.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.853 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.811 / SU B: 5.0053 / SU ML: 0.397 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.525 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3019 2274 5.1 %RANDOM
Rwork0.2604 ---
obs0.2626 42540 94.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 84.82 Å2 / Biso mean: 31.754 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.37 Å20 Å20 Å2
2--0.55 Å20 Å2
3----0.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.01→29.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13141 0 0 1 13142
Biso mean---2 -
残基数----1709
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0213521
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0212316
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9991.9518463
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6913.00228471
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.12951707
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.40824.037540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.953152136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.5221563
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.22094
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02115303
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023038
LS精密化 シェル解像度: 3.014→3.092 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 133 -
Rwork0.314 2180 -
all-2313 -
obs--67.59 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.10690.05711.32950.37850.05981.6741-0.0132-0.05890.21790.0423-0.01830.0586-0.1535-0.05850.03140.0752-0.05390.07110.088-0.02850.192227.320929.427658.2659
22.230.2604-1.78380.4674-0.40292.44650.0595-0.18770.2446-0.041-0.022-0.0777-0.02380.1026-0.03750.03060.0422-0.02960.1254-0.12840.1864-21.98631.328881.4273
31.5928-0.5706-1.07330.3310.45531.5627-0.0248-0.12360.01560.03720.0333-0.01140.12720.0981-0.00850.110.0727-0.02930.1187-0.02450.1749-28.276315.524577.5723
41.3746-0.82071.41330.5309-1.01314.1370.1373-0.0061-0.0783-0.1548-0.05730.0995-0.2552-0.08-0.080.41730.0234-0.18890.1274-0.02720.1492-21.202717.284115.6174
51.7291-0.511.01410.1646-0.13913.86280.20220.13030.1468-0.1494-0.0057-0.0285-1.07920.044-0.19650.7732-0.0031-0.04850.10060.09130.1766-23.205235.739516.0864
61.5365-0.2505-1.31440.04450.1225.07960.17280.38370.2586-0.0147-0.0507-0.0351-0.8837-0.389-0.12210.6156-0.02890.16810.25410.13630.173822.478825.8137-3.6829
71.67940.5359-1.43310.2409-0.1073.7503-0.24410.2878-0.0897-0.17860.1636-0.04450.0776-0.23040.08050.4116-0.19870.13250.2574-0.00880.065827.87658.4482-2.9646
81.78751.03381.33440.77091.03122.26950.0731-0.0696-0.06070.0643-0.0665-0.01480.0118-0.0733-0.00650.0734-0.02380.03450.13820.02220.131923.913812.724162.1435
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 218
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 214
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 218
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 212
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 218
6X-RAY DIFFRACTION6F4 - 212
7X-RAY DIFFRACTION7G1 - 218
8X-RAY DIFFRACTION8H1 - 212

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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