PDB-5cma: Anti-B7-H3 monoclonal antibody ch8H9 Fab fragment

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5cma

タイトル

Anti-B7-H3 monoclonal antibody ch8H9 Fab fragment

要素

Antibody ch8H9 Fab heavy chain
Antibody ch8H9 Fab light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / B7-H3 8H9 monoclonal antibody

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Ahmed, M. / Goldgur, Y. / Cheng, M. / Cheung, N.K.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Humanized Affinity-matured Monoclonal Antibody 8H9 Has Potent Antitumor Activity and Binds to FG Loop of Tumor Antigen B7-H3.
著者: Ahmed, M. / Cheng, M. / Zhao, Q. / Goldgur, Y. / Cheal, S.M. / Guo, H.F. / Larson, S.M. / Cheung, N.K.

履歴

登録	2015年7月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年10月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年11月4日	Group: Database references
改定 1.2	2015年12月30日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5cma.cif.gz	181.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5cma.ent.gz	144.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5cma.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5cma_validation.pdf.gz	440.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5cma_full_validation.pdf.gz	446.6 KB	表示
XML形式データ	5cma_validation.xml.gz	17.3 KB	表示
CIF形式データ	5cma_validation.cif.gz	23.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/5cma ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/5cma	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3d85S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5xrq-2 2orb-2 6y1m-d 5h2b-d 4r7n-10 5ggu-2 3hc0-2 6ev1-5 4xbg-4 5bk5-4 3p0v-1 1uwe-1 6med-3 1mfd-d 2op4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Antibody ch8H9 Fab light chain

B: Antibody ch8H9 Fab heavy chain

46.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.576, 207.422, 85.491
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-311- HOH

#1: 抗体	Antibody ch8H9 Fab light chain 分子量: 23272.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): CHO 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体	Antibody ch8H9 Fab heavy chain 分子量: 23599.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): CHO 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.27 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M Lithium sulfate monohydrate; 0.1M BIS-TRIS 25% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 20058 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.052 / R_pim(I) all: 0.032 / R_rim(I) all: 0.061 / Χ²: 0.494 / Net I/av σ(I): 16.325 / Net I/σ(I): 6 / Num. measured all: 66793

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.5-2.54	3.3	0.446	990	0.899	0.279	0.529	0.438	99.4
2.54-2.59	3.4	0.393	1011	0.927	0.238	0.461	0.45	99.3
2.59-2.64	3.4	0.374	970	0.917	0.228	0.44	0.439	99.3
2.64-2.69	3.3	0.307	1010	0.933	0.186	0.361	0.502	99.1
2.69-2.75	3.4	0.259	992	0.96	0.158	0.305	0.463	98.7
2.75-2.82	3.1	0.228	986	0.943	0.144	0.271	0.478	97.2
2.82-2.89	3.3	0.188	984	0.962	0.116	0.223	0.487	99.3
2.89-2.96	3.4	0.163	1018	0.982	0.097	0.19	0.465	99.3
2.96-3.05	3.5	0.126	993	0.988	0.077	0.148	0.458	99.6
3.05-3.15	3.4	0.103	1005	0.992	0.063	0.121	0.483	99.2
3.15-3.26	3.3	0.088	1001	0.993	0.054	0.104	0.513	98.8
3.26-3.39	3.3	0.072	999	0.994	0.044	0.085	0.505	98
3.39-3.55	3.1	0.059	990	0.996	0.038	0.071	0.556	97.5
3.55-3.73	3.5	0.055	1010	0.996	0.033	0.064	0.56	99.1
3.73-3.97	3.4	0.048	1012	0.994	0.029	0.056	0.552	98.9
3.97-4.27	3.4	0.04	995	0.997	0.025	0.047	0.544	97.5
4.27-4.7	3.2	0.034	996	0.998	0.021	0.04	0.542	95.8
4.7-5.38	3.5	0.032	1025	0.998	0.02	0.038	0.527	98.3
5.38-6.76	3.3	0.033	1013	0.998	0.02	0.038	0.462	96.1
6.76-30	3.2	0.028	1058	0.998	0.017	0.033	0.457	94.8

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	29 Å	2.74 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP	11.0.02	位相決定
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3D85

3d85

解像度: 2.5→29.001 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 30.63 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2606	977	4.93 %
R_work	0.208	18836	-
obs	0.2106	19813	96.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 150.64 Å² / B_iso mean: 69.7258 Å² / B_iso min: 35.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.5→29.001 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3254	0	0	49	3303
B_iso mean	-	-	-	58.45	-
残基数	-	-	-	-	426

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	3335
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.869	4533
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.033	512
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	579
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.285	1187

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.5-2.6262	0.364	110	0.2983	2586	2696	94
2.6262-2.7906	0.3367	151	0.2801	2627	2778	96
2.7906-3.0059	0.2907	162	0.2663	2668	2830	98
3.0059-3.308	0.3358	156	0.2389	2705	2861	99
3.308-3.7858	0.2806	131	0.211	2702	2833	98
3.7858-4.7663	0.217	127	0.1706	2744	2871	97
4.7663-29.0025	0.2219	140	0.1862	2804	2944	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2953	-0.3543	-0.4011	3.4765	-0.4477	0.1963	-0.2277	0.3696	0.0787	0.3405	-0.2517	-0.4294	-0.9119	1.225	0.2776	0.9207	-0.412	-0.1268	0.9048	0.0548	0.4987	-1.5397	-14.4878	13.1879
2	2.9234	-1.5726	-0.5355	3.6551	0.942	1.5654	-0.0094	0.2453	-0.6706	0.0245	-0.283	0.1945	-1.4314	0.2561	0.1678	1.0735	-0.1355	-0.1105	0.5013	0.1348	0.6558	-13.6626	-16.6689	9.2145
3	2.7525	0.8053	-0.0039	1.8736	-0.4294	0.9382	-0.5095	-0.4899	0.5419	0.6097	0.0156	-0.0757	-1.5216	0.4417	0.391	1.2961	-0.2745	-0.159	0.6604	0.0296	0.4526	-9.792	-9.5728	16.7991
4	2.0013	-0.2655	1.5122	2.994	-1.641	2.7727	-0.2716	0.4435	-0.0476	0.3398	-0.1144	-0.1174	-1.122	0.7414	0.0588	0.7064	-0.221	-0.0656	0.6008	0.0246	0.3827	-8.5235	-21.2614	13.3861
5	1.7741	-1.0903	-0.1359	2.8535	0.358	3.0638	0.0106	-0.0295	-0.0551	-0.2147	-0.0972	0.3652	0.0476	-0.1609	0.1184	0.3959	-0.0743	0.0423	0.4289	-0.0084	0.6306	-13.7652	-51.1959	8.2348
6	0.8561	-0.9741	-0.8283	3.2089	2.0939	1.5222	-0.4568	-0.697	-0.3465	-0.006	0.4829	-0.2592	0.3162	0.2258	0.0467	0.3821	-0.0167	0.0413	0.6303	0.0298	0.6176	-5.3575	-53.2828	5.2055
7	1.8565	-0.281	0.3794	1.6882	1.0619	2.7371	0.0573	-0.0554	-0.4379	0.0789	0.0237	0.0587	0.2956	0.0017	-0.1123	0.4079	-0.0446	0.0386	0.4441	0.0178	0.6508	-12.038	-52.6043	10.7522
8	2.8809	-0.8458	1.0424	4.699	-0.1657	4.1035	-0.4972	0.2302	0.4256	-0.1415	0.3338	0.4088	-1.3125	-0.8798	0.1476	0.9039	0.1391	-0.1051	0.6592	0.0188	0.6102	-22.6595	-16.5396	-8.1688
9	2.3996	1.7267	-0.8066	3.4107	0.2022	4.6883	-0.2458	0.5956	0.4922	-0.3782	-0.2529	-0.1327	-1.7381	0.6873	0.2796	0.9815	-0.1886	-0.1631	0.5654	0.1041	0.4855	-13.7336	-12.9408	-9.6537
10	1.8218	0.641	-0.1235	4.0016	-0.5612	4.5106	-0.0972	0.2589	0.215	-0.5463	0.0833	0.0051	-0.9774	0.2651	0.0925	0.5247	-0.0631	-0.1	0.5049	0.0773	0.5222	-14.7676	-21.1376	-6.2903
11	0.1269	0.3334	-0.4166	2.9264	-0.6027	2.8624	-0.0622	-0.001	-0.0086	-0.1292	0.1148	0.5465	-0.0254	-0.2545	0.0028	0.3621	-0.0041	-0.036	0.485	-0.0051	0.5945	-23.4845	-43.412	3.2946
12	4.2394	1.3332	-1.0281	7.5614	-4.4659	7.8483	0.2921	0.4396	-0.2398	-0.4385	0.451	1.1267	0.7262	-0.6904	-0.3585	0.4869	-0.0856	-0.1618	0.6224	-0.0545	0.6823	-30.591	-48.5406	0.0384

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 32 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 33 through 49 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 50 through 75 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 76 through 113 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 114 through 150 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 151 through 163 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 164 through 213 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 1 through 33 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 34 through 83 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 84 through 124 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 125 through 208 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 209 through 220 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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万見 (Yorodumi)