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- PDB-5clv: Crystal Structure of KorA-operator DNA complex (KorA-OA) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5clv
タイトルCrystal Structure of KorA-operator DNA complex (KorA-OA)
要素
  • (TrfB transcriptional repressor protein) x 2
  • 5'-D(CP*CP*AP*AP*GP*TP*TP*TP*AP*GP*CP*TP*AP*AP*AP*CP*TP*TP*GP*GP*)-3'
キーワードTRANSCRIPTION / Helix-turn-helix / complex
機能・相同性TrfB transcriptional repressor protein / TrfB plasmid transcriptional repressor / : / DNA binding / DNA / DNA (> 10) / TrfB transcriptional repressor protein
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
Model detailsapo form
データ登録者White, S.A. / Hyde, E.I. / Rajasekar, K.V.
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: Flexibility of KorA, a plasmid-encoded, global transcription regulator, in the presence and the absence of its operator.
著者: Rajasekar, K.V. / Lovering, A.L. / Dancea, F. / Scott, D.J. / Harris, S.A. / Bingle, L.E. / Roessle, M. / Thomas, C.M. / Hyde, E.I. / White, S.A.
#1: ジャーナル: Mol. Microbiol. / 年: 2008
タイトル: A single aromatic residue in transcriptional repressor protein KorA is critical for cooperativity with its co-regulator KorB.
著者: Bingle, L.E. / Rajasekar, K.V. / Muntaha, S.t. / Nadella, V. / Hyde, E.I. / Thomas, C.M.
履歴
登録2015年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月15日Group: Database references
改定 1.22019年9月11日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: refine_ls_shell / Item: _refine_ls_shell.R_factor_R_free
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TrfB transcriptional repressor protein
B: TrfB transcriptional repressor protein
C: 5'-D(CP*CP*AP*AP*GP*TP*TP*TP*AP*GP*CP*TP*AP*AP*AP*CP*TP*TP*GP*GP*)-3'
D: 5'-D(CP*CP*AP*AP*GP*TP*TP*TP*AP*GP*CP*TP*AP*AP*AP*CP*TP*TP*GP*GP*)-3'
E: TrfB transcriptional repressor protein
F: TrfB transcriptional repressor protein
G: 5'-D(CP*CP*AP*AP*GP*TP*TP*TP*AP*GP*CP*TP*AP*AP*AP*CP*TP*TP*GP*GP*)-3'
H: 5'-D(CP*CP*AP*AP*GP*TP*TP*TP*AP*GP*CP*TP*AP*AP*AP*CP*TP*TP*GP*GP*)-3'
I: TrfB transcriptional repressor protein
J: TrfB transcriptional repressor protein
K: 5'-D(CP*CP*AP*AP*GP*TP*TP*TP*AP*GP*CP*TP*AP*AP*AP*CP*TP*TP*GP*GP*)-3'
L: 5'-D(CP*CP*AP*AP*GP*TP*TP*TP*AP*GP*CP*TP*AP*AP*AP*CP*TP*TP*GP*GP*)-3'
M: TrfB transcriptional repressor protein
N: TrfB transcriptional repressor protein
O: 5'-D(CP*CP*AP*AP*GP*TP*TP*TP*AP*GP*CP*TP*AP*AP*AP*CP*TP*TP*GP*GP*)-3'
P: 5'-D(CP*CP*AP*AP*GP*TP*TP*TP*AP*GP*CP*TP*AP*AP*AP*CP*TP*TP*GP*GP*)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,96216
ポリマ－112,96216
非ポリマー00
水2,954164
1
A: TrfB transcriptional repressor protein
B: TrfB transcriptional repressor protein
C: 5'-D(CP*CP*AP*AP*GP*TP*TP*TP*AP*GP*CP*TP*AP*AP*AP*CP*TP*TP*GP*GP*)-3'
D: 5'-D(CP*CP*AP*AP*GP*TP*TP*TP*AP*GP*CP*TP*AP*AP*AP*CP*TP*TP*GP*GP*)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6184
ポリマ－33,6184
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7020 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area16510 Å2
手法PISA
2
E: TrfB transcriptional repressor protein
F: TrfB transcriptional repressor protein
G: 5'-D(CP*CP*AP*AP*GP*TP*TP*TP*AP*GP*CP*TP*AP*AP*AP*CP*TP*TP*GP*GP*)-3'
H: 5'-D(CP*CP*AP*AP*GP*TP*TP*TP*AP*GP*CP*TP*AP*AP*AP*CP*TP*TP*GP*GP*)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4484
ポリマ－26,4484
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4720 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area12570 Å2
手法PISA
3
I: TrfB transcriptional repressor protein
J: TrfB transcriptional repressor protein
K: 5'-D(CP*CP*AP*AP*GP*TP*TP*TP*AP*GP*CP*TP*AP*AP*AP*CP*TP*TP*GP*GP*)-3'
L: 5'-D(CP*CP*AP*AP*GP*TP*TP*TP*AP*GP*CP*TP*AP*AP*AP*CP*TP*TP*GP*GP*)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4484
ポリマ－26,4484
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4670 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area12230 Å2
手法PISA
4
M: TrfB transcriptional repressor protein
N: TrfB transcriptional repressor protein
O: 5'-D(CP*CP*AP*AP*GP*TP*TP*TP*AP*GP*CP*TP*AP*AP*AP*CP*TP*TP*GP*GP*)-3'
P: 5'-D(CP*CP*AP*AP*GP*TP*TP*TP*AP*GP*CP*TP*AP*AP*AP*CP*TP*TP*GP*GP*)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4484
ポリマ－26,4484
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4710 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area12480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.460, 114.030, 82.070
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.590, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 TrfB transcriptional repressor protein / Regulatory protein KorA


分子量: 10676.119 Da / 分子数: 2 / 断片: KorA / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: IncP-1 plasmid RK2 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: trfB, korA / プラスミド: pET28a / 詳細 (発現宿主): derivative pGBT340 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P03052
#2: DNA鎖
5'-D(CP*CP*AP*AP*GP*TP*TP*TP*AP*GP*CP*TP*AP*AP*AP*CP*TP*TP*GP*GP*)-3'


分子量: 6132.991 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質
TrfB transcriptional repressor protein / Regulatory protein KorA


分子量: 7090.981 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: IncP-1 plasmid RK2 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: trfB, korA / プラスミド: pET28a / 詳細 (発現宿主): derivative pGBT340 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P03052
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: PEG 4000, sodium acetate, ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9797 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→25.05 Å / Num. obs: 49516 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.352 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CKT, theoretical DNA model

5ckt


解像度: 2.5→25.047 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.06 / 位相誤差: 33.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2924 4619 5.4 %thin shells
Rwork0.2792 80861 --
obs0.2798 85480 85.99 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 101.44 Å2 / Biso mean: 38.4617 Å2 / Biso min: 11.43 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→25.047 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4415 3112 0 164 7691
Biso mean---28.43 -
残基数----732
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037971
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.79711419
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421298
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005942
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.4283155
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5-2.52840.755220.34453106310894
2.5284-2.55810.335308694
2.5581-2.58930.3505313493
2.5893-2.6220.37685530.35152501305494
2.622-2.65650.537456517
2.6565-2.69280.5051222167
2.6928-2.73130.42832870.5436799108633
2.7313-2.7720.48012820.37572895317794
2.772-2.81520.3655314095
2.8152-2.86130.3504308994
2.8613-2.91060.39714710.33662684315595
2.9106-2.96340.3274311395
2.9634-3.02030.38094300.33842710314094
3.0203-3.08190.3231315995
3.0819-3.14880.3167308395
3.1488-3.22190.35644060.28552767317395
3.2219-3.30230.2772311694
3.3023-3.39130.29043250.28182639296489
3.3913-3.49090.3696224368
3.4909-3.60330.32813370.29782648298590
3.6033-3.73160.3438227368
3.7316-3.88050.30452530.26682447270082
3.8805-4.05640.250440.28962590259479
4.0564-4.26930.232150.22782979319496
4.2693-4.53530.24662150.20962977319296
4.5353-4.88310.24211960.232952314896
4.8831-5.37010.24291480.21813086323496
5.3701-6.13720.22741380.21693025316396
6.1372-7.69490.19391800.20313009318996
7.6949-25.04830.24411770.21912825300290

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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