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- PDB-5cm3: Crystal Structure of KorA, a plasmid-encoded, global transcriptio... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5cm3 | ||||||
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Title | Crystal Structure of KorA, a plasmid-encoded, global transcription regulator | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / Helix-turn-helix / DNA complex | ||||||
Function / homology | TrfB transcriptional repressor protein / TrfB plasmid transcriptional repressor / DNA binding / DNA / DNA (> 10) / TrfB transcriptional repressor protein![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Model details | KorA:DNA complexes | ||||||
![]() | White, S.A. / Hyde, E.I. / Rajasekar, K.V. | ||||||
![]() | ![]() Title: Flexibility of KorA, a plasmid-encoded, global transcription regulator, in the presence and the absence of its operator. Authors: Rajasekar, K.V. / Lovering, A.L. / Dancea, F. / Scott, D.J. / Harris, S.A. / Bingle, L.E. / Roessle, M. / Thomas, C.M. / Hyde, E.I. / White, S.A. #1: Journal: Mol. Microbiol. / Year: 2008 Title: A single aromatic residue in transcriptional repressor protein KorA is critical for cooperativity with its co-regulator KorB. Authors: Bingle, L.E. / Rajasekar, K.V. / Muntaha, S.t. / Nadella, V. / Hyde, E.I. / Thomas, C.M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 56.4 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 421.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 6.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 10.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 2n5gC ![]() 5cktSC ![]() 5clvC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 10807.316 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: KorA, UNP resiodues 1-97 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: IncP-1 plasmid RK2 / Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: DNA chain | Mass: 6132.991 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() ![]() #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.46 Å3/Da / Density % sol: 64.41 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.6 / Details: PEG 6000, sodium acetate, ethylene glycol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MAR CCD 165 mm / Detector: CCD / Date: Apr 23, 2006 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9797 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→23.46 Å / Num. obs: 19920 / % possible obs: 97.6 % / Redundancy: 1.9 % / Net I/σ(I): 17.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.38 Å / Redundancy: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.032 / % possible all: 90.1 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5CKT, theoretical model of DNA Resolution: 2.302→23.459 Å / SU ML: 0.27 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.45 / Phase error: 24.77 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 157.52 Å2 / Biso mean: 60.4469 Å2 / Biso min: 20 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.302→23.459 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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