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- PDB-2b43: Crystal structure of the Norwalk virus RNA dependent RNA polymera... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2b43
タイトルCrystal structure of the Norwalk virus RNA dependent RNA polymerase from strain Hu/NLV/Dresden174/1997/GE
要素non-structural polyprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / RNA / polymerase
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell / RNA helicase activity / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3230 / Viral polyprotein, Caliciviridae N-terminal / Viral polyprotein N-terminal / Norovirus 3C-like protease (NV 3CLpro) domain profile. / Norovirus peptidase C37 / Southampton virus-type processing peptidase / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A - #20 / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3230 / Viral polyprotein, Caliciviridae N-terminal / Viral polyprotein N-terminal / Norovirus 3C-like protease (NV 3CLpro) domain profile. / Norovirus peptidase C37 / Southampton virus-type processing peptidase / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A - #20 / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Helix non-globular / Special / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Norovirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Hogbom, M. / Rohayem, J. / Unge, T. / Jones, T.A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the Norwalk virus RNA dependent RNA polymerase from strain Hu/NLV/Dresden174/1997/GE
著者: Hogbom, M. / Rohayem, J. / Unge, T. / Jones, T.A.
履歴
登録2005年9月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: non-structural polyprotein
B: non-structural polyprotein
C: non-structural polyprotein
D: non-structural polyprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)234,6314
ポリマ－234,6314
非ポリマー00
水20,2131122
1
A: non-structural polyprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6581
ポリマ－58,6581
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: non-structural polyprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6581
ポリマ－58,6581
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: non-structural polyprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6581
ポリマ－58,6581
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: non-structural polyprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6581
ポリマ－58,6581
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.470, 125.560, 218.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 6 - 506 / Label seq-ID: 7 - 507

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD

-
要素

#1: タンパク質
non-structural polyprotein


分子量: 58657.762 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Norovirus (ウイルス) / 属: Norovirus / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6REV3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Sodium Citrate, Sodium Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.94995 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月17日
放射モノクロメーター: Silicon (1 1 1) channel-cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.94995 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 107725 / Num. obs: 107725 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.11 / Num. unique all: 12568 / Rsym value: 0.374 / % possible all: 95.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 13.772 / SU ML: 0.178 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.316 / ESU R Free: 0.246 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25654 5372 5 %RANDOM
Rwork0.19232 ---
all0.19554 102225 --
obs0.19554 102225 97.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.932 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.19 Å20 Å20 Å2
2--0.44 Å20 Å2
3----1.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15716 0 0 1122 16838
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.02216124
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4331.97321868
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.53152000
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.71323.929672
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.227152796
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2621596
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.22368
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212184
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.27851
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.210916
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1730.21201
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1760.265
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1580.228
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6761.510244
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.106216220
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.61636685
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6244.55648
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3929 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Amedium positional0.40.5
2Bmedium positional0.40.5
3Cmedium positional0.440.5
4Dmedium positional0.330.5
1Amedium thermal0.552
2Bmedium thermal0.572
3Cmedium thermal0.612
4Dmedium thermal0.572
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 387 -
Rwork0.23 7251 -
obs--95.25 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.69510.11410.14120.57880.18231.26740.0074-0.081-0.03010.03930.05580.03280.09610.0148-0.0632-0.0795-0.01510.0042-0.056-0.0326-0.0403-3.04323.205-0.971
20.7125-0.24620.44290.635-0.28851.61330.01190.12880.03850.00020.0599-0.05540.0452-0.0246-0.0718-0.06440.0051-0.0269-0.03290.0411-0.02-39.71222.097-54.685
30.56610.041-0.07840.6590.13011.1598-0.0051-0.0865-0.02630.02370.0632-0.02750.09170.0432-0.0581-0.07020.0029-0.0083-0.06490.0125-0.0709-38.079-22.146-1.047
40.9928-0.26750.05990.8467-0.12531.23720.04370.27330.0825-0.0255-0.0351-0.02880.05590.1219-0.0087-0.1060.00890.00310.05690.0125-0.0681-5.106-23.576-52.706
52.51550.8022.06091.08930.71144.07240.1683-0.0814-0.39690.31830.0514-0.19290.3283-0.0177-0.21980.07380.0392-0.0697-0.1157-0.01290.0006-6.293-4.874-6.24
62.767-0.39412.57421.28970.07673.73280.20280.247-0.2428-0.3507-0.01840.12650.22390.1197-0.18450.0997-0.0125-0.0746-0.04980.0043-0.0682-36.969-5.727-48.295
71.37910.0063-2.0351.10920.50843.31240.04890.02620.1329-0.01620.02660.0488-0.02390.1242-0.0756-0.09560.0225-0.0407-0.0824-0.0029-0.0698-36.5296.704-6.354
82.7262-1.1408-2.44240.75880.63222.75520.44270.45070.5614-0.2085-0.2204-0.2747-0.3528-0.1292-0.22230.08780.0190.07440.11950.11660.0601-6.6995.405-48.908
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA6 - 247 - 25
2X-RAY DIFFRACTION1AA42 - 40343 - 404
3X-RAY DIFFRACTION2BB6 - 247 - 25
4X-RAY DIFFRACTION2BB42 - 40343 - 404
5X-RAY DIFFRACTION3CC6 - 247 - 25
6X-RAY DIFFRACTION3CC42 - 40343 - 404
7X-RAY DIFFRACTION4DD6 - 247 - 25
8X-RAY DIFFRACTION4DD42 - 40343 - 404
9X-RAY DIFFRACTION5AA25 - 4126 - 42
10X-RAY DIFFRACTION5AA404 - 506405 - 507
11X-RAY DIFFRACTION6BB25 - 4126 - 42
12X-RAY DIFFRACTION6BB404 - 506405 - 507
13X-RAY DIFFRACTION7CC25 - 4126 - 42
14X-RAY DIFFRACTION7CC404 - 506405 - 507
15X-RAY DIFFRACTION8DD25 - 4126 - 42
16X-RAY DIFFRACTION8DD404 - 506405 - 507

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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