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- PDB-2w7n: Crystal Structure of KorA Bound to Operator DNA: Insight into Rep... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2w7n
タイトルCrystal Structure of KorA Bound to Operator DNA: Insight into Repressor Cooperation in RP4 Gene Regulation
要素
  • 5'-D(*AP*AP*TP*GP*TP*TP*TP*AP*GP*CP *TP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*G)-3'
  • 5'-D(*CP*BRUP*BRUP*GP*TP*TP*TP*AP*GP*CP*TP*AP *AP*AP*CP*AP*BRUP*T)-3'
  • TRFB TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR PROTEIN
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / INCP / PLASMID / REPRESSOR / DNA-BINDING / PROTEIN-DNA COMPLEX / TRANSCRIPTION FACTOR / HELIX-TURN-HELIX MOTIF / TRANSCRIPTION REGULATION / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Arc Repressor Mutant, subunit A - #2690 / TrfB transcriptional repressor protein / TrfB plasmid transcriptional repressor / : / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / TrfB transcriptional repressor protein
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Koenig, B. / Mueller, J.J. / Lanka, E. / Heinemann, U.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2009
タイトル: Crystal Structure of Kora Bound to Operator DNA: Insight Into Repressor Cooperation in Rp4 Gene Regulation
著者: Koenig, B. / Mueller, J.J. / Lanka, E. / Heinemann, U.
履歴
登録2008年12月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年1月30日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.42019年5月22日Group: Data collection / Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_seq_map_depositor_info / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.52024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ncs_dom_lim / struct_sheet
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_sheet.number_strands
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRFB TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR PROTEIN
B: TRFB TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR PROTEIN
E: 5'-D(*AP*AP*TP*GP*TP*TP*TP*AP*GP*CP *TP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*G)-3'
F: 5'-D(*CP*BRUP*BRUP*GP*TP*TP*TP*AP*GP*CP*TP*AP *AP*AP*CP*AP*BRUP*T)-3'
G: 5'-D(*AP*AP*TP*GP*TP*TP*TP*AP*GP*CP *TP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*G)-3'
H: 5'-D(*CP*BRUP*BRUP*GP*TP*TP*TP*AP*GP*CP*TP*AP *AP*AP*CP*AP*BRUP*T)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0936
ポリマ－45,0936
非ポリマー00
水5,711317
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11820 Å2
ΔGint-25.6 kcal/mol
Surface area19730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.830, 115.450, 49.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 3 - 95 / Label seq-ID: 3 - 95

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.2408, 0.1716, 0.9553), (0.179, -0.9595, 0.2175), (0.9539, 0.2234, 0.2004)
ベクター: -76.88, 65.43, 48.02)

-
要素

#1: タンパク質 TRFB TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR PROTEIN / TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR PROTEIN KORA / REGULATORY PROTEIN KORA


分子量: 11323.908 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / プラスミド: PMS51-1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03052
#2: DNA鎖 5'-D(*AP*AP*TP*GP*TP*TP*TP*AP*GP*CP *TP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*G)-3' / KORA OPERATOR


分子量: 5547.642 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
#3: DNA鎖 5'-D(*CP*BRUP*BRUP*GP*TP*TP*TP*AP*GP*CP*TP*AP *AP*AP*CP*AP*BRUP*T)-3' / KORA OPERATOR


分子量: 5675.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 317 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 % / 解説: NONE
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.5M (NH4)2SO4, 0.1M C6H5NA3O7 2H2O (PH 5.6), 1.0M LI2SO4 H2O, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, 291 K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91991
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月27日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91991 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→50 Å / Num. obs: 31085 / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 42.5
反射 シェル解像度: 1.96→2.08 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Mean I/σ(I) obs: 17.4 / % possible all: 70.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
XDS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.85→57.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 4.935 / SU ML: 0.083 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.201 1753 5.1 %RANDOM
Rwork0.17 ---
obs0.172 32666 87.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1 Å20 Å2-0.18 Å2
2--2.52 Å20 Å2
3----1.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→57.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1479 1464 0 317 3260
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0223163
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021704
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5222.5254543
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9053.0054138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6695187
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.70524.475
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.33615271
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6361512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1360.2514
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022449
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02421
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.2355
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1730.21114
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.210.21227
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0810.2754
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.140.2281
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2630.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3140.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1120.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.23221233
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.57731504
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.45153102
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.84163039
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1218 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Aloose positional1.085
2Bloose positional1.085
1Aloose thermal1.1210
2Bloose thermal1.1210
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.9 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.208 69
Rwork0.174 1272
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
113.0972-0.01320.802913.3036-0.55088.4329-0.3286-0.33660.9290.33810.30380.3073-0.91630.27140.0248-0.0782-0.0422-0.02390.03980.0093-0.03670.208950.715940.5742
215.83287.4378-3.057115.0959-4.30538.7186-0.2283-0.0669-0.86320.11190.1557-0.65790.35790.60470.0727-0.10070.05180.0185-0.0111-0.0066-0.12820.306738.006241.0913
38.58740.46154.51623.007-4.80934.6889-0.12440.677-0.4203-1.40510.0265-0.4630.67550.7210.0979-0.0420.01950.0256-0.062-0.0155-0.1521-8.321538.625734.6952
411.491-0.76211.42893.4702-2.09921.3526-0.02120.76620.4266-0.5275-0.0501-0.2212-0.26450.42390.0713-0.0806-0.0301-0.0089-0.05930.0255-0.1421-7.186949.758734.8152
53.0789-0.80621.43932.0972-0.66535.8625-0.03120.13260.1429-0.0891-0.00040.1585-0.2397-0.11340.0316-0.13970.0019-0.0358-0.17470-0.1419-16.835546.901737.0258
626.679-3.897611.74311.43211.182914.9075-0.3343-0.620.42320.0051-0.0266-0.0587-0.37360.28240.3608-0.1192-0.0026-0.0278-0.08880.0161-0.1663-5.041844.156746.3331
721.31975.668221.67276.32984.625.37080.1510.7934-0.55590.0479-0.07960.04270.10230.453-0.0714-0.14440.0389-0.01080.06320.0107-0.10464.612242.747353.2289
814.86023.7532-9.7511.3924-3.35568.9264-0.02990.4162-0.0337-0.0717-0.00870.1501-0.1302-0.63080.0386-0.16220.0229-0.0080.072-0.0299-0.0919-2.769239.787967.0843
915.44334.153-2.717912.1736-5.517811.751-0.1415-0.40450.95270.41370.10410.8954-0.9688-0.94790.0374-0.09740.1148-0.03220.0581-0.0631-0.071-3.813146.571973.8142
1021.756619.9593.867959.47717.76315.5959-0.18810.77162.0142-2.1847-0.23870.9287-1.0863-1.30870.42680.20290.1492-0.10370.18840.13050.1158-1.009852.984365.38
116.009-0.21392.067617.4855-2.5376.7426-0.2477-0.5107-0.6250.33160.4907-0.57250.3337-0.1831-0.243-0.09250.0540.00570.04590.0426-0.0859-29.365528.780769.2422
128.37394.9247-4.856323.1692-16.29926.1518-0.1083-0.32980.46871.00340.0711-0.2876-1.07850.2520.0372-0.1420.04-0.0294-0.0191-0.0962-0.098-27.58440.231864.8545
132.0207-0.2033-2.8519.0514-1.42014.3449-0.07160.0324-0.1384-0.0225-0.09420.21990.1856-0.59250.1658-0.1704-0.0187-0.0167-0.0575-0.0067-0.12-33.763833.026358.8504
140.0134-0.1474-0.36963.581.472213.6396-0.1127-0.3143-0.66420.09920.18810.43190.5181-0.6966-0.0754-0.046-0.03470.0724-0.10010.05310.0393-32.083122.290259.8829
154.4150.8682-0.35671.89870.77877.8954-0.16280.2348-0.3101-0.15830.10880.25380.301-0.29720.0539-0.0776-0.03030.0057-0.174-0.0353-0.0612-29.42326.249150.7052
168.81982.31989.56640.87143.6515.29760.0015-0.4669-0.32790.05030.1481-0.20770.03650.1866-0.1496-0.11960.0328-0.007-0.0776-0.0178-0.0717-21.473832.838765.6026
1726.544311.7523-25.44985.2991-11.883228.3531-0.22830.44970.0883-0.20420.4371-0.31790.7054-0.0808-0.2088-0.110.04590.01220.1491-0.0291-0.0424-11.601738.214272.3138
186.34681.0751-5.63312.4893-1.25639.5665-0.272-0.0275-0.4446-0.032-0.0192-0.1860.3015-0.08120.2912-0.17840.0173-0.0114-0.0474-0.0261-0.14874.870539.284868.1926
1916.0797-2.12050.461517.0228-5.40139.1564-0.4036-0.0429-1.53470.01970.5489-0.26260.9709-0.0027-0.1453-0.073200.0724-0.03260.01560.0212-0.317534.506775.1609
2044.9929-8.07525.404922.1572-25.304335.12650.2282-0.7861-2.8575-0.49650.65680.61352.4997-0.6758-0.88510.2007-0.04690.01230.34210.17580.4683-6.946729.502778.9776
213.3432-2.40350.05122.45282.902411.9187-0.20.505-0.1789-0.1935-0.23660.93660.92670.15810.43660.0406-0.02610.0302-0.2576-0.01820.0389-25.291214.38149.3155
2212.81296.5797-4.03229.1809-7.2555.9014-0.0612-1.2676-0.59230.0515-0.5728-0.5723-0.03170.54510.6341-0.09130.01580.0853-0.0534-0.0635-0.2213-15.504728.358349.2255
232.7541-0.3838-1.02385.2182.69636.43690.0812-0.25860.0982-0.1958-0.09620.7193-0.2371-0.53320.015-0.1674-0.0349-0.0034-0.13530.0311-0.0643-24.002243.822344.038
246.30310.8763.0130.1444-0.131414.80590.6453-0.5310.29290.4416-0.39450.4244-0.9848-0.1638-0.25080.14670.02030.0666-0.2344-0.06590.0285-18.951259.107448.2447
253.7736-5.0603-5.85816.78597.85579.09420.35570.92030.5283-1.1151-0.59421.0957-1.816-0.32630.23850.13240.04950.0208-0.17380.06990.3905-19.973159.037139.576
264.84526.137-1.65968.2337-2.1690.5782-0.0743-0.2127-0.0471-0.05440.1169-0.0152-0.15240.0207-0.0427-0.1749-0.0063-0.0181-0.2047-0.0478-0.0734-21.272844.601450.7167
278.5993-7.1959-4.359210.38265.34082.86710.3530.74610.0611-0.6659-0.4353-0.41850.2818-0.44480.08220.0404-0.01810.0489-0.08880.0159-0.1167-21.163627.657642.8018
2811.7006-0.30127.42010.0078-0.1914.70551.4832-1.0391-1.3733-0.332-1.4571-0.6632.3721.6214-0.02610.4525-0.07470.04390.15860.06460.1818-15.615615.082850.8412
299.2689-1.49366.677613.9604-0.888113.37020.3902-0.27370.4749-0.544-0.29630.6579-0.4613-0.2306-0.0939-0.01580.0162-0.0291-0.1162-0.032-0.1676-19.787259.085739.4882
304.63372.0254-0.46236.1628-3.39582.38170.3271-0.20160.50960.1392-0.44080.1054-0.02670.34620.1137-0.1430.04770.0125-0.1370.0228-0.1417-19.601346.230350.8677
311.92521.06070.17141.4135-2.7279.61620.2860.3171-0.2717-0.4007-0.1697-0.18640.25010.1396-0.1164-0.0577-0.0018-0.0102-0.1865-0.0569-0.11-22.168629.757743.7736
3214.776915.0652-9.115223.0662-14.279524.12830.9254-0.16790.06150.5022-0.5228-0.32980.05820.0542-0.40260.11270.1090.0969-0.21-0.0880.1308-15.877614.808550.6737
336.4058-3.0479-3.06911.45021.46031.47040.6973-0.0253-0.5204-1.0012-0.48390.34930.4177-1.1332-0.21340.2128-0.0629-0.01990.0057-0.07020.2281-24.767514.629849.2229
340.51741.588-2.72796.8203-8.692914.43440.17370.2936-0.1992-0.13920.02350.40050.08880.1422-0.1972-0.1017-0.0235-0.0635-0.17980.07030.0669-15.84130.008847.5558
353.05692.1786-1.28141.5805-1.3948.82810.06170.52060.0509-0.029-0.39091.1018-0.4365-1.08830.3292-0.07870.0449-0.0365-0.0883-0.04310.011-25.756645.60644.4349
363.5423-2.6306-4.25123.69160.6228.79910.2044-0.60871.04430.9786-0.4081-0.0884-1.18410.66210.20370.1523-0.0594-0.05860.01370.02910.0128-18.790459.070348.6872
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 9
2X-RAY DIFFRACTION2A10 - 18
3X-RAY DIFFRACTION3A19 - 25
4X-RAY DIFFRACTION4A26 - 39
5X-RAY DIFFRACTION5A40 - 55
6X-RAY DIFFRACTION6A56 - 63
7X-RAY DIFFRACTION7A64 - 69
8X-RAY DIFFRACTION8A70 - 80
9X-RAY DIFFRACTION9A81 - 89
10X-RAY DIFFRACTION10A90 - 95
11X-RAY DIFFRACTION11B3 - 12
12X-RAY DIFFRACTION12B13 - 18
13X-RAY DIFFRACTION13B19 - 28
14X-RAY DIFFRACTION14B29 - 39
15X-RAY DIFFRACTION15B40 - 55
16X-RAY DIFFRACTION16B56 - 67
17X-RAY DIFFRACTION17B68 - 76
18X-RAY DIFFRACTION18B77 - 87
19X-RAY DIFFRACTION19B88 - 92
20X-RAY DIFFRACTION20B93 - 97
21X-RAY DIFFRACTION21E1 - 4
22X-RAY DIFFRACTION22E5 - 8
23X-RAY DIFFRACTION23E9 - 14
24X-RAY DIFFRACTION24E15 - 18
25X-RAY DIFFRACTION25F1 - 4
26X-RAY DIFFRACTION26F5 - 9
27X-RAY DIFFRACTION27F10 - 14
28X-RAY DIFFRACTION28F15 - 18
29X-RAY DIFFRACTION29G1 - 4
30X-RAY DIFFRACTION30G5 - 8
31X-RAY DIFFRACTION31G9 - 14
32X-RAY DIFFRACTION32G15 - 18
33X-RAY DIFFRACTION33H1 - 4
34X-RAY DIFFRACTION34H5 - 9
35X-RAY DIFFRACTION35H10 - 14
36X-RAY DIFFRACTION36H15 - 18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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