+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5cjz | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | BT4246 with galactose | |||||||||
要素 | SusD homolog | |||||||||
キーワード | mucin-binding protein / SusD homologue / tetra-trico peptide repeat (TPR) / microbiota | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.803 Å | |||||||||
Model details | mucin o-glycan binding SusD homologue | |||||||||
データ登録者 | Koropatkin, N.M. | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: to be published タイトル: Mechanistic insight into mucin degradation by the human gut microbiota reveals targeting of the glycoprotein core 著者: Ndeh, D.A. / Nakjang, S. / Kwiatkowski, K.J. / Koropatkin, N.M. / Hirt, R.P. / Bolam, D.N. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5cjz.cif.gz | 162.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5cjz.ent.gz | 122.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5cjz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5cjz_validation.pdf.gz | 451.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 5cjz_full_validation.pdf.gz | 453.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5cjz_validation.xml.gz | 31.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5cjz_validation.cif.gz | 50.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cj/5cjz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cj/5cjz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||||||||||||||
単位格子 |
| |||||||||||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 71372.930 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 25-642 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア) 遺伝子: BT_4246 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta pLysS / 参照: UniProt: Q89ZX5 |
---|---|
#5: 糖 | ChemComp-GAL / |
-非ポリマー , 5種, 929分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CA / | #4: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.85 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, KCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年10月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.803→41.88 Å / Num. all: 74235 / Num. obs: 74235 / % possible obs: 98.25 % / 冗長度: 13.1 % / Rmerge(I) obs: 0.23 / Net I/σ(I): 10.95 |
反射 シェル | 解像度: 1.803→1.867 Å / 冗長度: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 1.797 / Mean I/σ(I) obs: 1.03 / % possible all: 98.13 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
---|
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5ck1 解像度: 1.803→41.88 Å / FOM work R set: 0.8188 / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.1 / 立体化学のターゲット値: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 98.91 Å2 / Biso mean: 16.36 Å2 / Biso min: 4.85 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.803→41.88 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
|