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万見
- PDB-5ck1: selenomethionine BT4246 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ck1
タイトルselenomethionine BT4246
要素SusD homolog
キーワードmucin-binding protein / SusD homologue / tetra-trico peptide repeat (TPR) / microbiota
機能・相同性SusD-like, N-terminal / Starch-binding associating with outer membrane / RagB/SusD domain / SusD family / cell outer membrane / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / metal ion binding / SusD homolog
機能・相同性情報
生物種Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.835 Å
Model detailsmucin o-glycan binding SusD homologue
データ登録者Koropatkin, N.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
University of Michigan Host Microbiome Initiative 米国
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Mechanistic insight into mucin degradation by the human gut microbiota reveals targeting of the glycoprotein core
著者: Ndeh, D.A. / Nakjang, S. / Kwiatkowski, K.J. / Koropatkin, N.M. / Hirt, R.P. / Bolam, D.N.
履歴
登録2015年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SusD homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,9015
ポリマ－73,6751
非ポリマー2264
水14,754819
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area660 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area22460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.792, 115.738, 116.656
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1604-

HOH

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要素

#1: タンパク質 SusD homolog


分子量: 73674.531 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 26-642 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
遺伝子: BT_4246 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta pLysS / 参照: UniProt: Q89ZX5
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 819 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.81 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG3350, KCl, nucleation off of a grain of SiO2. / Temp details: room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.835→31.83 Å / Num. all: 65430 / Num. obs: 65430 / % possible obs: 99.66 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.1095 / Net I/σ(I): 37.41
反射 シェル解像度: 1.835→1.901 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.213 / Mean I/σ(I) obs: 13.3 / % possible all: 98.08

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 1.835→31.827 Å / FOM work R set: 0.8683 / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 19.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2013 1998 3.06 %random selection
Rwork0.1671 63363 --
obs0.1682 65361 99.57 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 93.63 Å2 / Biso mean: 19.62 Å2 / Biso min: 2.77 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.835→31.827 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4730 0 19 819 5568
Biso mean--22.35 30.36 -
残基数----584
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064905
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9256669
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037678
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004869
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8961744
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8352-1.88110.26511250.20114374449997
1.8811-1.93190.26081550.186444844639100
1.9319-1.98880.22511350.18144924627100
1.9888-2.0530.2151400.170945064646100
2.053-2.12630.2071430.16444604603100
2.1263-2.21140.17921490.1745144663100
2.2114-2.31210.21311390.16645104649100
2.3121-2.43390.21161460.169445214667100
2.4339-2.58630.22991400.17545454685100
2.5863-2.78590.24981390.177345424681100
2.7859-3.06610.16751460.171445434689100
3.0661-3.50930.22081460.16545704716100
3.5093-4.41940.15051420.145146134755100
4.4194-31.83170.19091530.16474689484299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.0031-0.00460.0017-0.0026-0.00310.0001-0.04190.01470.0184-0.0077-0.017-0.0112-0.0230.002400.03410.0423-0.0595-0.03340.041-0.003691.452346.200558.071
2-0.00160.0002-0.00280.0006-0.0008-0.0009-0.0126-0.02370.01680.0201-0.0140.0016-0.0203-0.010200.06730.0598-0.0795-0.03410.02620.063889.766855.832477.9771
30.0012-0.0010.0019-0.0045-0.0020.0018-0.0351-0.01620.01940.0193-0.01740.0032-0.03270.00430-0.0930.0504-0.1227-0.01310.0486-0.091798.501544.893477.7334
40.00850.01120.00550.01630.00810.0346-0.0075-0.0239-0.0044-0.0041-0.01440.0002-0.0002-0.048700.05510.016-0.00930.0663-0.0110.053479.463128.901660.5045
50.00360.0017-0.00610.0044-0.01020.0084-0.01090.0156-0.0077-0.0021-0.0201-0.0057-0.02770.0222-00.0456-0.001-0.00580.0520.00630.041199.447935.314853.5432
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 46 through 104 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 105 through 158 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 159 through 250 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 251 through 576 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 577 through 642 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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