PDB-3tva: Crystal Structure of Xylose isomerase domain protein from Plancto...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tva

タイトル

Crystal Structure of Xylose isomerase domain protein from Planctomyces limnophilus

要素

Xylose isomerase domain protein TIM barrel

キーワード

ISOMERASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / TIM barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

isomerase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Planctomyces limnophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.148 Å

データ登録者

Kim, Y. / Wu, R. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Xylose isomerase domain protein from Planctomyces limnophilus
著者: Kim, Y. / Wu, R. / Bearden, J. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2011年9月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tva.cif.gz	251.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tva.ent.gz	205 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tva.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3tva_validation.pdf.gz	448.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3tva_full_validation.pdf.gz	452.1 KB	表示
XML形式データ	3tva_validation.xml.gz	30.2 KB	表示
CIF形式データ	3tva_validation.cif.gz	41.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/3tva ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/3tva	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6t8v-2 2htb-1 2htb-4 3rqq-d 1ekk-2 6dc1-7 3p6l-d 3pf3-d 1y7w-2 2yck-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC100605

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Xylose isomerase domain protein TIM barrel

B: Xylose isomerase domain protein TIM barrel

ヘテロ分子

64.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Xylose isomerase domain protein TIM barrel

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Xylose isomerase domain protein TIM barrel

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.324, 105.324, 178.936
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	91
Space group name H-M	P4₁22

詳細

Two monomers in the asymmetric unit

#1: タンパク質	Xylose isomerase domain protein TIM barrel 分子量: 31912.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Planctomyces limnophilus (バクテリア) 株: DSM 3776 / 遺伝子: Plim_1682 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) magic / 参照: UniProt: D5SXE5
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 382 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.36 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M Magnesium Chloride, 0.1 M Sodium Cacodylate:HCl pH 6.5, 10% (w/v) PEG 3000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月7日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→50 Å / Num. all: 55639 / Num. obs: 55639 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.9 % / B_iso Wilson estimate: 24.95 Å² / R_sym value: 0.092 / Net I/σ(I): 8.5
反射シェル	解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 10 % / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 2727 / R_sym value: 0.736 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		位相決定
SHELXS		位相決定
MLPHARE		位相決定
RESOLVE		モデル構築
SOLVE		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: dev_851)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.148→45.551 Å / SU ML: 0.45 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 18.04 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.193	2771	5.08 %	random
R_work	0.168	-	-	-
all	0.169	54539	-	-
obs	0.169	54539	98.07 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 36.681 Å² / k_sol: 0.335 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.9512 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.9512 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.9023 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.148→45.551 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4302	0	27	382	4711

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	4818
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.251	6603
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.729	1775
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.096	716
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	888

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
2.1482-2.1852	0.2521	119	0.1937	2135	2254	83
2.1852-2.2249	0.2721	122	0.1848	2328	2460	90
2.2249-2.2677	0.2238	106	0.1766	2455	2561	94
2.2677-2.314	0.2013	122	0.1766	2545	2667	98
2.314-2.3643	0.2189	148	0.1716	2583	2731	99
2.3643-2.4193	0.2121	168	0.1738	2544	2712	100
2.4193-2.4798	0.2037	142	0.1676	2590	2732	100
2.4798-2.5469	0.2007	130	0.1679	2605	2735	100
2.5469-2.6218	0.2103	129	0.171	2636	2765	100
2.6218-2.7064	0.2462	141	0.1752	2615	2756	100
2.7064-2.8031	0.2063	147	0.1811	2599	2746	100
2.8031-2.9154	0.1987	152	0.177	2623	2775	100
2.9154-3.048	0.2051	140	0.1721	2611	2751	100
3.048-3.2087	0.2097	121	0.1656	2648	2769	100
3.2087-3.4096	0.202	144	0.175	2654	2798	100
3.4096-3.6728	0.1855	146	0.1593	2637	2783	100
3.6728-4.0422	0.1626	144	0.1458	2681	2825	100
4.0422-4.6266	0.1495	154	0.1395	2672	2826	100
4.6266-5.8271	0.163	156	0.1523	2720	2876	100
5.8271-45.5608	0.1921	140	0.2023	2887	3027	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4287	0.4046	-0.1813	3.597	-0.837	2.0919	0.2304	0.5874	0.3909	-0.588	-0.1397	-0.1493	-0.5493	-0.188	-0.1081	0.2411	0.0529	0.0874	0.2166	0.0957	0.2741	14.4699	60.9921	-28.3352
2	6.6742	-1.2058	-2.0449	7.8079	5.1236	6.8336	0.0977	0.2124	0.3626	-0.2117	0.0476	-0.3149	-0.2026	0.2601	-0.1286	0.2028	-0.0312	0.0586	0.15	0.087	0.1482	29.3833	59.6498	-31.0547
3	1.2777	0.7608	0.0481	2.7296	1.337	2.1037	0.0788	0.1385	-0.0365	-0.1125	-0.029	-0.0258	0.021	-0.0016	-0.0505	0.1089	0.0453	0.0283	0.1385	0.0632	0.1224	21.1103	42.5649	-31.6939
4	3.0765	0.8701	-0.0172	1.9366	-0.114	1.8262	0.0822	0.1856	-0.0727	-0.2681	-0.1311	-0.0098	0.3758	0.0568	0.0382	0.145	0.0768	0.025	0.1217	0.021	0.0787	20.9189	35.7532	-21.515
5	2.0104	-0.5838	0.1842	1.1148	-0.0162	2.7449	0.0157	0.2313	0.0528	-0.2043	-0.0768	0.2002	0.075	-0.4911	0.0308	0.1046	0.0424	0.0178	0.2702	0.0547	0.1506	3.4096	43.2674	-26.6729
6	2.2697	-0.0246	-0.2109	2.1221	-1.2546	3.2685	0.1474	0.2275	0.3077	-0.2409	0.0354	0.0485	-0.1258	-0.1287	-0.1533	0.1832	0.0885	0.0734	0.2092	0.067	0.2289	3.5545	57.0585	-23.572
7	5.0845	-0.4441	-0.7555	3.0886	0.65	2.8812	-0.0278	-0.7699	0.9714	0.0153	0.1127	-0.5654	-0.6126	0.4804	-0.252	0.2251	-0.0272	0.0047	0.1358	-0.0989	0.3153	34.5389	53.7396	4.1485
8	1.3295	0.1197	-0.121	3.6234	-0.9821	2.6439	-0.0514	-0.4005	0.8197	0.5468	0.0687	-0.3143	-0.7109	-0.1721	-0.2506	0.4137	0.0457	0.0713	0.2653	-0.2262	0.4692	22.5489	62.0799	9.0485
9	1.6971	0.2308	-0.7764	2.0005	-0.5365	0.9892	0.0372	-0.5036	0.1797	0.2162	-0.0442	-0.0114	-0.1655	-0.0026	-0.0088	0.1237	0.0264	0.0233	0.2743	-0.0578	0.1427	15.8504	47.4688	10.7749
10	2.9378	0.6761	-0.897	4.2048	-2.4619	3.9868	-0.087	-0.2765	-0.2729	-0.3081	-0.1038	-0.1059	0.2757	-0.2762	0.1638	0.1362	-0.0005	0.0616	0.2209	-0.0153	0.1327	14.3645	39.9376	5.1315
11	1.3074	-0.166	0.3781	0.6775	-0.3016	1.6088	0.0762	-0.2549	-0.0792	0.0697	0.0616	-0.0245	0.1296	-0.2949	-0.0407	0.0454	0.0146	0.0377	0.1826	0.0402	0.0778	19.58	36.1771	2.2212
12	4.2651	-0.236	-0.3519	4.3087	-0.0724	5.497	-0.0425	-0.2688	-0.0899	0.3964	0.0284	-0.2007	0.205	0.1677	-0.0526	0.049	0.0353	0.009	0.1237	0.0305	0.1353	34.7788	40.3671	-1.2584
13	6.0164	0.4251	-1.0421	5.3078	0.9396	5.4753	0.1999	0.0063	0.3078	0.2202	0.0282	-0.5791	-0.158	0.8044	0.0239	0.0536	-0.0338	0.0192	0.2591	-0.0211	0.3759	43.2797	43.2982	-1.3992

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 6:38)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 39:59)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 60:128)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 129:175)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 176:236)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 237:287)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 4:37)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 38:59)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 60:111)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 112:128)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 129:236)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 237:268)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 269:287)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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