PDB-5chn: Fab fragments of chikungunya virus neutralizing human monoclonal ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5chn

タイトル

Fab fragments of chikungunya virus neutralizing human monoclonal antibody 5M16

要素

Antibody 5M16 Fab Heavy Chain
Antibody 5M16 Fab Light Chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / antibody

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.047 Å

データ登録者

Long, F. / Crowe, J.E. / Rossmann, M.G.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R01 AI089591	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R01 AI114816	米国

引用

ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2015
タイトル: Cryo-EM structures elucidate neutralizing mechanisms of anti-chikungunya human monoclonal antibodies with therapeutic activity.
著者: Feng Long / Rachel H Fong / Stephen K Austin / Zhenguo Chen / Thomas Klose / Andrei Fokine / Yue Liu / Jason Porta / Gopal Sapparapu / Wataru Akahata / Benjamin J Doranz / James E Crowe / ...
要旨: Chikungunya virus (CHIKV) is a mosquito-transmitted alphavirus that causes severe acute and chronic disease in humans. Although highly inhibitory murine and human monoclonal antibodies (mAbs) have ...

履歴

登録	2015年7月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年11月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年11月25日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5chn.cif.gz	345.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5chn.ent.gz	281.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5chn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/5chn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/5chn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3148C 3149C 5cgyC 3ujtS 4jy6S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ptu-d 5e2w-d 3uyr-d 4ncc-1 6z3k-8 3lex-1 6ug8-d 4xce-2 6ev1-2 6ubi-1 5d6c-1 3wfh-d 4dvb-2 3egs-d 3qq9-2 6med-1 3qnz-d 2fjf-12 5i17-2 1e6o-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: Antibody 5M16 Fab Heavy Chain

L: Antibody 5M16 Fab Light Chain

A: Antibody 5M16 Fab Heavy Chain

B: Antibody 5M16 Fab Light Chain

94.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

H: Antibody 5M16 Fab Heavy Chain

L: Antibody 5M16 Fab Light Chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Antibody 5M16 Fab Heavy Chain

B: Antibody 5M16 Fab Light Chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	133.930, 133.930, 52.800
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

#1: 抗体	Antibody 5M16 Fab Heavy Chain 分子量: 23400.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	Antibody 5M16 Fab Light Chain 分子量: 24024.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 640 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.07 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: PEG3350, Tris, ammonium formate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.047→44.643 Å / Num. all: 402774 / Num. obs: 57761 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 28.4
反射シェル	解像度: 2.05→2.14 Å / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.195 / Mean I/σ(I) obs: 6.9 / % possible all: 81

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3UJT and 4JY6

3ujt

4jy6

解像度: 2.047→44.643 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 22.43 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2175	2861	4.95 %	Random selection
R_work	0.1718	-	-	-
obs	0.1741	57741	97.07 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.047→44.643 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6514	0	0	640	7154

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	6675
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.037	9115
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.989	2384
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	1048
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1165

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.047-2.0823	0.2787	99	0.1981	2102	X-RAY DIFFRACTION	75
2.0823-2.1202	0.2582	122	0.1903	2277	X-RAY DIFFRACTION	81
2.1202-2.1609	0.2331	127	0.1879	2522	X-RAY DIFFRACTION	90
2.1609-2.205	0.2528	142	0.1862	2703	X-RAY DIFFRACTION	96
2.205-2.253	0.2638	153	0.1906	2765	X-RAY DIFFRACTION	100
2.253-2.3054	0.2655	121	0.1892	2863	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3054-2.363	0.2747	154	0.1914	2762	X-RAY DIFFRACTION	100
2.363-2.4269	0.263	140	0.1835	2833	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4269-2.4983	0.224	174	0.1827	2770	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4983-2.579	0.2532	160	0.1818	2801	X-RAY DIFFRACTION	100
2.579-2.6711	0.2405	158	0.1812	2808	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6711-2.7781	0.2616	147	0.1825	2842	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7781-2.9045	0.2507	164	0.1833	2778	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9045-3.0576	0.2289	118	0.1935	2866	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0576-3.2491	0.2507	137	0.192	2825	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2491-3.4999	0.2204	145	0.1748	2855	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4999-3.8519	0.1862	149	0.167	2830	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8519-4.4088	0.1724	152	0.1411	2870	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4088-5.553	0.1633	142	0.1315	2867	X-RAY DIFFRACTION	100
5.553-44.6539	0.1895	157	0.1753	2941	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0047	-0.0083	0.0125	0.0144	-0.0129	0.0086	-0.0599	0.0262	-0.0109	-0.0231	0.0119	-0.0151	0.01	0.084	0	0.1631	0.0039	-0.0105	0.23	-0.0277	0.1641	40.5106	-47.8864	4.7541
2	0.0744	0.0468	-0.0073	0.0239	-0.014	0.1106	-0.0661	-0.0124	-0.0438	0.0283	0.0267	0.0419	0.0063	0.0934	-0.0073	0.1859	0.003	-0.006	0.1608	-0.0288	0.1423	35.3768	-50.192	11.2536
3	0.0572	-0.0073	0.0234	0.0623	-0.0339	0.0419	-0.0513	0.127	0.1735	-0.0895	0.0066	-0.0744	-0.0305	-0.0189	-0.0051	0.2085	0.0056	-0.011	0.1509	0.0043	0.2909	21.661	-23.7714	-6.1155
4	0.1176	0.054	0.0272	0.1121	0.0608	0.0591	0.1168	-0.0702	0.0013	0.0751	-0.1564	0.0274	-0.2084	-0.1229	-0.0216	0.2868	-0.0004	0.0176	0.1587	-0.0177	0.1258	33.7665	-36.8035	26.7841
5	0.2351	0.2325	-0.268	0.3931	-0.1349	0.5398	-0.2318	-0.1275	0.2408	0.3349	0.2609	0.1075	-0.1608	-0.2926	0.2683	0.2975	0.176	-0.0545	0.194	-0.085	0.235	9.8942	-21.0507	5.3194
6	0.0802	0.01	0.0654	0.0505	-0.0235	0.1863	-0.0667	0.0415	-0.0232	-0.0899	0.0266	-0.0281	0.0762	-0.0071	-0.1599	0.2255	0.0129	0.0325	0.1435	0.0353	0.1299	-32.0705	-64.3059	10.945
7	0.1449	0.0389	0.2002	0.0598	0.0245	0.2954	0.1044	-0.1467	0.1754	0.0661	0.0033	-0.2279	-0.0198	-0.0714	0.2678	0.1696	-0.0088	0.0805	0.171	0.0063	0.3447	-8.0398	-46.9846	26.6913
8	0.1351	-0.0724	-0.0635	0.0489	-0.0027	0.2178	0.0688	-0.0178	0.0911	-0.25	-0.0121	-0.104	0.0018	0.1776	0.1698	0.4852	-0.0814	0.226	0.1494	0.0296	0.0789	-23.527	-52.4686	-6.6132
9	0.0446	0.0552	0.0603	0.3251	-0.0803	0.1715	-0.019	0.0852	-0.0764	-0.3392	0.0841	-0.4928	0.1077	0.2214	0.537	0.096	-0.0284	0.3711	0.1936	0.0592	0.5641	0.9911	-51.2365	13.7316

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'H' and (resid 1 through 32 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'H' and (resid 33 through 120 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'H' and (resid 121 through 222 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'L' and (resid 2 through 107 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'L' and (resid 108 through 219 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 1 through 120 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 121 through 222 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 2 through 95 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 96 through 219 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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