PDB-5cfp: Crystal structure of anemone STING (Nematostella vectensis) 'huma...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5cfp

タイトル

Crystal structure of anemone STING (Nematostella vectensis) 'humanized' F276K in complex with 3', 3' c-di-GMP, c[G(3', 5')pG(3', 5')p]'

要素

Stimulator of Interferon Genes

キーワード

IMMUNE SYSTEM / STING / cyclic-dinucleotide binding domain

機能・相同性

機能・相同性情報

2',3'-cyclic GMP-AMP binding / cyclic-di-GMP binding / reticulophagy / positive regulation of macroautophagy / autophagosome assembly / autophagosome / positive regulation of type I interferon production / activation of innate immune response / defense response to virus / innate immune response / endoplasmic reticulum membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Nematostella vectensis (イソギンチャク)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.066 Å

データ登録者

Kranzusch, P.J. / Wilson, S.C. / Lee, A.S.Y. / Berger, J.M. / Doudna, J.A. / Vance, R.E.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2015
タイトル: Ancient Origin of cGAS-STING Reveals Mechanism of Universal 2',3' cGAMP Signaling.
著者: Kranzusch, P.J. / Wilson, S.C. / Lee, A.S. / Berger, J.M. / Doudna, J.A. / Vance, R.E.

履歴

登録	2015年7月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年8月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年9月9日	Group: Database references
改定 1.2	2015年9月30日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2019年11月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5cfp.cif.gz	173.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5cfp.ent.gz	138 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5cfp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5cfp_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5cfp_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	5cfp_validation.xml.gz	18.9 KB	表示
CIF形式データ	5cfp_validation.cif.gz	26.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/5cfp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/5cfp	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5cflC 5cfmC 5cfnC 5cfoC 5cfqC 5cfrC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ga7-2 1oyh-1 3p94-6 3h1w-d 1uhg-4 6vii-d 4dml-2 1nhe-1 6zli-d 5g02-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Stimulator of Interferon Genes

B: Stimulator of Interferon Genes

ヘテロ分子

48.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.388, 81.388, 100.553
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

#1: タンパク質	Stimulator of Interferon Genes / Predicted protein 分子量: 23467.664 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 178-377 / 変異: F276K / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Nematostella vectensis (イソギンチャク) 遺伝子: v1g246111 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7SLZ2
#2: 化合物	ChemComp-C2E / 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) / c-di-GMP / Cyclic diguanosine monophosphate / c-di-GMP 分子量: 690.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₄N₁₀O₁₄P₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折

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試料調製

結晶	マシュー密度: 4.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.98 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.8 M ammonium citrate pH 7.0

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データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11588 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.11588 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.066→40.931 Å / Num. obs: 45536 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 8
反射シェル	解像度: 2.066→2.12 Å / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.901 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 94.6

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.066→40.931 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 23.61 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2055	2041	4.5 %	Random selection
R_work	0.1724	-	-	-
obs	0.174	45375	99.35 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.066→40.931 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2986	0	92	241	3319

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	3160
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.298	4280
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.5	1184
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	446
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	534

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.066-2.114	0.3506	119	0.3045	2653	X-RAY DIFFRACTION	91
2.114-2.1669	0.3233	138	0.275	2929	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1669-2.2254	0.3054	136	0.2685	2890	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2254-2.2909	0.2393	134	0.2511	2892	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2909-2.3649	0.2599	142	0.2297	2924	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3649-2.4494	0.2688	134	0.2188	2920	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4494-2.5474	0.2652	136	0.2107	2888	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5474-2.6633	0.24	125	0.2085	2923	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6633-2.8037	0.2198	140	0.2002	2924	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8037-2.9793	0.2049	142	0.2016	2877	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9793-3.2093	0.2432	142	0.1924	2892	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2093-3.5321	0.186	135	0.1671	2926	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5321-4.0428	0.1907	146	0.1449	2909	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0428-5.092	0.1484	136	0.118	2893	X-RAY DIFFRACTION	100
5.092-40.9387	0.1792	136	0.1416	2894	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7507	0.2528	-0.1217	0.0627	-0.0672	-0.0254	-0.1065	-0.0923	-0.4637	-0.5393	0.0868	-0.1575	0.4317	-0.2216	0.0008	0.4071	-0.0974	0.0063	0.3568	-0.0016	0.4241	-12.2344	-24.7853	20.5495
2	0.358	-0.3606	-0.3289	0.5869	0.083	0.3065	0.2646	0.0249	-0.001	-0.4328	0.1382	0.404	0.1617	-0.2371	0.0002	0.4662	-0.1692	-0.1043	0.358	0.1004	0.4099	-19.9408	-10.4937	9.0738
3	0.4887	0.0575	-0.3189	1.1746	-1.2334	0.5783	-0.1199	-0.2417	0.2515	0.0225	0.1719	-0.068	-0.1136	-0.0412	0.0289	0.4399	-0.0911	-0.0468	0.3272	-0.0068	0.3863	-8.3961	-4.304	12.8445
4	0.8297	-1.256	-0.6931	1.7782	0.648	2.5023	0.1075	-0.3006	0.3892	0.2078	-0.0002	0.0022	-0.1405	0.0491	0.0003	0.5454	-0.1301	-0.0992	0.3774	0.0312	0.4386	-9.6414	-0.9939	15.9065
5	0.2026	-0.1487	-0.1143	0.1255	0.0127	0.0419	0.3252	-0.848	-0.115	0.1354	-0.333	0.6329	-0.0541	0.3575	-0.001	0.4999	-0.2285	-0.0012	0.5162	0.0947	0.6231	-25.6197	-11.3594	19.7383
6	0.4257	-0.3405	0.3358	0.3041	-0.392	0.5247	-0.0164	0.0006	0.3285	0.2813	-0.109	-0.0659	-0.3547	0.3409	-0.0052	0.4873	-0.1732	-0.0809	0.3771	0.0708	0.4959	-5.3042	0.3424	9.273
7	1.7475	1.1405	1.2434	2.3814	0.2703	0.8242	-0.0636	-0.0116	-0.1588	-0.2203	0.1761	-0.378	0.137	0.4411	0.0005	0.2883	-0.0019	0.0235	0.4382	-0.0518	0.3849	-3.6514	-21.5238	24.5826
8	1.2289	-0.9006	-0.6946	1.8211	-0.4264	0.9681	0.1159	0.293	-0.2667	-0.5148	0.0907	-0.4265	0.4612	0.4699	0.0011	0.5438	-0.1123	0.0213	0.4471	0.0136	0.3468	-4.837	-14.0652	10.6299
9	0.3988	-0.1562	0.0311	0.6436	-0.2908	0.1488	-0.0821	0.3355	0.5399	-0.7308	-0.1427	-0.1493	0.7992	0.3618	0.0021	0.5222	-0.1336	-0.0201	0.4604	0.045	0.4323	0.3026	-6.1882	5.7219
10	0.6338	0.5994	-0.1861	0.5586	-0.1203	0.0678	-0.081	-0.4892	-0.3205	-0.1293	-0.0224	-0.282	0.0221	0.2311	-0.0002	0.3227	-0.0107	0.0039	0.4984	0.0367	0.4531	-13.1256	-25.3361	30.0021
11	0.5396	-0.2117	-0.1125	0.4654	-0.2265	0.1606	0.1334	-0.4477	0.4384	0.2382	0.3586	-0.3779	-0.2011	0.3846	0.0081	0.2423	-0.0271	0.0311	0.5924	-0.1271	0.3876	-21.6379	-11.4789	41.4902
12	1.1923	-0.4022	-1.2009	1.1825	0.6551	0.5013	0.0123	-0.1164	0.0203	-0.2492	0.0469	0.2606	-0.0561	-0.0533	0.0324	0.2833	-0.014	-0.0324	0.4866	-0.0218	0.3923	-32.7645	-18.3778	37.7242
13	0.233	-0.6744	-0.0274	1.8555	-0.6718	1.9375	-0.1578	0.4033	0.2235	-0.4235	0.2312	0.2302	-0.1149	-0.054	0.0002	0.3269	-0.0117	-0.0244	0.6213	-0.0931	0.4219	-33.6272	-15.3287	34.4161
14	0.6702	-0.1972	-0.1068	0.3615	-0.0478	0.0626	-0.3275	1.6575	-0.4183	-0.6221	0.1675	-0.4574	0.5698	-1.2456	-0.0489	0.3713	-0.1126	0.0874	0.7252	-0.1021	0.7146	-16.3739	-5.452	29.5639
15	0.454	0.0267	-0.5639	0.7411	0.0422	0.8271	-0.2344	0.163	0.5276	-0.4517	0.0256	0.6376	0.0356	-0.6562	-0.3229	0.1797	-0.0677	0.031	0.688	-0.1603	0.4828	-40.0401	-17.1407	42.0433
16	0.0911	-0.0132	-0.1884	0.1607	-0.0976	0.1785	0.1206	-0.0321	0.0329	-0.0466	0.0187	0.1847	0.3219	-0.2922	-0	0.2904	-0.0061	0.0095	0.5798	-0.0618	0.435	-32.9804	-19.074	38.513
17	3.2424	0.112	0.7851	1.4397	0.8285	0.7326	0.0785	-0.2382	-0.4775	-0.1073	0.1058	0.0017	0.4958	-0.0709	-0	0.3856	-0.0698	-0.0313	0.3216	0.0421	0.3809	-20.2303	-31.0901	25.9885
18	1.271	-1.1589	-0.4836	1.732	-0.2314	0.6446	0.1737	-0.5416	-0.4735	0.5138	0.0357	0.009	0.9616	0.1518	0.0114	0.4241	-0.0303	0.0087	0.6847	0.0125	0.3472	-26.0963	-26.3454	39.9319
19	0.5378	-0.4004	-0.0872	0.817	-0.0673	0.2301	-0.1674	-0.4679	0.0114	0.4961	0.1974	0.5867	0.6872	0.5607	0.0129	0.3882	-0.0143	0.0375	0.6121	-0.0152	0.4264	-35.4222	-26.9732	44.7929

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 192 through 204 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 205 through 220 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 221 through 249 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 250 through 271 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 272 through 282 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 283 through 302 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 303 through 341 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 342 through 359 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 360 through 372 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 192 through 204 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 205 through 220 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 221 through 249 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 250 through 272 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 273 through 280 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 281 through 294 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 295 through 302 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 303 through 341 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 342 through 359 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 360 through 372 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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