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万見
- PDB-5g02: Crystal Structure of zebrafish Protein Arginine Methyltransferase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5g02
タイトルCrystal Structure of zebrafish Protein Arginine Methyltransferase 2 with SFG
要素PROTEIN ARGININE METHYLTRANSFERASE 2
キーワードTRANSFERASE / S-ADENOSYL-L-METHIONINE / S-ADENOSYL-L- HOMOCYSTEINE
機能・相同性
機能・相同性情報


S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / protein-arginine N-methyltransferase activity / histone methyltransferase activity / methylation / chromatin remodeling / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Hnrnp arginine n-methyltransferase1 / Hnrnp arginine n-methyltransferase1 / : / Arginine methyltransferase oligomerization subdomain / Methyltransferase domain 25 / Methyltransferase domain / Protein arginine N-methyltransferase / SAM-dependent methyltransferase PRMT-type domain profile. / SH3 domain / Vaccinia Virus protein VP39 ...Hnrnp arginine n-methyltransferase1 / Hnrnp arginine n-methyltransferase1 / : / Arginine methyltransferase oligomerization subdomain / Methyltransferase domain 25 / Methyltransferase domain / Protein arginine N-methyltransferase / SAM-dependent methyltransferase PRMT-type domain profile. / SH3 domain / Vaccinia Virus protein VP39 / Distorted Sandwich / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / SINEFUNGIN / Protein arginine methyltransferase 2
類似検索 - 構成要素
生物種DANIO RERIO (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.451 Å
データ登録者Cura, V. / Troffer-Charlier, N. / Marechal, N. / Bonnefond, L. / Cavarelli, J.
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2017
タイトル: Structural studies of protein arginine methyltransferase 2 reveal its interactions with potential substrates and inhibitors.
著者: Cura, V. / Marechal, N. / Troffer-Charlier, N. / Strub, J.M. / van Haren, M.J. / Martin, N.I. / Cianferani, S. / Bonnefond, L. / Cavarelli, J.
履歴
登録2016年3月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月30日Group: Database references
改定 1.22016年12月7日Group: Database references
改定 1.32017年3月1日Group: Database references
改定 1.42019年4月24日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line
改定 1.52024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN ARGININE METHYLTRANSFERASE 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8287
ポリマ－38,9251
非ポリマー9036
水28816
1
A: PROTEIN ARGININE METHYLTRANSFERASE 2
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)238,97042
ポリマ－233,5526
非ポリマー5,41836
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation6_556-x,-x+y,-z+11
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation5_556x-y,-y,-z+11
Buried area25260 Å2
ΔGint-23.6 kcal/mol
Surface area74340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)147.994, 147.994, 127.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1411-

LI

21A-2001-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 PROTEIN ARGININE METHYLTRANSFERASE 2 / PROTEIN ARGININE N-METHYLTRANSFERASE 2


分子量: 38925.328 Da / 分子数: 1 / 断片: METHYLATION MODULE, UNP RESIDUES 68-408 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DANIO RERIO (ゼブラフィッシュ)
解説: BIOSCIENCE IRAK293-C16 / プラスミド: PDEST20 / 細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A1L1Q4, EC: 2.1.1.125

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非ポリマー , 5種, 22分子

#2: 化合物 ChemComp-SFG / SINEFUNGIN / ADENOSYL-ORNITHINE / シネフンギン


分子量: 381.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N7O5
#3: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-LI / LITHIUM ION / リチウムカチオン


分子量: 6.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Li
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細CRYSTALLIZED PRMT2 SEQUENCE STARTS AT T68.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.5 % / 解説: STARTING MODEL GENERATED BY BALBES
結晶化pH: 6 / 詳細: 10% PEG20000, 100MM LICL,100MM MES PH6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→45.3 Å / Num. obs: 19847 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 58.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2.45→2.55 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 1.2 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NONE

解像度: 2.451→45.293 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2305 1025 5.2 %
Rwork0.1902 --
obs0.1921 19829 99.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.5 Å2 / ksol: 0.31 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.451→45.293 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2701 0 60 16 2777
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072828
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9363838
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9691652
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051424
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004480
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4507-2.57990.36841500.30642645X-RAY DIFFRACTION99
2.5799-2.74150.30491560.2732636X-RAY DIFFRACTION100
2.7415-2.95310.30491490.27432660X-RAY DIFFRACTION100
2.9531-3.25020.30881610.26392658X-RAY DIFFRACTION100
3.2502-3.72030.23931470.21612680X-RAY DIFFRACTION100
3.7203-4.68650.19571400.15632713X-RAY DIFFRACTION100
4.6865-45.30030.18221220.15022812X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.581-0.6020.61671.4847-0.52864.92340.0156-0.0756-0.0502-0.0037-0.1398-0.1798-1.01880.25730.0260.7898-0.0793-0.05880.3535-0.01420.51274.386524.049248.0946
22.3664-0.18590.12451.4608-0.18433.940.1040.24660.042-0.2366-0.06270.2817-0.9649-0.23-0.01890.77330.0045-0.05290.3314-0.01020.5112-1.219123.722637.185
30.98940.0181.23950.3546-0.1294.6535-0.130.15590.16570.1248-0.1343-0.2727-0.91171.40090.07870.6753-0.40040.02220.9977-0.02190.625229.186417.888862.5828
42.3214-0.3411.10121.52630.3693.1889-0.00580.28510.3918-0.2251-0.1605-0.2586-1.24291.29950.1130.8393-0.46610.07710.90680.04460.560922.891723.54740.7949
52.547-0.46710.60491.2915-0.12993.4029-0.10770.25460.4084-0.21030.2146-0.6025-0.59292.05170.01340.622-0.28760.05881.2643-0.02540.618332.954715.421748.7409
63.13410.3431.14882.46080.12443.8092-0.0512-0.182-0.3215-0.1251-0.0357-0.4237-0.0561.4468-0.09780.4362-0.09490.03480.8277-0.00640.543426.34337.943948.1685
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 72 THROUGH 109 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 110 THROUGH 221 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 222 THROUGH 273 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 274 THROUGH 350 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'A' AND (RESID 351 THROUGH 375 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'A' AND (RESID 376 THROUGH 408 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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