PDB-5cfo: Crystal structure of anemone STING (Nematostella vectensis) in ap...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5cfo

タイトル

Crystal structure of anemone STING (Nematostella vectensis) in apo 'rotated' open conformation

要素

Stimulator of Interferon Genes

キーワード

IMMUNE SYSTEM / STING / cyclic-dinucleotide binding domain

機能・相同性

機能・相同性情報

2',3'-cyclic GMP-AMP binding / cyclic-di-GMP binding / reticulophagy / positive regulation of macroautophagy / autophagosome assembly / positive regulation of type I interferon production / activation of innate immune response / autophagosome / innate immune response / endoplasmic reticulum membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Nematostella vectensis (イソギンチャク)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.102 Å

データ登録者

Kranzusch, P.J. / Wilson, S.C. / Lee, A.S.Y. / Berger, J.M. / Doudna, J.A. / Vance, R.E.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2015
タイトル: Ancient Origin of cGAS-STING Reveals Mechanism of Universal 2',3' cGAMP Signaling.
著者: Kranzusch, P.J. / Wilson, S.C. / Lee, A.S. / Berger, J.M. / Doudna, J.A. / Vance, R.E.

履歴

登録	2015年7月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年8月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年9月9日	Group: Database references
改定 1.2	2015年9月30日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2019年11月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5cfo.cif.gz	169.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5cfo.ent.gz	134.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5cfo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/5cfo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/5cfo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5cflC 5cfmC 5cfnC 5cfpC 5cfqC 5cfrC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6cca-d 6p3q-1 5cfn-d 4npr-3 6p3q-2 4egv-3 7m1a-d 4kbx-d 6yjk-d 4etz-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Stimulator of Interferon Genes

B: Stimulator of Interferon Genes

47 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.296, 82.296, 100.346
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

#1: タンパク質	Stimulator of Interferon Genes / Predicted protein 分子量: 23485.658 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 178-377 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Nematostella vectensis (イソギンチャク) 遺伝子: v1g246111 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7SLZ2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.55 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.8 M ammonium citrate pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→41.15 Å / Num. obs: 43684 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 11.3 % / R_merge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 9.4
反射シェル	解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 8.1 % / R_merge(I) obs: 0.882 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 81.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.102→41.148 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 23.31 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2018	1984	4.57 %	Random selection
R_work	0.1722	-	-	-
obs	0.1735	43378	97.95 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.102→41.148 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3006	0	0	209	3215

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	3078
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.322	4148
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.984	1178
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	434
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	534

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.102-2.1541	0.3141	102	0.3006	2175	X-RAY DIFFRACTION	72
2.1541-2.2123	0.2818	138	0.2579	3029	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2123-2.2774	0.2615	150	0.2332	3037	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2774-2.3509	0.2303	146	0.2243	3021	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3509-2.4349	0.2285	138	0.2049	2981	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4349-2.5324	0.2441	147	0.211	3020	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5324-2.6476	0.26	144	0.2147	3056	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6476-2.7872	0.2437	135	0.216	2980	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7872-2.9617	0.2561	150	0.2142	3051	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9617-3.1903	0.2626	140	0.2035	2996	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1903-3.5112	0.1882	156	0.1752	3006	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5112-4.019	0.1677	142	0.1481	3011	X-RAY DIFFRACTION	100
4.019-5.062	0.1448	150	0.1209	3005	X-RAY DIFFRACTION	100
5.062-41.1559	0.1851	146	0.1421	3026	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2584	-0.2079	0.0782	1.1669	0.395	0.1927	0.245	-0.0408	0.0067	0.2034	-0.2802	0.4451	0.4855	-0.2863	0.0009	0.4416	-0.0573	0.0163	0.3811	-0.0103	0.4163	-15.4025	-23.1905	-21.1977
2	0.5605	0.2173	-0.1141	0.428	-0.1918	0.0634	0.2685	-0.4957	-0.5872	0.1177	0.0747	-0.452	0.4267	-0.102	0.0008	0.5722	-0.0449	-0.0859	0.3713	-0.0078	0.4591	0.9746	-22.6056	-9.6696
3	0.4328	0.1831	0.1129	0.3974	-0.0764	0.0792	0.1401	0.1146	-0.0576	0.3294	-0.0939	-0.309	0.2154	-0.076	0.0001	0.5118	-0.0701	-0.0941	0.3449	-0.0118	0.5473	7.5577	-11.5577	-3.5425
4	0.537	0.0622	-0.0005	0.0756	0.2754	0.6069	0.2451	0.2925	0.3082	0.0857	-0.1578	0.2413	-0.3093	0.2359	-0.0002	0.5432	0.0115	-0.0261	0.4343	0.0613	0.4219	-5.4075	-7.8931	-21.5353
5	3.0915	0.9919	-0.3084	0.4317	0.2258	1.0406	-0.1285	0.3711	0.1058	-0.6715	0.3505	-0.6116	-0.1549	0.0626	0.0078	0.6012	-0.1087	-0.0492	0.4465	0.0049	0.5484	3.8894	-8.8146	-16.5628
6	0.0888	-0.2084	0.0476	0.4491	0.2065	0.2473	0.1429	0.2061	-0.5153	-0.1978	-0.0093	-0.0205	0.3572	0.174	-0.0002	0.7164	-0.038	-0.0347	0.3937	-0.156	0.7316	3.1149	-28.0811	-20.8124
7	0.2888	0.0719	0.3781	0.0755	0.076	0.3506	-0.3017	0.1624	0.3113	-0.2564	-0.0142	-0.0792	-0.5112	-0.0262	-0.0018	0.5148	-0.0547	-0.0837	0.2701	-0.0174	0.4902	2.8939	-4.4588	-9.7896
8	1.8904	0.8197	0.5946	2.1493	-1.4119	1.5233	0.1458	-0.0275	0.1949	0.0912	-0.0275	0.4199	-0.1232	-0.4158	-0	0.4303	0.0569	0.055	0.3647	0.0064	0.4021	-16.896	-14.1755	-25.2242
9	1.826	0.5061	0.6524	0.4966	0.5846	0.6577	-0.0314	-0.4677	0.3077	0.463	0.1273	0.1605	-0.2446	-0.6003	0.0008	0.5826	-0.0304	0.0426	0.46	-0.0315	0.406	-9.944	-11.4946	-11.2125
10	0.5021	0.3492	0.3251	0.4831	0.3966	0.3156	-0.2017	-0.5939	0.554	0.4842	0.0212	-0.4138	-0.3154	-0.6487	0.0007	0.6198	0.0085	-0.0148	0.5036	-0.1045	0.5106	-5.4531	-3.4016	-5.7622
11	0.2425	0.294	0.0266	1.1855	0.6158	0.3323	0.211	0.117	0.3137	-0.3514	-0.2454	0.4275	-0.5182	-0.3575	0.0001	0.4403	0.0644	-0.0236	0.3773	-0.0244	0.3969	-15.3005	-24.3018	-30.7842
12	1.2094	0.0315	-0.82	0.866	-0.2958	0.4334	0.2413	0.1248	0.0504	-0.3012	-0.1067	-0.3865	-0.342	-0.041	0.0001	0.4889	0.0593	0.065	0.2932	-0.0137	0.4273	3.955	-29.9156	-45.1367
13	0.3643	0.09	0.3584	0.0223	0.1757	0.5122	0.2081	-0.3354	-0.1983	-0.1974	-0.1185	0.2769	0.3102	0.2131	-0.0001	0.4972	-0.0042	0.0395	0.4365	0.0676	0.3665	-5.4034	-39.6287	-30.485
14	2.38	-0.9659	0.0741	0.5141	0.0037	1.0156	-0.1174	-0.3947	-0.0685	0.6871	0.4065	-0.4286	0.1016	0.0595	0.0095	0.5463	0.0982	0.025	0.4383	0.0334	0.5143	3.8879	-38.7125	-35.4279
15	0.1897	0.2774	0.0548	0.2685	0.1637	0.2181	0.155	-0.2311	0.6631	0.3378	-0.2528	-0.1017	-0.1328	0.1677	-0.0083	0.6309	0.0176	0.0393	0.3892	-0.1439	0.7098	3.1139	-19.4661	-31.1486
16	0.3673	0.0321	-0.4993	0.1051	0.0166	0.4598	-0.289	-0.1368	-0.2155	0.2918	0.0245	-0.0847	0.5435	-0.081	-0.0001	0.5385	0.0487	0.0962	0.2952	-0.0189	0.4925	2.8967	-43.0582	-42.2113
17	1.719	-0.9388	-0.2545	2.021	-1.348	1.4005	0.2198	0.0215	-0.1721	-0.0978	-0.0488	0.4636	0.2263	-0.2597	0.0001	0.4089	-0.0577	-0.05	0.3647	0.0076	0.3914	-16.9016	-33.3373	-26.7833
18	1.9224	-0.437	-0.3812	0.5894	0.6654	0.7527	-0.054	0.6148	-0.3812	-0.6267	0.1867	0.005	0.3061	-0.736	0.0044	0.5812	0.0098	-0.0536	0.4587	-0.0394	0.4069	-9.8723	-36.0949	-40.8745
19	0.641	-0.4646	-0.5121	0.3385	0.3525	0.3898	-0.1928	0.726	-0.7336	-0.6229	0.1115	-0.2154	0.3953	-0.7224	-0.0002	0.6214	-0.0135	0.026	0.5342	-0.1297	0.5432	-5.445	-44.0975	-46.2517

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 192 through 204 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 205 through 220 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 221 through 233 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 234 through 249 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 250 through 271 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 272 through 282 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 283 through 302 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 303 through 341 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 342 through 359 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 360 through 373 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 192 through 204 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 205 through 233 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 234 through 249 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 250 through 271 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 272 through 282 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 283 through 302 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 303 through 341 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 342 through 359 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 360 through 373 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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