PDB-5ce7: Structure of a non-canonical CID of Ctk3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ce7

タイトル

Structure of a non-canonical CID of Ctk3

要素

CTD kinase subunit gamma

キーワード

TRANSCRIPTION / Lsg1 / CTD kinase subunit gamma / right-handed superhelix

機能・相同性

機能・相同性情報

CTDK-1 complex / : / signaling / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / mRNA processing / calcium ion binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Muehlbacher, W. / Mayer, A. / Sun, M. / Remmert, M. / Cheung, A.C. / Niesser, J. / Soeding, J. / Cramer, P.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2015
タイトル: Structure of Ctk3, a subunit of the RNA polymerase II CTD kinase complex, reveals a noncanonical CTD-interacting domain fold.
著者: Muhlbacher, W. / Mayer, A. / Sun, M. / Remmert, M. / Cheung, A.C. / Niesser, J. / Soeding, J. / Cramer, P.

履歴

登録	2015年7月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年8月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年8月19日	Group: Database references
改定 1.2	2015年9月16日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ce7.cif.gz	66.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ce7.ent.gz	52.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ce7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ce/5ce7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ce/5ce7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3wsr-2 3osj-1 5oer-d 4l1u-5 6bs9-1 1pw6-1 1h87-d 1khy-4 1r62-d 1ttw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#115 - 2009年7月 β-セクレターゼ (beta-Secretase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CTD kinase subunit gamma

ヘテロ分子

16.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.310, 51.310, 119.050
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	CTD kinase subunit gamma / CTDK-I gamma subunit / CTD kinase subunit 3 分子量: 15985.353 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) 遺伝子: ctk3, SPCC4B3.08 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9USJ8
#2: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.81 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4 / 詳細: PEG 6000, citric acid, lithium chloride

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06SA / 波長: 0.97964, 0.98012 ,0.97197

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年6月29日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97964	1
2	0.98012	1
3	0.97197	1

Reflection

数: 157934 / R_merge(I) obs: 0.077 / Χ²: 0.99 / D res high: 2 Å / Num. obs: 20524 / % possible obs: 100

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Num. obs	ID	R_merge(I) obs
8.95	47.12	233	1	0.022
6.33	8.95	422	1	0.027
5.16	6.33	528	1	0.033
4.47	5.16	651	1	0.03
4	4.47	737	1	0.028
3.65	4	804	1	0.034
3.38	3.65	874	1	0.041
3.16	3.38	944	1	0.054
2.98	3.16	1014	1	0.071
2.83	2.98	1052	1	0.081
2.7	2.83	1101	1	0.105
2.58	2.7	1155	1	0.114
2.48	2.58	1248	1	0.136
2.39	2.48	1269	1	0.169
2.31	2.39	1312	1	0.186
2.24	2.31	1325	1	0.23
2.17	2.24	1417	1	0.274
2.11	2.17	1449	1	0.334
2.05	2.11	1433	1	0.377
2	2.05	1556	1	0.456

反射

解像度: 2→47.12 Å / Num. obs: 20524 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.7 % / R_merge F obs: 0.082 / R_merge(I) obs: 0.077 / R_rim(I) all: 0.083 / Χ²: 0.991 / Net I/σ(I): 20.89 / Num. measured all: 157934

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
2-2.05		0.328	0.456	4.93	12233	1557	1556	0.488	99.9
2.05-2.11		0.276	0.377	5.89	11238	1433	1433	0.403	100
2.11-2.17		0.247	0.334	6.61	11177	1450	1449	0.358	99.9
2.17-2.24		0.212	0.274	7.7	10459	1417	1417	0.295	100
2.24-2.31		0.158	0.23	9.23	9949	1326	1325	0.247	99.9
2.31-2.39		0.124	0.186	11.65	10440	1312	1312	0.199	100
2.39-2.48		0.117	0.169	12.23	10067	1269	1269	0.181	100
2.48-2.58		0.089	0.136	14.79	9666	1248	1248	0.146	100
2.58-2.7		0.08	0.114	16.63	8618	1155	1155	0.123	100
2.7-2.83		0.071	0.105	18.17	8182	1102	1101	0.113	99.9
2.83-2.98		0.053	0.081	22.94	8420	1052	1052	0.087	100
2.98-3.16		0.046	0.071	25.99	8052	1014	1014	0.076	100
3.16-3.38		0.036	0.054	32.01	7328	944	944	0.057	100
3.38-3.65		0.027	0.041	38.27	6347	874	874	0.044	100
3.65-4		0.02	0.034	48.31	6302	804	804	0.037	100
4-4.47		0.016	0.028	54.16	5737	737	737	0.03	100
4.47-5.16		0.016	0.03	52.26	4739	651	651	0.032	100
5.16-6.33		0.02	0.033	48.77	4000	528	528	0.036	100
6.33-8.95		0.017	0.027	52.82	3245	422	422	0.029	100
	8.95	0.011	0.022	70.43	1735	233	233	0.023	100

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing dm

FOM : 0.73 / FOM acentric: 0.73 / FOM centric: 0.72 / 反射: 5863 / Reflection acentric: 4453 / Reflection centric: 1410

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
7.1-47.12	0.9	0.95	0.87	279	119	160
4.5-7.1	0.88	0.9	0.85	799	533	266
3.6-4.5	0.87	0.89	0.81	976	725	251
3.1-3.6	0.8	0.82	0.76	995	780	215
2.7-3.1	0.64	0.65	0.58	1739	1407	332
2.5-2.7	0.51	0.52	0.47	1075	889	186

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XSCALE		データスケーリング
SOLVE		位相決定
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2→47.12 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.58 / 位相誤差: 20.39 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.241	983	4.79 %	Random selection
R_work	0.1894	-	-	-
obs	0.1917	20524	99.99 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→47.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1097	0	30	67	1194

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	1145
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.047	1544
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.952	439
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	168
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	197

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0002-2.1056	0.2627	154	0.1916	2757	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1056-2.2376	0.2489	130	0.1851	2842	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2376-2.4103	0.2405	145	0.1737	2754	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4103-2.6528	0.2102	164	0.1712	2777	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6528-3.0367	0.2438	140	0.1774	2812	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0367-3.8256	0.2642	129	0.2012	2790	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8256-47.1329	0.2286	121	0.2001	2809	X-RAY DIFFRACTION	100

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