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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5cd4 | |||||||||
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タイトル | The Type IE CRISPR Cascade complex from E. coli, with two assemblies in the asymmetric unit arranged back-to-back | |||||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/RNA / CRISPR / Cascade / RNA Surveillance / Adaptive Immunity / HYDROLASE-RNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 CRISPR-cas system / DNA/RNA hybrid binding / maintenance of CRISPR repeat elements / RNA processing / RNA endonuclease activity / defense response to virus / nucleic acid binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / protein-containing complex / DNA binding ...CRISPR-cas system / DNA/RNA hybrid binding / maintenance of CRISPR repeat elements / RNA processing / RNA endonuclease activity / defense response to virus / nucleic acid binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / protein-containing complex / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Jackson, R.N. / Golden, S.M. / Carter, J. / Wiedenheft, B. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015 タイトル: Mechanism of CRISPR-RNA guided recognition of DNA targets in Escherichia coli. 著者: van Erp, P.B. / Jackson, R.N. / Carter, J. / Golden, S.M. / Bailey, S. / Wiedenheft, B. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5cd4.cif.gz | 2.6 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5cd4.ent.gz | 2.2 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5cd4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/5cd4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/5cd4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1vy8 S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-CRISPR system Cascade subunit ... , 5種, 22分子 AMBCDEFGNOPQRSHTIUJKVW
#1: タンパク質 | 分子量: 22324.002 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: casE, cas6e, ygcH, b2756, JW2726 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q46897, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 #2: タンパク質 | 分子量: 40071.402 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: casC, cas4, cse4, ygcJ, b2758, JW2728 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q46899 #3: タンパク質 | 分子量: 25239.803 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: casD, cas5, ygcI, b2757, JW5844 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q46898 #4: タンパク質 | 分子量: 55964.957 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: casA, cse1, ygcL, b2760, JW2730 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q46901 #5: タンパク質 | 分子量: 19231.049 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: casB, cse2, ygcK, b2759, JW2729 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P76632 |
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-RNA鎖 / 非ポリマー , 2種, 4分子 LX
#6: RNA鎖 | 分子量: 19677.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #7: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.27 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.0, 0-0.1 M KCl, and 8-14 percent (w/v) PEG 8000. The crystal used in this study grew in the presence of an 11-nt ssDNA containing a 5-CTT-3 PAM and nine nucleotides ...詳細: 0.1 M HEPES pH 7.0, 0-0.1 M KCl, and 8-14 percent (w/v) PEG 8000. The crystal used in this study grew in the presence of an 11-nt ssDNA containing a 5-CTT-3 PAM and nine nucleotides complementary to the crRNA-guide sequence in a 2:1 oligonucleotide:protein ratio. However, the target DNA is not observed in the electron PH範囲: 6.5-7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年3月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→49.74 Å / Num. obs: 183649 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.3 % / Net I/σ(I): 8 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.25 Å / 冗長度: 6.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1VY8 1vy8 解像度: 3.2→49.735 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.47 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→49.735 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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