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Yorodumi- PDB-5h9f: Crystal structure of E. coli Cascade bound to a PAM-containing ds... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5h9f | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of E. coli Cascade bound to a PAM-containing dsDNA target at 2.45 angstrom resolution. | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | Immune System/RNA / CRISPR Cascade / Immune System-RNA Complex | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationCRISPR-cas system / DNA/RNA hybrid binding / maintenance of CRISPR repeat elements / RNA processing / RNA endonuclease activity / defense response to virus / nucleic acid binding / Hydrolases; Acting on ester bonds / protein-containing complex / DNA binding ...CRISPR-cas system / DNA/RNA hybrid binding / maintenance of CRISPR repeat elements / RNA processing / RNA endonuclease activity / defense response to virus / nucleic acid binding / Hydrolases; Acting on ester bonds / protein-containing complex / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.45 Å | ||||||
Authors | Hayes, R.P. / Xiao, Y. / Ding, F. / van Erp, P.B.G. / Rajashankar, K. / Bailey, S. / Wiedenheft, B. / Ke, A. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2016Title: Structural basis for promiscuous PAM recognition in type I-E Cascade from E. coli. Authors: Hayes, R.P. / Xiao, Y. / Ding, F. / van Erp, P.B. / Rajashankar, K. / Bailey, S. / Wiedenheft, B. / Ke, A. | ||||||
| History |
|
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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| PDBx/mmCIF format | 5h9f.cif.gz | 1.4 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5h9f.ent.gz | 1.1 MB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5h9f.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5h9f_validation.pdf.gz | 564 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5h9f_full_validation.pdf.gz | 611 KB | Display | |
| Data in XML | 5h9f_validation.xml.gz | 123.2 KB | Display | |
| Data in CIF | 5h9f_validation.cif.gz | 178.5 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h9/5h9f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h9/5h9f | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 5h9eC ![]() 4qyzS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
|---|---|
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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| Unit cell |
|
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Components
-CRISPR system Cascade subunit ... , 5 types, 11 molecules ABCDEFGHIJK
| #1: Protein | Mass: 55964.957 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: K12 / Gene: casA, cse1, ygcL, b2760, JW2730 / Production host: ![]() | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| #2: Protein | Mass: 19231.049 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: K12 / Gene: casB, cse2, ygcK, b2759, JW2729 / Production host: ![]() #3: Protein | Mass: 40071.402 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: K12 / Gene: casC, cas4, cse4, ygcJ, b2758, JW2728 / Production host: ![]() #4: Protein | | Mass: 25239.803 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: K12 / Gene: casD, cas5, ygcI, b2757, JW5844 / Production host: ![]() #8: Protein | | Mass: 22324.002 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: K12 / Gene: casE, cas6e, ygcH, b2756, JW2726 / Production host: ![]() References: UniProt: Q46897, Hydrolases; Acting on ester bonds |
-RNA chain , 1 types, 1 molecules L
| #5: RNA chain | Mass: 19677.646 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
|---|
-DNA chain , 2 types, 2 molecules MN
| #6: DNA chain | Mass: 8598.531 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() |
|---|---|
| #7: DNA chain | Mass: 15389.893 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() |
-Non-polymers , 2 types, 1051 molecules 


| #9: Chemical | ChemComp-ZN / |
|---|---|
| #10: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.29 Å3/Da / Density % sol: 62.58 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291.95 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.2 / Details: 1.6 M Na/K Phosphate |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.979 Å |
| Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 25, 2015 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.45→50 Å / Num. obs: 205485 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 12.1 % / Rmerge(I) obs: 0.169 / Net I/σ(I): 12.9 |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 4QYZ Resolution: 2.45→49.87 Å / SU ML: 0.3 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 24.67 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.45→49.87 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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