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Yorodumi- PDB-5h9e: Crystal structure of E. coli Cascade bound to a PAM-containing ds... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5h9e | ||||||
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Title | Crystal structure of E. coli Cascade bound to a PAM-containing dsDNA target (32-nt spacer) at 3.20 angstrom resolution. | ||||||
Components |
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Keywords | Immune System/RNA / CRISPR Cascade / Immune System-RNA Complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information CRISPR-cas system / DNA/RNA hybrid binding / maintenance of CRISPR repeat elements / RNA processing / RNA endonuclease activity / defense response to virus / Hydrolases; Acting on ester bonds / nucleic acid binding / protein-containing complex / DNA binding ...CRISPR-cas system / DNA/RNA hybrid binding / maintenance of CRISPR repeat elements / RNA processing / RNA endonuclease activity / defense response to virus / Hydrolases; Acting on ester bonds / nucleic acid binding / protein-containing complex / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.21 Å | ||||||
Authors | Hayes, R.P. / Xiao, Y. / Ding, F. / van Erp, P.B.G. / Rajashankar, K. / Bailey, S. / Wiedenheft, B. / Ke, A. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2016 Title: Structural basis for promiscuous PAM recognition in type I-E Cascade from E. coli. Authors: Hayes, R.P. / Xiao, Y. / Ding, F. / van Erp, P.B. / Rajashankar, K. / Bailey, S. / Wiedenheft, B. / Ke, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5h9e.cif.gz | 1.4 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5h9e.ent.gz | 1.1 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5h9e.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h9/5h9e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h9/5h9e | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5h9fSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-CRISPR system Cascade subunit ... , 5 types, 11 molecules ABCDEFGHIJK
#1: Protein | Mass: 55964.957 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (strain K12) (bacteria) Strain: K12 / Gene: casA, cse1, ygcL, b2760, JW2730 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q46901 | ||||||
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#2: Protein | Mass: 21207.279 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (strain K12) (bacteria) Strain: K12 / Gene: casB, cse2, ygcK, b2759, JW2729 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P76632 #3: Protein | Mass: 40071.402 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (strain K12) (bacteria) Strain: K12 / Gene: casC, cas4, cse4, ygcJ, b2758, JW2728 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q46899 #4: Protein | | Mass: 25239.803 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (strain K12) (bacteria) Strain: K12 / Gene: casD, cas5, ygcI, b2757, JW5844 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q46898 #8: Protein | | Mass: 22324.002 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (strain K12) (bacteria) Strain: K12 / Gene: casE, cas6e, ygcH, b2756, JW2726 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q46897, Hydrolases; Acting on ester bonds |
-DNA (47-MER) ... , 2 types, 2 molecules MN
#6: DNA chain | Mass: 14447.288 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Escherichia coli (E. coli) |
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#7: DNA chain | Mass: 14434.274 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Escherichia coli (E. coli) |
-RNA chain / Non-polymers , 2 types, 2 molecules L
#5: RNA chain | Mass: 19677.646 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Production host: Escherichia coli (E. coli) |
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#9: Chemical | ChemComp-ZN / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.27 Å3/Da / Density % sol: 62.35 % |
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Crystal grow | Temperature: 291.95 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.2 / Details: 1.6 M Na/K Phosphate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.979 Å |
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 25, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.2→50.085 Å / Num. obs: 90280 / % possible obs: 96.8 % / Redundancy: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.265 / Net I/σ(I): 5.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5H9F Resolution: 3.21→50.085 Å / SU ML: 0.36 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 23.38 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.21→50.085 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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