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Yorodumi- PDB-4tvx: Crystal structure of the E. coli CRISPR RNA-guided surveillance c... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 4tvx | |||||||||||||||
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| Title | Crystal structure of the E. coli CRISPR RNA-guided surveillance complex, Cascade | |||||||||||||||
Components |
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Keywords | Hydrolase/RNA / CRISPR / RNA / Surveillance / Complex / Hydrolase-RNA complex | |||||||||||||||
| Function / homology | Function and homology informationCRISPR-cas system / DNA/RNA hybrid binding / maintenance of CRISPR repeat elements / RNA processing / RNA endonuclease activity / defense response to virus / nucleic acid binding / Hydrolases; Acting on ester bonds / protein-containing complex / DNA binding ...CRISPR-cas system / DNA/RNA hybrid binding / maintenance of CRISPR repeat elements / RNA processing / RNA endonuclease activity / defense response to virus / nucleic acid binding / Hydrolases; Acting on ester bonds / protein-containing complex / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding Similarity search - Function | |||||||||||||||
| Biological species | ![]() | |||||||||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 3.24 Å | |||||||||||||||
Authors | Jackson, R.N. / Golden, S.M. / Carter, J. / Wiedenheft, B. | |||||||||||||||
| Funding support | United States, 4items
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Citation | Journal: Science / Year: 2014Title: Structural biology. Crystal structure of the CRISPR RNA-guided surveillance complex from Escherichia coli. Authors: Jackson, R.N. / Golden, S.M. / van Erp, P.B. / Carter, J. / Westra, E.R. / Brouns, S.J. / van der Oost, J. / Terwilliger, T.C. / Read, R.J. / Wiedenheft, B. | |||||||||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 4tvx.cif.gz | 3.7 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb4tvx.ent.gz | Display | PDB format | |
| PDBx/mmJSON format | 4tvx.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 4tvx_validation.pdf.gz | 663.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 4tvx_full_validation.pdf.gz | 785.7 KB | Display | |
| Data in XML | 4tvx_validation.xml.gz | 228.4 KB | Display | |
| Data in CIF | 4tvx_validation.cif.gz | 317.5 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/4tvx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/4tvx | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-CRISPR system Cascade subunit ... , 5 types, 22 molecules WVKJFDECBGRPQONSAMHTUI
| #1: Protein | Mass: 19231.049 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 40071.402 Da / Num. of mol.: 12 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #3: Protein | Mass: 22324.002 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() References: UniProt: Q46897, Hydrolases; Acting on ester bonds #4: Protein | Mass: 25239.803 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #6: Protein | Mass: 55964.957 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
|---|
-RNA chain / Non-polymers , 2 types, 4 molecules LX

| #5: RNA chain | Mass: 19677.646 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #7: Chemical | |
|---|
-Details
| Has protein modification | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.9 Å3/Da / Density % sol: 60 % / Description: P212121 |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: PEG 8000, sodium chloride, sodium thiocyanate, HEPES PH range: 6.5-8.0 / Temp details: growth occurs at 277-297 K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL12-2 / Wavelength: 1 Å |
| Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 4, 2013 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 3.24→39.614 Å / Num. all: 297628 / Num. obs: 148870 / % possible obs: 98.89 % / Redundancy: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.149 / Net I/σ(I): 8.5 |
| Reflection shell | Resolution: 3.24→3.356 Å / Redundancy: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.99 / Mean I/σ(I) obs: 2.38 / % possible all: 99.9 |
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Processing
| Software | Name: PHENIX / Version: (phenix.refine: dev_1760) / Classification: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Refinement | Resolution: 3.24→39.614 Å / SU ML: 0.39 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 27.62 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.24→39.614 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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About Yorodumi




X-RAY DIFFRACTION
United States, 4items
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PDBj































