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- PDB-5cca: Crystal structure of Mtb toxin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cca
タイトルCrystal structure of Mtb toxin
要素Endoribonuclease MazF3
キーワードHYDROLASE / toxin-antitoxin / ribonuclease / persistence / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of growth / symbiont-mediated perturbation of host process / negative regulation of growth / rRNA catabolic process / mRNA catabolic process / RNA endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / negative regulation of translation / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
SH3 type barrels. - #110 / mRNA interferase PemK-like / PemK-like, MazF-like toxin of type II toxin-antitoxin system / Plasmid maintenance toxin/Cell growth inhibitor / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Endoribonuclease MazF3 / Endoribonuclease MazF3
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Cascio, D. / Arbing, M. / de Serrano, V. / Eisenberg, D. / Miallau, L. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)99-S150606 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)PO1AIO68135 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Mtb toxin
著者: Cascio, D. / Arbing, M. / de Serrano, V. / Eisenberg, D. / Miallau, L. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
履歴
登録2015年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list ...pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_audit_support.grant_number
改定 1.32023年9月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endoribonuclease MazF3
B: Endoribonuclease MazF3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0332
ポリマ－27,0332
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area490 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area10690 Å2
手法PISA
2
A: Endoribonuclease MazF3
B: Endoribonuclease MazF3

A: Endoribonuclease MazF3
B: Endoribonuclease MazF3

A: Endoribonuclease MazF3
B: Endoribonuclease MazF3

A: Endoribonuclease MazF3
B: Endoribonuclease MazF3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,1318
ポリマ－108,1318
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation9_554-x,-x+y,-z-1/31
crystal symmetry operation12_564x,x-y+1,-z-1/31
Buried area8990 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area35720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.555, 105.555, 142.417
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 95 / Label seq-ID: 23 - 116

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Endoribonuclease MazF3 / Toxin MazF3 / mRNA interferase MazF3


分子量: 13516.365 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: mazF3, MT1134 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P9WIH8, UniProt: P9WIH9*PLUS, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M Bis Tris propane pH 7.0, 1.0 M ammonium, 5mM spermidine and 20% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→100 Å / Num. obs: 9692 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 83.4 Å2 / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 22.1
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.474 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
REFMAC5.8.0123精密化
HKL-2000データ削減
MR-Rosetta位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VUB

3vub


解像度: 3.2→91.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.885 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / SU B: 20.769 / SU ML: 0.349 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.589 / ESU R Free: 0.411 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30243 389 4.8 %RANDOM
Rwork0.29955 ---
obs0.29969 7775 99.23 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 83.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.39 Å21.2 Å20 Å2
2--2.39 Å20 Å2
3----7.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→91.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1370 0 0 0 1370
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0191373
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6451.981886
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0435184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.66424.08249
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.24315201
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6571511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2242
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0221025
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 182 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.17 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.283 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 31 -
Rwork0.36 549 -
obs--99.49 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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