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- PDB-3wt1: Crystal structure of the b'-a' domain of thermophilic fungal prot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wt1
タイトルCrystal structure of the b'-a' domain of thermophilic fungal protein disulfide isomerase (reduced form)
要素Protein disulfide-isomerase
キーワードISOMERASE / THIOREDOXIN FOLD / DISULFIDE BOND / ENDOPLASMIC RETICULUM / REDOX-ACTIVE CENTER / thioredoxin / oxidoreductase
機能・相同性
機能・相同性情報


protein disulfide-isomerase / protein disulfide isomerase activity / response to endoplasmic reticulum stress / protein folding / endoplasmic reticulum lumen
類似検索 - 分子機能
Protein disulphide isomerase / Thioredoxin-like domain / Disulphide isomerase / Endoplasmic reticulum targeting sequence. / Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin ...Protein disulphide isomerase / Thioredoxin-like domain / Disulphide isomerase / Endoplasmic reticulum targeting sequence. / Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein disulfide-isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Humicola insolens (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Inagaki, K. / Satoh, T. / Itoh, S.G. / Okumura, H. / Kato, K.
引用ジャーナル: Chem.Phys.Lett. / 年: 2015
タイトル: Redox-dependent conformational transition of catalytic domain of protein disulfide isomerase indicated by crystal structure-based molecular dynamics simulation
著者: Inagaki, K. / Satoh, T. / Itoh, S.G. / Okumura, H. / Kato, K.
履歴
登録2014年4月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月3日Group: Database references
改定 1.22014年12月31日Group: Database references
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein disulfide-isomerase
B: Protein disulfide-isomerase
C: Protein disulfide-isomerase
D: Protein disulfide-isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,4238
ポリマ－108,0554
非ポリマー3684
水4,720262
1
A: Protein disulfide-isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1062
ポリマ－27,0141
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Protein disulfide-isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1062
ポリマ－27,0141
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Protein disulfide-isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1062
ポリマ－27,0141
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Protein disulfide-isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1062
ポリマ－27,0141
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.77, 67.75, 70.25
Angle α, β, γ (deg.)105.92, 113.13, 96.59
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA208 - 4486 - 246
21BB208 - 4486 - 246
12AA208 - 4486 - 246
22CC208 - 4486 - 246
13AA208 - 4486 - 246
23DD208 - 4486 - 246
14BB208 - 4496 - 247
24CC208 - 4496 - 247
15BB208 - 4496 - 247
25DD208 - 4496 - 247
16CC208 - 4496 - 247
26DD208 - 4496 - 247

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Protein disulfide-isomerase / PDI


分子量: 27013.658 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 278-469 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Humicola insolens (菌類) / プラスミド: pGEX6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P55059, protein disulfide-isomerase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 36% PEG2000MME, 100mM sodium acetate pH 4.6, 200mM ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月3日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 88599 / Num. obs: 81751 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 68.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 26.2
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.378 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 3648 / % possible all: 81.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2KP1

2kp1


解像度: 1.85→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 6.001 / SU ML: 0.166 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.189 / ESU R Free: 0.171 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 4085 5 %RANDOM
Rwork0.238 ---
obs0.24 77551 92.09 %-
all-81751 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.453 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å2-3.18 Å2-1.43 Å2
2--4.08 Å20.26 Å2
3----1.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7522 0 24 262 7808
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.027741
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.027432
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6721.97610485
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.361317260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1055974
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.65725.824340
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.795151319
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.0051517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.21153
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0218716
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.021593
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A142990.1
12B142990.1
21A142920.11
22C142920.11
31A141630.11
32D141630.11
41B142180.11
42C142180.11
51B140440.12
52D140440.12
61C141320.12
62D141320.12
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.411 276 -
Rwork0.412 4984 -
obs--81.05 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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