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万見
- PDB-1bja: ACTIVATION DOMAIN OF THE PHAGE T4 TRANSCRIPTION FACTOR MOTA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bja
タイトルACTIVATION DOMAIN OF THE PHAGE T4 TRANSCRIPTION FACTOR MOTA
要素TRANSCRIPTION REGULATORY PROTEIN MOTA
キーワードACTIVATION DOMAIN / PHAGE T4 / MIDDLE MODE TRANSCRIPTION / ALPHA HELICAL STRUCTURE / TRANSCRIPTION REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


Bacteriophage T4, MotA, transcription regulator N-terminal / Transcription regulator MotA, C-terminal / Transcription regulator MotA, C-terminal domain superfamily / Transcription factor MotA, activation domain / Bacteriophage T4 MotA, C-terminal / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Middle transcription regulatory protein motA
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Finnin, M.S. / Cicero, M.P. / Davies, C. / Porter, S.J. / White, S.W. / Kreuzer, K.N.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 1997
タイトル: The activation domain of the MotA transcription factor from bacteriophage T4.
著者: Finnin, M.S. / Cicero, M.P. / Davies, C. / Porter, S.J. / White, S.W. / Kreuzer, K.N.
履歴
登録1998年6月23日処理サイト: BNL
改定 1.01998年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSCRIPTION REGULATORY PROTEIN MOTA
B: TRANSCRIPTION REGULATORY PROTEIN MOTA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3253
ポリマ－20,2292
非ポリマー961
水1,08160
1
A: TRANSCRIPTION REGULATORY PROTEIN MOTA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2112
ポリマ－10,1151
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: TRANSCRIPTION REGULATORY PROTEIN MOTA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1151
ポリマ－10,1151
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.700, 46.700, 139.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
33
44
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.9042, -0.381, 0.1928), (-0.3928, -0.9193, 0.0255), (0.1675, -0.0988, -0.9809)
ベクター: -12.7108, 50.6938, 245.6096)
詳細IT IS UNCERTAIN WHETHER THE DIMER IN THE CRYSTAL STRUCTURE HAS BIOLOGICAL SIGNIFICANCE. A POSSIBILITY IS THAT THE DIMERIC STRUCTURE IS ALSO FORMED WHEN THE INTACT MOTA PROTEIN BINDS TO ITS TARGET DNA SITE.

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要素

#1: タンパク質 TRANSCRIPTION REGULATORY PROTEIN MOTA


分子量: 10114.576 Da / 分子数: 2 / 断片: N-TERMINAL ACTIVATION DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 遺伝子: MOTA / プラスミド: PET3C / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 遺伝子 (発現宿主): MOTNF / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: P22915
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.37 %
結晶化pH: 8.5
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 60% SATURATED AMMONIUM SULPHATE, 100 MM BIS-TRIS PROPANE, PH 8.0 - 9.0, pH 8.5
PH範囲: 8.0-9.0
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Finnin, M.S., (1993) J. Mol. Biol., 232, 301. / PH range low: 9 / PH range high: 8
溶液の組成
*PLUS
濃度: 60 %sat / 一般名: ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年6月1日 / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→10 Å / Num. obs: 9394 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.19→2.3 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Rsym value: 0.101 / % possible all: 80
反射
*PLUS
Num. measured all: 66237 / Rmerge(I) obs: 0.0536

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.8モデル構築
X-PLOR3.8精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.8位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.19→6 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.291 333 10 %RANDOM
Rwork0.208 ---
obs0.208 8781 98.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 30 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.4 Å0.4 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.4 Å0.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1422 0 4 61 1487
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.71
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.6
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: 0
LS精密化 シェル解像度: 2.19→2.29 Å / Rfactor Rfree error: 0.04 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 55 12 %
Rwork0.25 500 -
obs--97.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARAM19X.PROTOPH19X.PRO
X-RAY DIFFRACTION2
X-RAY DIFFRACTION3
X-RAY DIFFRACTION4
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.6
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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