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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c8g
タイトルCrystal Structure Analysis of PP-BRD20 from Tb427tmp complexed with BI-2536
要素PP-BRD20
キーワードGENE REGULATION / Structural Genomics Consortium / SGC / Bromodomain / PP-BRD20 / Tb427tmp
機能・相同性
機能・相同性情報


Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-R78 / Bromo domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei gambiense (ガンビアトリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Jiang, D.Q. / Tempel, W. / Loppnau, P. / Graslund, S. / Hou, C.F.D. / El Bakkouri, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Hui, R. ...Jiang, D.Q. / Tempel, W. / Loppnau, P. / Graslund, S. / Hou, C.F.D. / El Bakkouri, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Hui, R. / Amain, M. / Lin, Y.H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure Analysis of PP-BRD20 from Tb427tmp
著者: Jiang, D.Q. / Tempel, W. / Loppnau, P. / Graslund, S. / Hou, C.F.D. / El Bakkouri, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Hui, R. / Amani, M. / Lin, Y.H.
履歴
登録2015年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PP-BRD20
B: PP-BRD20
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,78517
ポリマ－31,7422
非ポリマー1,04315
水2,288127
1
A: PP-BRD20
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,39213
ポリマ－15,8711
非ポリマー52212
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PP-BRD20
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3924
ポリマ－15,8711
非ポリマー5223
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.092, 53.092, 103.424
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 PP-BRD20 / Chromosome 11 / complete sequence


分子量: 15870.821 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 25-160 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei gambiense (strain MHOM/CI/86/DAL972) (トリパノソーマ)
株: MHOM/CI/86/DAL972 / 遺伝子: TbgDal_XI11310 / プラスミド: pET15-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D0A8L1
#2: 化合物 ChemComp-R78 / 4-{[(7R)-8-cyclopentyl-7-ethyl-5-methyl-6-oxo-5,6,7,8-tetrahydropteridin-2-yl]amino}-3-methoxy-N-(1-methylpiperidin-4-yl)benzamide / BI-2536


分子量: 521.654 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H39N7O3
#3: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 13 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97957 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97957 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 20890 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 22.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.118 / Χ2: 1.438 / Net I/av σ(I): 19.321 / Net I/σ(I): 6.8 / Num. measured all: 104944
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.95-1.984.90.6610290.8240.330.7390.75299.9
1.98-2.0250.56910400.8560.280.6350.762100
2.02-2.0650.50810310.880.2510.5670.877100
2.06-2.150.44910420.880.2220.5021.764100
2.1-2.1550.36210560.9360.1790.4050.789100
2.15-2.25.10.29810410.9580.1460.3330.83100
2.2-2.2550.33310280.7770.1640.3711.607100
2.25-2.315.10.25110500.9640.1240.280.845100
2.31-2.385.10.20210330.9720.0990.2250.931100
2.38-2.465.10.17210380.9840.0850.1920.887100
2.46-2.545.10.14910440.9860.0730.1670.845100
2.54-2.655.10.12510520.9890.0610.140.84499.9
2.65-2.7750.12310490.9170.0620.1381.096100
2.77-2.9150.110430.9930.0490.1121.026100
2.91-3.15.10.08910440.9920.0440.0991.344100
3.1-3.3350.08610390.9860.0430.0962.045100
3.33-3.6750.08310420.9860.0420.0933.635100
3.67-4.24.90.06810560.9860.0340.0764.156100
4.2-5.294.90.04510640.9980.0220.051.62100
5.29-504.90.04410690.9930.0220.052.18699.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4UYG

4uyg


解像度: 1.95→30.38 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2396 966 4.63 %
Rwork0.1926 19879 -
obs0.1948 20845 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 61.7 Å2 / Biso mean: 23.2579 Å2 / Biso min: 8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→30.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1868 0 88 127 2083
Biso mean--16.39 24.46 -
残基数----240
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091997
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.962720
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039289
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004341
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.831707
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.9504-2.05320.26571380.212428402978
2.0532-2.18180.27851320.21128072939
2.1818-2.35020.28641440.203928392983
2.3502-2.58660.28151320.211128502982
2.5866-2.96060.27371350.208128422977
2.9606-3.7290.24251460.187428242970
3.729-30.38370.18191390.1728773016

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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