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Yorodumi- PDB-3ogj: Crystal structure of partial apo (92-227) of cGMP-dependent prote... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3ogj | ||||||
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Title | Crystal structure of partial apo (92-227) of cGMP-dependent protein kinase | ||||||
Components | PRKG1 protein | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / serine/threonine kinase / TF2I and IRAG | ||||||
Function / homology | Function and homology information negative regulation of inositol phosphate biosynthetic process / negative regulation of glutamate secretion / cGMP-dependent protein kinase / cGMP-dependent protein kinase activity / cell growth involved in cardiac muscle cell development / regulation of testosterone biosynthetic process / collateral sprouting / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / negative regulation of platelet aggregation / relaxation of vascular associated smooth muscle ...negative regulation of inositol phosphate biosynthetic process / negative regulation of glutamate secretion / cGMP-dependent protein kinase / cGMP-dependent protein kinase activity / cell growth involved in cardiac muscle cell development / regulation of testosterone biosynthetic process / collateral sprouting / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / negative regulation of platelet aggregation / relaxation of vascular associated smooth muscle / positive regulation of circadian rhythm / Rap1 signalling / mitogen-activated protein kinase p38 binding / regulation of GTPase activity / cGMP-mediated signaling / dendrite development / spermatid development / cGMP effects / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / calcium channel regulator activity / cGMP binding / forebrain development / cerebellum development / acrosomal vesicle / neuron migration / sarcolemma / Ca2+ pathway / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / actin cytoskeleton organization / protein kinase activity / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / Golgi apparatus / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.751 Å | ||||||
Authors | Kim, J.J. / Huang, G. / Kwon, T.K. / Zwart, P. / Headd, J. / Kim, C. | ||||||
Citation | Journal: Plos One / Year: 2011 Title: Co-Crystal Structures of PKG Ibeta (92-227) with cGMP and cAMP Reveal the Molecular Details of Cyclic-Nucleotide Binding Authors: Kim, J.J. / Casteel, D.E. / Huang, G. / Kwon, T.H. / Ren, R.K. / Zwart, P. / Headd, J.J. / Brown, N.G. / Chow, D.C. / Palzkill, T. / Kim, C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3ogj.cif.gz | 223.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3ogj.ent.gz | 184.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3ogj.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/3ogj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/3ogj | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 15607.178 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: Cyclic nucleotie binding domain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Plasmid: pQTEV / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: Q6P5T7, UniProt: Q13976*PLUS, cGMP-dependent protein kinase #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.13 Å3/Da / Density % sol: 60.7 % |
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Crystal grow | Temperature: 295.15 K / Method: vapor diffusion / pH: 8.1 Details: 1.4 M sodium/potassium phosphate, pH 8.1, VAPOR DIFFUSION, temperature 295.15K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.2.1 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: May 8, 2010 |
Radiation | Monochromator: Double crystal, Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.75→45 Å / Num. all: 19782 / Num. obs: 19584 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Redundancy: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 31.17 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.751→44.256 Å / SU ML: 0.42 / σ(F): 0.12 / σ(I): 2 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.048 Å2 / ksol: 0.308 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.751→44.256 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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