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万見
- PDB-5c7z: AP2 Mu2 adaptin C-terminal domain complexed with integrin alpha-4... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c7z
タイトルAP2 Mu2 adaptin C-terminal domain complexed with integrin alpha-4 peptide
要素
  • AP-2 complex subunit mu
  • Integrin alpha-4
キーワードTRANSPORT PROTEIN / clathrin adaptor
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin-dependent extracellular exosome endocytosis / negative regulation of protein homodimerization activity / immune response in gut-associated lymphoid tissue / cell-matrix adhesion involved in ameboidal cell migration / integrin alpha4-beta7 complex / diapedesis / integrin alpha4-beta1 complex / cell-cell adhesion mediated by integrin / Gap junction degradation / Formation of annular gap junctions ...clathrin-dependent extracellular exosome endocytosis / negative regulation of protein homodimerization activity / immune response in gut-associated lymphoid tissue / cell-matrix adhesion involved in ameboidal cell migration / integrin alpha4-beta7 complex / diapedesis / integrin alpha4-beta1 complex / cell-cell adhesion mediated by integrin / Gap junction degradation / Formation of annular gap junctions / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / LDL clearance / Retrograde neurotrophin signalling / VLDLR internalisation and degradation / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / positive regulation of leukocyte tethering or rolling / extrinsic component of presynaptic endocytic zone membrane / MHC class II antigen presentation / regulation of vesicle size / AP-2 adaptor complex / postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / axonogenesis involved in innervation / Recycling pathway of L1 / positive regulation of synaptic vesicle endocytosis / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / clathrin adaptor activity / Clathrin-mediated endocytosis / vesicle budding from membrane / leukocyte tethering or rolling / clathrin-dependent endocytosis / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / signal sequence binding / protein antigen binding / integrin complex / heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / neuron projection extension / negative regulation of vasoconstriction / low-density lipoprotein particle receptor binding / leukocyte cell-cell adhesion / cell adhesion mediated by integrin / receptor clustering / cellular response to cytokine stimulus / endodermal cell differentiation / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / fibronectin binding / positive regulation of receptor internalization / synaptic vesicle endocytosis / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / Integrin cell surface interactions / positive regulation of T cell migration / negative regulation of protein localization to plasma membrane / coreceptor activity / cell adhesion molecule binding / clathrin-coated pit / substrate adhesion-dependent cell spreading / B cell differentiation / cell-matrix adhesion / integrin-mediated signaling pathway / Cell surface interactions at the vascular wall / intracellular protein transport / cell-cell adhesion / receptor internalization / integrin binding / terminal bouton / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / cellular response to amyloid-beta / disordered domain specific binding / synaptic vesicle / growth cone / protein-containing complex assembly / cytoplasmic vesicle / Potential therapeutics for SARS / transmembrane transporter binding / postsynapse / external side of plasma membrane / focal adhesion / neuronal cell body / lipid binding / synapse / glutamatergic synapse / cell surface / extracellular exosome / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Mu homology domain, subdomain B / Mu2, C-terminal domain / AP-2 complex subunit mu, N-terminal / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 1. / Clathrin adaptor, mu subunit / Clathrin adaptor, mu subunit, conserved site / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 2. / : / AP complex, mu/sigma subunit / Adaptor complexes medium subunit family ...Mu homology domain, subdomain B / Mu2, C-terminal domain / AP-2 complex subunit mu, N-terminal / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 1. / Clathrin adaptor, mu subunit / Clathrin adaptor, mu subunit, conserved site / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 2. / : / AP complex, mu/sigma subunit / Adaptor complexes medium subunit family / Clathrin adaptor complex small chain / AP-2 complex subunit mu, C-terminal superfamily / Mu homology domain / Mu homology domain (MHD) profile. / Longin-like domain superfamily / : / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrins alpha chain signature. / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin alpha, N-terminal / Integrin domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Integrin alpha-4 / AP-2 complex subunit mu
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.77 Å
データ登録者Owen, D.J. / Evans, P.R. / Wilson, T.A.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: AP2 Mu2 adaptin C-terminal domain complexed with integrin alpha-4 peptide
著者: Owen, D.J. / Evans, P.R. / Wilson, T.A.
履歴
登録2015年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AP-2 complex subunit mu
B: Integrin alpha-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9972
ポリマ－33,9972
非ポリマー00
水81145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area840 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area14760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.650, 125.650, 74.410
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number172
Space group name H-MP64

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要素

#1: タンパク質 AP-2 complex subunit mu / AP-2 mu chain / Adaptor protein complex AP-2 subunit mu / Adaptor-related protein complex 2 subunit ...AP-2 mu chain / Adaptor protein complex AP-2 subunit mu / Adaptor-related protein complex 2 subunit mu / Clathrin assembly protein complex 2 mu medium chain / Clathrin coat assembly protein AP50 / Clathrin coat-associated protein AP50 / Mu2-adaptin / Plasma membrane adaptor AP-2 50 kDa protein


分子量: 32987.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Ap2m1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P84092
#2: タンパク質・ペプチド Integrin alpha-4 / CD49 antigen-like family member D / Integrin alpha-IV / VLA-4 subunit alpha


分子量: 1009.134 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P13612
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: 2.2M NaCl, 0.4M Na/K phosphate, 10MM DTT 0.1M MES pH 7.1, 15% glycerol, molar ratio of peptide to protein 3:1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E DW / 波長: 1.54182 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年8月8日
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54182 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→74 Å / Num. all: 17034 / Num. obs: 17034 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 2.75→2.9 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.325 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 80.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0123精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1bxx

1bxx


解像度: 2.77→74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.267 / ESU R Free: 0.233 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2243 893 5.3 %RANDOM
Rwork0.1743 16115 --
obs0.1768 17008 99.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 139.18 Å2 / Biso mean: 61.7828 Å2 / Biso min: 22.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.44 Å2-0.22 Å20 Å2
2---0.44 Å20 Å2
3---1.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.77→74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2130 0 0 45 2175
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0192171
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.022195
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0841.9812918
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.54735059
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.4095260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.06622.72788
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.60715427
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.8171519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2325
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212340
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0130.02477
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.4885.7371052
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.4865.7361051
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.8688.5651308
LS精密化 シェル解像度: 2.773→2.845 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 54 -
Rwork0.32 1085 -
all-1139 -
obs--90.54 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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