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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5c6k | ||||||||||||
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タイトル | Bacteriophage P2 integrase catalytic domain | ||||||||||||
要素 | Integraseインテグラーゼ | ||||||||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Integrase (インテグラーゼ) / tyrosine recombinase / integration / site-specific recombination | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / transferase activity / DNA recombination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / symbiont entry into host cell / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Enterobacteria phage P2 (ファージ) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Skaar, K. / Claesson, M. / Odegrip, R. / Eriksson, J. / Hogbom, M. / Haggard-Ljungquist, E. / Stenmark, P. | ||||||||||||
資金援助 | スウェーデン, 3件
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引用 | ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2015 タイトル: Crystal structure of the bacteriophage P2 integrase catalytic domain. 著者: Skaar, K. / Claesson, M. / Odegrip, R. / Hogbom, M. / Haggard-Ljungquist, E. / Stenmark, P. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5c6k.cif.gz | 152.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5c6k.ent.gz | 119.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5c6k.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/5c6k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/5c6k | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33026.023 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 46-337 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacteria phage P2 (ファージ) 遺伝子: int / プラスミド: pET8c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: P36932 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M Sodium nitrate, 0.1 M BisTris propane pH7.5, 20 % (w/v) PEG 3350 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→38.29 Å / Num. obs: 34250 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 11.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 96.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1AIH 解像度: 1.9→35.541 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.71 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→35.541 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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